Bên cạnh những kết quả đă đạt được, việc phát hành trái phiếu chính phủ trong những năm vừa qua cũng đă bộc lộ không ít những hạn chế cần được tiếp tục nghiên cứu, bổ sung và hoàn thiện như sau:
Trong quá tŕnh tổ chức công tác huy động vốn cho đầu tư của Nhà nước trên địa bàn, KBNN Hà Nội đă chủđộng phối hợp với các ngành, các đơn vị hữu quan, Uỷ ban nhân dân và tổ chức đoàn thể các cấp vận động các đối tượng có điều kiện tham gia, nhằm hoàn thành kế hoạch được giao. Tuy nhiên có những năm mức độ huy động vốn không đạt kế hoạch, trong đó có lư do về thời gian, mặt khác cùng có lư do về lăi suất huy động chưa hấp dẫn với người mua so với lăi suất huy động của Ngân hàng thương mại, nên Hà Nội chưa hoàn thành được kế hoạch trong năm. Mặc dù Hà Nội nền kinh tế chưa phát triển, thu nhập b́nh quân trong dân cư c̣n thấp, nhưng do làm tốt công tác tuyên truyền vân động và với ư thức trách nhiệm, Hà Nội đă vận động có hiệu quả nguồn vốn nhàn rỗi trong dân cư, góp phần tích cực huy động vốn cho NSNN và cho đầu tư phát triển.
Việc huy động vốn trong các tầng lớp dân cư chỉ chủ yếu diễn ra ở một số quận và các trung tâm nơi mà kinh tế có phát triển khá hơn. Về quy mô huy động vốn c̣n quá nhỏ, số vốn huy động chưa tương xứng với nhu cầu sử dụng NSNN và nguồn vốn sẵn có trong các tầng lớp dân cư.
thương mại, tiết kiệm bưu điện,Ặ với phương thức huy động linh hoạt hơn, so với việc phát hành trái phiếu Chính phủ, nên cũng đă làm hạn chế kết quả huy động vốn cho NSNN của KBNN Hà Nội.
- Khối lượng trái phiếu Chính phủ phát hành hàng năm nh́n chung c̣n nhỏ bé, chưa khai thác thoả đáng nguồn vốn nhà rỗi c̣n lớn trong nền kinh tế. Thời hạn trái phiếu c̣n ngắn, loại kỳ hạn 2 năm trở xuống chiếm trên 90% doanh số phát hành. Loại kỳ hạn 3 - 5 năm cn mang tính tḥ ử nghiệm, do đồng tiền nước ta chưa ổn định, lạm phát c̣n nhiều tiềm ẩn.
- Thị trường tài chính của ta đă hnh thành nh́ ưng chưa phát triển đồng bộ. Trong đó, thị trường vốn ngắn hạn tuy đă phát triển dưới nhiều h́nh thức khác nhau, nhưng chưa được tổ chức quản lư thống nhất.
- Cơ chế phát hành trái phiếu để huy động vốn cho các công tŕnh nằm trong kế hoạch đầu tư xây dựng cơ bản c̣n nhiều bất cập, một mặt chưa phù hợp với thực tế, mặt khác, phần lớn các chủ đầu tư không tự tổ chức phát hành trái phiếu, mà phải dựa vào kênh huy động vốn của Kho bạc (thông qua đấu thầu). Mặc dù lăi suất đă có giảm nhiều, thủ tục thanh toán đơn giản, nhưng thời hạn trái phiếu đấu thầu qua Ngân hàng Nhà nước hiện nay quá ngắn (1năm), không phù hợp với thời gian thi công thực tế và khả năng hoàn vốn của công tŕnh đầu tư.
- Hệ thống chính sách, pháp luật thuộc lĩnh vực huy động vốn mới được xây dựng, chưa đồng bộ đang tiếp tục thử nghiệm và hoàn thiện. Tính hiệu lực và hiệu quả c̣n thấp.
- Cơ chế quản lư và phát hành thanh toán cn ḷ ạc hậu, cơ chế lưu thông, chuyển nhượng của một số loại trái phiếu c̣n bị g̣ bó, cứng nhắc, chưa đáp ứng nhu cầu giao lưu vốn thông thoáng trên thị trường thứ cấp.