2.3.1 Các loại ADN marker
ADN marker là những marker phân tử ựược tạo ra nhờ kĩ thuật phân cắt ADN bằng những enzyme nội sinh, phân cắt hạn chế. ADN marker ựã ựược chứng minh có tầm quan trọng hơn về lâu dài do số lượng của nó lớn hơn rất nhiều lần isozyme marker (Tanksley et al., 1980). Việc áp dụng ADN marker dễ dàng hơn và tương lai sẽ rẻ tiền hơn nhờ sự cải tiến không ngừng của các nhà khoa học.
Về căn bản, bất cứ chuỗi mã ADN nào ựược dùng ựể phân biệt giữa 2 cá thể, 2 dòng hoặc 2 giống khác nhau, ựều có thể ựược xem là 1 ADN marker. Các ADN marker có thể chia thành 2 nhóm:
- PCR - based: ALP, AFLP, SSR, SSCP.
- ADN/ADN hybridization - based: RFLP, minisatellitẹ
Các marker thuộc nhóm PCR-based có thể ựược chia nhỏ thành: Ớ MAAP.
Ớ Marker ngắn, có tắnh ngẫu nhiên: RAPD, AP-PCR, DAF, AFLP. Ớ Và amplicon ựơn: ALP, SSR, SSCP.
Những lợi ắch của ADN marker so với marker hình thái và isozyme marker là:
- Có nhiều marker trong quần thể.
- đo lường không chi phối ảnh hưởng môi trường và ảnh hưởng có tắnh chất phát triển.
Do những lợi ắch nêu trên, ADN marker ngày nay trở nên thông dụng trong nghiên cứu di truyền cây lúạ
Bảng 2. 1: Các loại ADN marker thông dụng
Marker Tên ựầy ựủ RFLP ALP AFLP RAPD DAF SSR AP - PCR SSCP MRDHV - DNA SNP
Restriction fragment length polymorphism Amplicon length polymorphism
Amplified fragment length polymorphism Random amplified polymorphic DNA DNA amplification fingerprinting
Simple sequence repeat ( microsatellite) Arbitrary primer - PCR
Single strand conformation polymorphism
Moderately repeated, dispersed, and highly variable DNA (minisatellite)
Single nucleotide polymorphism
