Mỗi hợp tác xã hoạt động là do những xã viên hợp tác cùng nhau sản xuất, kinh doanh dịch vụ. Vốn đóng góp của từng xã viên vào hợp tác xã không cao, tình trạng thiếu vốn, cơ sở vật chất của hợp tác xã còn yếu kém. Hợp tác xã tuy có trích lập quỹ nhưng do lợi nhuận kinh doanh của hợp tác xã thấp, không đủ để thực hiện tái đầu tư máy móc thiết bị mới. Nguồn vốn khấu hao tài sản cố định trong hợp tác xã chủ yếu khấu hao theo đường thẳng, và một phần để sửa chữa thường xuyên máy móc thiết bị, kênh mương nội đồng. Vì vậy, việc thu hồi vốn đầu tư trong hợp tác xã chậm và đang gặp khó khăn do hoạt động trong dịch vụ sau thu hoạch chưa ổn định, chưa tính việc đầu tư mở rộng hoạt động kinh doanh dịch vụ.
Xã viên chưa thực sự quan tâm đến việc đầu tư một tài sản chung giá trị lớn để thực hiện sản xuất kinh doanh. Mặc dù người dân ở đó có sự gắn kết trong sản xuất, đời sống và chung lo phát triển cộng đồng. Nhưng ý thức tự nguyện tham gia còn hạn chế, một số hộ còn suy nghĩ, và quyết định theo số đông.
Lãnh đạo hợp tác xã tuy có sự quan tâm đến đời sống xã viên và người dân, tìm kiếm đầu vào và đầu ra cho sản phẩm giúp người sản xuất yên tâm hơn. Nhưng gặp nhiều khó khăn từ suy nghĩ của người dân, khiến họ cũng có phần lo ngại. Sản xuất thì đôi khi cũng gặp rủi ro, mà đối với hoạt động nông nghiệp thì mức rủi ro do thời tiết mang lại là khá cao. Được mùa thì không sao nhưng mất mùa người dân có chấp nhận không? Và ai sẽ chịu trách nhiệm, ngoài hợp tác xã người khuyến khích người dân sản xuất. Đó cũng là những khó khăn khi hợp tác xã và người dân chưa thật sự hiểu nhau, chưa thật sự chịu hợp tác với nhau, và cũng một phần hạn chế do nhà lãnh đạo sợ rủi ro, không táo bạo. Trong lĩnh vực nông nghiệp, người quản lý không nắm được hết, thiếu kinh nghiệm trong lĩnh vực này. Dẫn đến tình trạng giao khoán cho người khác hoạt động phục vụ người dân.
Khó khăn hiện nay của hầu hết các hợp tác xã nói chung, và hợp tác xã Tân Thới 1 nói riêng là trình độ của ban quản lý còn hạn chế nên chưa có tầm chiến lược phát triển lâu dài. Theo thống kê của Vụ hợp tác xã toàn vùng ĐBSCL có tỉ
lệ cán bộ quản lý hợp tác xã từ trình độ trung cấp trở lên khoảng 30%. Đội ngũ cán bộ quản lý hầu hết hoạt động theo kinh nghiệm thực tế, không được đào tạo cơ bản, ít được bồi dưỡng tập huấn.
Về công tác quản lý và giúp đỡ của Nhà nước đối với hợp tác xã: tuy Đảng và Nhà nước có nhiều chính sách tạo hành lang pháp lý cho hợp tác xã hoạt động sản xuất, kinh doanh dịch vụ. Sự tác động của các chủ trương, chính sách đó của Nhà nước còn chậm đến cơ sở. Nhiều chính sách đã được ban hành nhưng chưa đem lại lợi ích thiết thực cho hoạt động của hợp tác xã nông nghiệp: chưa tiếp cận được vốn vay để đầu tư máy móc thiết bị sản xuất, chưa nhận được sự hỗ trợ để đưa cán bộ đi bồi dưỡng,…
Mối liên kết của hợp tác xã với công ty bao tiêu sản phẩm còn hạn chế, không tạo được gắn kết chặt chẽ nhằm đảm bảo đầu ra ổn định hơn cho người dân, và xã viên. Còn nhiều bất cập giữa công ty và người dân sản xuất gây mất niềm tin trong việc kí kết thực hiện hợp đồng bao tiêu mà hợp tác xã là người tìm kiếm nên cũng ảnh hưởng đến uy tín của hợp tác xã. Do không có nhiều mối liên kết nên thiếu sự lựa chọn tốt nhất cho sản xuất của xã viên và nông dân trong vùng.
Máy móc hoạt động còn thiếu, mỗi hoạt động chỉ có một máy trong khi nguồn vốn từ xã viên không tăng, và chưa thể tiếp cận với các nguồn vốn vay do hợp tác xã không có tài sản thế chấp. Và máy móc đầu tư vừa qua còn hạn chế về kĩ thuật, hạn chế trong việc chủ động trong mọi loại địa hình đồng ruộng.