Bên cạnh những thành tựu đó đạt được, hoạt động thu hút FDI vào các KCN, KCX vùng ĐBSCL cũn nhiều hạn chế, thể hiện nổi bật trong những khớa cạnh sau:
Thứ nhất, lượng vốn FDI thu hút được vào các KCN, KCX cũn rất thấp. Tính đến năm 2008, luỹ kế vốn FDI của các KCN, KCX trong vùng chỉ đạt 1190 triệu USD, chỉ chiếm 3.5% tổng vốn FDI thu hút vào các KCN, KCX trong cả nước, bằng 4.9% vốn FDI thu hút được của vùng Đông Nam Bộ. Với những gỡ mà vựng đất này có được thỡ con số này cho thấy sự phí phạm những tiềm năng.
Thứ hai, vốn đầu tư phân bố không đồng đều, chủ yếu chỉ tập trung ở một số tỉnh
Như ở trên đó phõn tớch, lượng vốn FDI vào các KCN, KCX vùng ĐBSCL rất thấp. Không những thế, lượng vốn FDI cũng chỉ tập trung tại một số tỉnh như Long An, Cần Thơ, Tiền Giang; nhiều địa phương trong vùng chưa thu hút được đồng vốn đầu tư nào từ các nhà đầu tư nước ngoài như: Kiên Giang, Hậu Giang. Đây là một xu hướng không tốt, vỡ lõu dần, sẽ phân hóa ngày càng mạnh mẽ sự phát triển kinh tế - xó hội, sự giầu nghốo giữa cỏc địa phương.
Thứ ba, lĩnh vực đầu tư chủ yếu là lĩnh vực công nghệ lạc hậu, vốn ít, lao động nhiều.
Lĩnh vực đầu tư chủ yếu vào các KCN, KCX trong vùng là chế biến nông – thủy sản, chế biến thức ăn chăn nuôi, giầy da, may mặc thu hút nhiều lao động, hàm lượng công nghệ thấp. Các dự án sản xuất hang điện tử, hang công nghệ cao cũn rất hiếm.
Thứ tư, nhiều dự án FDI chậm triển khai
Việc sử dụng vốn đăng ký của khu vực FDI cao hơn nhiều so với khu vực có vốn đầu tư trong nước. Song vẫn có tới 44 dự án chưa được triển khai, trong đó nhiều dự án được cấp phép hơn một năm mà vẫn chưa được triển khai thực hiện. Tỡnh hỡnh này ảnh hưởng tới hiệu quả sử dụng đất trong các KCN, KCX, các dự án không được triển khai thỡ nguồn vốn đầu tư sẽ không tạo ra được những giá trị của nó, đất đai bị bỏ không, chi phí cơ hội của nó là rất lớn.