Máy đồng hóa hoạt động như một bơm cao áp bơm chất lỏng qua khe hẹp, dưới tác dụng của máy đồng hóa các hạt béo lớn bị phá vỡ và phân tán thành các hạt béo có kích thước nhỏ hơn. Có 3 lý thuyết giải thích sự phá vỡ hạt béo lớn thành các hạt béo có kích thước nhỏ hơn.
Lý thuyết biến dạng: khi cầu béo chuyển động qua khe hẹp của đầu đồng hóa, nó sẽ bị biến dạng dài do đó làm giảm sức căng bề mặt của nó gây ra sự phá vỡ cầu béo.
Lý thuyết ma sát và va chạm: một mặt dựa trên sự phá vỡ hạt bằng các siêu xoáy lốc hỗn tạp tạo ra khi chất lỏng chuyển động với vận tốc cao qua khe hẹp, tốc độ càng cao tạo ra các xoáy lốc càng nhỏ, khi các xoáy lốc chạm vào các giọt lỏng, các giọt lỏng bị phá vỡ, mặt khác lý thuyết này cũng dựa trên sự chênh lệch vận tốc
Sữa vào Sữa ra Áp kế Bộ điều áp (bằng tay) Van by pass
của các cầu béo sát thành của đầu đồng hóa và các cầu béo trong lòng của dòng lưu chất, tạo nên ma sát giữa các cầu béo dẫn đến sự phá vỡ màng. Lý thuyết này tiên đoán được hiệu quả đồng hóa khác nhau như thế nào ở các áp suất đồng hóa khác nhau. Lý thuyết này đã được nhiều nghiên cứu chứng minh.
Lý thuyết dựa trên hiện tượng giảm áp suất mãnh liệt sau đầu đồng hóa (hiện tượng cavitation): khi lưu chất chuyển động qua khe hẹp của đầu đồng hóa, vận tốc dòng lưu chất tăng cao, khi ra khỏi đầu đồng hóa vận tốc giảm nhanh, áp suất dòng lưu chất giảm mãnh liệt, sự giảm áp suất đột ngột (thường là áp suất chân không) tạo nên những bong bóng hơi, các bong bóng hơi này vỡ ra dẫn đến sự sôi bùng của lưu chất, gây nên sự phá vỡ các cầu béo. Theo lý thuyết này sự đồng hóa xảy ra khi chất lỏng rời khe hẹp, do đó áp suất sau khe hẹp có vai trò rất quan trọng đối với sự đồng hóa.
Hình 3.12: Hoạt động máy đồng hóa