Điều lệ quy định về tổ chức, hoạt động của các Tổng công ty Nhà nước phân định rõ chức năng, quyền hạn của các đơn vị thành viên trong nội bộ Tổng công ty nằm trong một tổ chức thống nhất. Mỗi đơn vị thành viên là một mắt xích trong mối liên hệ ràng buộc về vốn, công nghệ, sản phẩm… tuy nhiên trong quá trình quản lý và điều hành mối quan hệ giữa Tổng công ty với các đơn vị thành viên hạch toán độc lập còn nhiều vướng mắc cần bổ sung. các đơn vị thành viên hạch toán độc lập tham gia vào mối liên kết Tổng công ty thực chất rất lỏng lẻo, các đơn vị hạc toán độc lập tổ chức điều hành sản xuất kinh doanh và tự chủ về tài chính, thực hiện theo Nghị định 388/HĐBT, mối liên kết về vốn, công nghệ hầu như không có, mỗi đơn vị theo một chức năng, ngành nghề kinh doanh khác nhau, mối liên kết có chăng cũng chỉ là trên giấy tờ hay các cuộc giao ban toàn Tổng công ty, khả năng trợ giúp về vốn giữa Tổng công ty, công ty mẹ với các đơn vị thành viên, giữa các đơn vị thành viên với nhau không thực sự đem lại hiệu quả kinh tế thiết thực, nẩy
sinh mâu thuẫn giữa tích tụ và phân tán vốn và làm giảm tính khả thi của cơ chế huy động vốn trong nội bộ Tổng công ty. Trong quá trình thực hiện cơ chế huy động vốn trong các Tổng công ty Nhà nước, hầu hết các Tổng công ty hoạt động trong điều kiện thiếu vốn trầm trọng, nhu cầu về vốn cho đầu tư đổi mới công nghệ cần một lượng rất lớn, trong khi nguồn vốn trong nội bộ Tổng công ty chỉ đủ đảm bảo cho những dự án vay vốn ngắn hạn hoặc tài trợ cho các dự án vốn có khả năng thu hồi nhanh, một trong những nhân tố quan trọng đó là quá trình làm phân tán vốn trong nội bộ Tổng công ty, do cơ chế tổ chức quản lý có nhiều mâu thuẫn, các đơn vị hạch toán độc lập được quyền tự chủ hoạt động sản xuất kinh doanh và đầu tư sau ki đã hoàn thành nghĩa vụ ngân sách và Tổng công ty, dẫn đến các đơn vị đầu tư phân tán thiếu nguồn lực tập trung cho những dự án có tính chất chiến lược chung cho Tổng công ty, khả năng huy động trong các đơn vị nội bộ thiếu thực thi… Đây chính là một trong những nhân tố quan trọng tác động đến cơ chế huy động vốn của các Tổng công ty, điều dó đòi hỏi các Tổng công ty có chính sách thích hợp trong cơ chế huy động vốn để đạt hiệu quả cao.