Thứ nhất: Do nguồn vốn của ngân hàng có tính phụ thuộc cao, trong tổng nguồn vốn thì nguồn do Trung ương cấp là chủ yếu, còn nguồn vốn huy động trên thị trường cũng phị thuộc vào việc cấp bù lãi suất, mà việc cấp bù này thường là rất chậm, làm cho ngân hàng rất khó khăn về nguồn vốn hoạt động. Đây chính là nguyên nhân khiến ngân hàng khó khăn trong mở rộng quy mô cho vay đối với các hộ nghèo. Hơn nũa do nguồn vốn hoạt động bị hạn chế lại phải phục vụ nhu cầu vay vốn đối tượng khách hàng lớn, điều này rất ảnh hưởng đến chất lượng tín dụng ưu đãi của ngân hàng.
Thứ hai: Cơ chế cho vay hộ nghèo còn nhiều bất cập:
- Việc giải ngân thông qua các cơ quan chính quyền tạo sự cồng kềnh và tăng chi phí hoạt động, khó kiểm soát các dự án cấp vốn.
- Chưa có quy định thực sự ràng buộc trách nhiệm của các cấp ủy trong việc giải ngân vốn ưu đãi.
- Cách thức giải ngân chưa thực sự chý ý đến hiệu quả, bởi vì các món vay được thực hiện liên tuc đối với mối hộ nghèo. Chỉ cần hộ nghèo trả xong món nợ cũ là sẽ tiếp tục được vay món mới, điều này làm tiềm ẩn rủi ro rất cao, đồng thơi ngân hàng sẽ rất khó nhận biết rủi ro tín dụng.
- Gặp khó khăn trong việc tìm kinh phí xây dụng cơ sở vật chất: Tuy được sự quan tâm của Chính phủ, các cơ quan có liên quan, các ngành nhưng NHCSXH vẫn gặp nhiều khó khăn trong tìm kinh phí để xây dựng các văn phòng làm việc cũng như mua sắm trang thiết bị cần thiết cho hoạt động của ngân hàng.