Tuy nhiên công tác GPMB vẫn còn tồn tại một số vấn đề cần giải quyết. Phần lớn các dự án vẫn chưa thực hiện xong công tác GPMB là do vướng mắc ở khâu định giá đền bù. Các chế độ chính sách về GPMB tuy đã được điều chỉnh, bổ xung nhưng vẫn chưa phù hợp với giá thị trường, chưa đáp ứng yêu cầu của người dân gây khiếu kiện kéo dài.
Do đặc điểm địa bàn Quận Tây Hồ là có nhiều đất nông nghiệp do vậy rất nhiều người đã bị rơi vào tình trạng thất nghiệp khi bị thu hồi đất.
Công tác chuẩn bị quỹ nhà ở tái định cư vừa thiếu vừa chậm chưa đi trước một bước so với tiến độ GPMB (dự án xây dựng cơ sở hạ tầng kỹ thuật khu vực Hồ Tây …).
Trong năm 2004, 2005 là năm có nhiều văn bản liên quan đến đất đai đã có hiệu lực thi hành bị thay đổi. Việc không đồng bộ chênh lệch nhau về thời điểm có hiệu lực thi hành của các văn bản đã gây nhiều khó khăn cho việc tính toán, lập phương án bồi thường. Một số trường hợp đã nhận tiền bồi thường hỗ trợ theo chính sách cũ và đã bàn giao mặt bằng nhưng khi chính sách mới có hiệu lực lại bức xúc về quyền lợi ngăn cản, không cho thực hiện dự án.
Tuy còn nhiều khó khăn trong công tác thực hiện GPMB nhưng Uỷ ban nhân dân Quận cũng như Hội đồng GPMB Quận vẫn luôn cố gắng thực
hiện theo đúng quy trình, áp dụng đúng chính sách, chế độ thu hồi, đền bù theo quy định của Nhà nước. Bên cạnh sự cố gắng của các cơ quan có thẩm quyền thì sự ủng hộ hỗ trợ của người dân cũng là một yếu tố quan trong giúp công tác GPMB được thực hiện đồng bộ hơn đảm bảo tiến độ thi công cho các công trình xây dựng.