Các phương tiện vân chuyển đất đá được bịt kín hạn chế vương vãi.
Với khu vực mặt bằng công trường: bố trí hợp lý, tiết kiệm, hạn chế công tác đào, đắp. Với các tuyến đường thi công: bố trí hợp lý các mái đào, các cơ đảm bảo độ ổn định. Khi kết thúc giai đoạn xây dựng rải đề tầng phủ thực vật, san bằng, trồng loại cây thích hợp; diện tích trồng cây bằng diện tích bãi thải.
Chất thải xây dựng chủ yếu là đất và đá thải, được thu gom vào các bãi thải đất, đá thải riêng để tranh các vấn đề môi trường như: Xói mòn, trượt lở đất, lũ quét, ... trong mùa mưa lũ, bao gồm các hạng mục công trình cụm đầu mối, cụm năng lượng, khu vực đường cấp nước PCCC cho Hầm Đèo Cả và khu vực đường ống cấp nước sạch thô cho khu kinh tế Vân Phong, với tổng khối lượng khoảng 308,776 m3 đất đào và khoảng 4,097 m3 đá đào.
Các bãi thải phải được bố trí ở vị trí thuận lợi cho quá trình thi công và đảm bảo các vấn đề môi trường: Vị trí đặt bãi thải trên đường công vụ cách cửa đập số 2 khoảng 300m.
Để ổn định rìa của khối đất đá thải chống rửa trôi vật liệu thải xuống sông suối, hồ, hạn chế ô nhiễm các nguồn nước, bảo vệ cảnh quan,… Khi tiến hành đổ đất đá thải cần phải đổ những đất đá có dung tích lớn xung quanh các vị trí bãi thải, có tác dụng như đê quây để ngăn những đất đá thải có kết cấu bở rời cuốn theo dòng nước chảy ra sông khi có mưa. Các loại đất đá có kết cấu bở rời được đổ vào giữa bãi thải. Theo quy trình đổ thải thì khi đổ thải phải đổ
đầu tư yêu cầu nhà thầu và các đơn vị thi công giám sát chặt chẽ công tác đổ thải theo đúng quy định.
Các chất thải rắn phát sinh từ các cơ sở hoạt động khác (vỏ bao bì,…), tuy không nhiều nhưng cũng phải được thu gom triệt để.
Phế thải từ các cơ sở công nghiệp, kho tàng như vỏ bao xi măng, ni lông được thu gom để tái sử dụng.
Công trình xử lý chất thải rắn xây dựng: Xây dựng bãi đổ thải đất, đá riêng, thu gom các chất thải rắn như bao bì, vật liệu kim loại hỏng… vào các thùng thu gom để xử lý.