Một trong những cản trở ảnh hởng lớn nhất đến hoạt động tín dụng ngắn hạn của ngân hàng SHB là sự hoạt động thiếu đồng bộ và cha hợp lý
của bộ máy tổ chức. Hiệu quả hoạt động tài trợ của ngân hàng phụ thuộc vào sự trợ giúp của nhiều phòng ban khác nhau như phòng thông tin tín dụng, phòng Marketing... Ngân hàng vận hành bộ máy của mình nh một thể thống nhất và sự khiếm khuyết của một hay nhiều bộ phận sẽ ảnh hởng không nhỏ đến kết quả của từng nghiệp vụ. Trong thời gian tới, cùng với các ngân hàng thơng mại khác thực hiện kế hoạch tái cơ cấu ngân hàng, ngân hàng SHB cũng phải nhìn nhận đây là một trong những khâu hạn chế nhiều nhất đến khả năng cạnh tranh của ngân hàng và lại có điều kiện thực hiện thực tế nhất. Tuy nhiên, việc cải thiện bộ máy tổ chức phải đợc thực hiện một cách khoa học và không hấp tấp, không để xảy ra các cú sốc nội bộ ảnh hởng đến hoạt động của toàn ngân hàng.
Cần có sự phối hợp đồng bộ giữa các phòng, ban của ngân hàng để có thể mang lại những thông tin bổ ích nhất và tiện lợi nhất cho hoạt động của bộ phận tín dụng ngắn hạn. Bộ phận thông tin phải thờng xuyên thông báo về các biến động trong thị trờng và xu hớng phát triển của từng ngành trong nền kinh tế cũng như bất cứ một thông tin gì liên quan đến từng khách hàng mà phòng Tín dụng đang có quan hệ sau khi đã xử lý và phân tích thông tin.
Ngoài ra, cần tăng cường kiểm tra giám sát hoạt động của phòng Tín dụng, tạo cho các cán bộ thái độ có trách nhiệm cao với công việc mình đang thực hiện nhưng không can thiệp vào công việc chuyên môn hay quyết định của cán bộ tín dụng trong phòng.