Bên cạnh những kết quả đạt đợc, công tác huy động vốn của ngân hàng vẫn còn nổi lên những tồn tại, khó khăn có ảnh hởng hạn chế đến kết quả hoạt động và vị trí vai trò của ngân hàng.
- Nguồn vốn huy động đạt mức tăng trởng cao nhng tiền gửi tổ chức tín dụng khác chiếm một tỷ trọng lớn và có xu hớng gia tăng, đây là dấu hiệu cha tốt trong chính sách huy động vốn của ngân hàng.
- Cơ cấu thời hạn của vốn huy động bất hợp lý, tỷ trọng vốn ngắn hạn quá lớn (năm 2003, vốn ngắn hạn chiếm 75,8% ). Các năm sau vốn ngắn hạn có xu hớng giảm hơn năm trớc nhng tốc độ giảm còn chậm.
- Cơ cấu vốn bằng VND và các loại tiền tệ khác cha hợp lý. Vốn VND chiếm 64% (năm 2003). Việc huy động vốn ngoại tệ dù đợc quan tâm chú trọng nhng cha đạt kết quả cao, tỷ trọng vốn ngoại tệ còn thấp trong tổng nguồn vốn.
- Không cân đối giữa nguồn vốn và sử dụng vốn về cấu trúc kỳ hạn, d thừa vốn ngắn hạn song lại thiếu vốn dài hạn. Tỷ trọng vốn ngắn hạn tài trợ cho nhu cầu sử dụng vốn trung và dài hạn là 19,9%(năm 2003) đẩy ngân hàng vào nguy cơ rủi ro tín dụng.
- Hiệu suất sử dụng vốn không tăng và có xu hớng giảm.
- Chi phí huy động vốn cao. Nguồn vốn huy động có mức tăng trởng cao một phần do ngân hàng đã đẩy mức lãi suất huy động lên cao làm thu hẹp chênh lệch giữa lãi suất huy động và lãi suất cho vay để có thể cạnh tranh đợc với các ngân hàng khác. Điều này làm ảnh hởng đến lợi nhuận của ngân hàng.
- Tỷ trọng tiền gửi thanh toán còn thấp và cha có xu hớng gia tăng.