Năm 1999, thực hiện Nghị quyết của Quốc hội và Chính phủ về việc phát hành công trái xây dựng Tổ quốc để huy động nguồn vốn đầu tư cho thuỷ lợi và xây dựng các công tŕnh kết cấu hạ tầng ở nông thôn, vùng sâu, vùng xa, trước mắt là 1000 xă nghèo đặc biệt khó khăn. Kho bạc Nhà nước được Bộ Tài chính giao nhiệm vụ tổ chức phát hành công trái xây dựng tổ quốc đến mọi đối tượng dân cư, các cơ quan, đơn vị và các doanh nghiệp trên địa bàn cả nước. Kho bạc Nhà nước Hà Nội đă tuyên truyền vận động các tầng lớp dân cư, sau gần 2 tháng huy động số công trái phát hành được 200 tỷ đạt 120 % so với kế hoạch giao( kế hoạch giao 166 tỷ). Công trái xây dựng Tổ quốc được bảo đảm giá trị theo chỉ số trượt giá công bố hàng năm, kỳ hạn 5 năm, lăi xuất năm 1999 là 10%.
Song song với đợt phát hành Trái phiếu Chính phủ, từ ngày19/5/2004 Kho bạc NN Hà Nội triển khai thanh toán Công trái Xây dựng Tổ quốc phát hành 1999. Ban Giám đốc Kho bạc NN Hà Nội đă chỉđạo kịp thời các bộ phận nghiệp vụ như:
- Tổ chức tập huấn cho cán bộ làm công tác thanh toán công trái Xây dựng Tổ quốc.
- Báo cáo Kho bạc Nhà Nước để tháo gỡ những vướng mắc phát sinh trong công tác thanh toán công trái.
- Thông báo lịch và hướng dẫn thủ tục đối với khách hàng thanh toán công trái khối lượng lớn( các tổ chức tín dụng, các Tổng công ty lớn) vừa thanh toán công trái phát hành tại Kho bạc NN Hà Nội vừa thanh toán công trái phát hành tại các địa phương khác.
Kết quả,sau chưa đầy 1 tháng (19/5 – 16/6) đă thanh toán được tổng số tiền là 2.589,9 tỷ đồng, Kho bạc NN Hà Nội luôn đảm bảo nguồn đáp ứng yêu cầu thanh toán.