Khi khách trọ tại các lữ quán nước nóng đều được phục vụ kèm theo hai bữa ăn: bữa ăn tối và bữa ăn sáng. Đối với khách sạn thì không có trường hợp này, khách
có thể đăng ký hoặc không đăng ký dùng bữa. Tuy nhiên có những lữ quán chấp nhận cho trọ chỉ ăn một bữa tối hoặc một bữa sáng hoặc chỉ trọ mà không dùng bữa. Tiền tắm và tiền điện thì bao gồm trong tiền trọ nhưng ngoài ra còn có tiền thuê chăn, nệm (trường hợp mang theo thì không tính), nếu là mùa đông thì tính thêm tiền thuê các thiết bị điều hòa như lò sưởi, bàn có gắn lò sưởi gọi là Kotatsu (こたつ), còn phải thu thêm tiền gas, dầu mà khách sử dụng trong nấu ăn.
Các lữ quán ở các khu suối nước nóng trước đây thì không cho phép khách tự lựa chọn món ăn, mà khách phải ăn nhưng món ăn theo quy định của lữ quán. Có rất nhiều trường hợp xảy ra là khách không thể ăn những món ăn do lữ quán quy định, dị ứng với những món ăn, khách không thích những món ăn đó....Ngày nay có lữ quán cho phép khách du lịch có thể đặt món ăn theo sở thích. Không chỉ lữ quán ăn uống mà ngay cả lữ quán tham quan ngắm cảnh hay lữ quán suối nước nóng cũng có nhiều lữ quán coi trọng chất lượng của bữa ăn. Những món ăn mang đậm vùng đất du lịch, nguyên liệu là đặc sản địa phương. Cũng có lữ quán phục vụ lượng thức ăn quá nhiều mà những người ăn ít như người cao tuổi và phụ nữ thì không thể nào ăn hết. Điều này đã tạo cho khách một tâm lý lo lắng khi để thức ăn thừa. Vì vậy mà phương thức để khách tự lựa chọn thức ăn là một nhu cầu phù hợp giúp khách có thể ăn ngon miệng với tâm trạng thoải mái. Các lữ quán kinh doanh theo hình thức này thì giảm lượng thức ăn nhưng lại tăng về mặt dinh dưỡng món ăn. Các lữ quán sau khi nhận được thực đơn của khách sẽ lựa chọn thực phẩm tươi sống, đúng chất lượng. Nếu ở thành phố không có thực phẩm theo yêu cầu thì chủ quán sẵn sàng đến vùng khác xa hơn để mua. Lữ quán phục vụ khách với mục tiêu hàng đầu là “Khách hàng là Thượng đế”. Bữa ăn thường được sắp xếp ở căn phòng rộng lớn. Nữ chiêu đãi viên vận chuyển thức ăn đến từng bàn khách hoặc vị khách nào muốn ăn ở trong phòng thì chiêu đãi viên sẽ mang lên tận phòng khách. Có những lữ quán quy định ăn trong phòng, đối với đoàn thể số lượng nhiều có thể tổ chức ở các phòng lớn như ở nơi chiêu đãi yến tiệc.