Mặc dù ở vùng hạ lưu sông Ba lũ thường gây ngập trên diện rộng nhưng quá trình lũ lên nhanh và rút cũng nhanh. Mùa lũ hạ du sông Ba thường kéo dài 3 tháng từ 15/9 tới 15/12, mỗi năm thường xảy ra từ 1 tới vài ba trận lũ. Vào mùa mưa lũ chính vụ, toàn bộ vùng hạ lưu sông Ba bỏ ngỏ không sản xuất nông nghiệp đã trở thành tập quán canh tác tồn tại lâu đời. Vì vậy, mục tiêu chống lũ cho hạ lưu sông Ba như sau:
- Lũ chính vụ: do tổng lượng lũ lớn gây cho vùng độ sâu bị ngập lớn, diện tích ngập rộng và dài ngày nên không thể phòng chống được một cách triệt để mà chỉ cố gắng phấn đấu giảm bớt tác hại của lũ, đảm bảo an toàn tính mạng và tài sản cho người dân trong vùng, hạn chế tới mức thấp nhất thiệt hại về người và tài sản do lũ bão gây ra.
- Lũ sớm, lũ muộn và lũ tiểu mãn: các thời kỳ lũ này có cường độ lũ nhỏ, lượng mưa nội đồng không lớn nên có khả năng phòng chống được. Mục tiêu là
nghiên cứu các giải pháp để chống lũ lũ sớm, muộn và tiểu mãn, đảm bảo cho sản xuất nông nghiệp nhằm nâng cao sản lượng lương thực thúc đẩy sự phát triển kinh tế xã hội và ổn định đời sống nhân dân trong vùng.
Tuy nhiên hiện nay chưa có quy hoạch phòng chống lũ riêng cho lưu vực chưa được xây dựng nên việc trước tiên là cần thiết phải xây dựng cơ sở khoa học và thực tiễn nhằm đưa ra được phương án phòng chống lũ phục vụ phát triển KTXH.