Nội dung của hợp đồng chuyển giao công nghệ thể hiện các quyền và nghĩa vụ của các bên trong quan hệ hợp đồng. Tuy nhiên, nếu trong nội dung của hợp đồng không ghi nhận, thì những quyền và nghĩa vụ vẫn được thực hiện theo quy định của pháp luật. Hợp đồng chuyển giao công nghệ là một hợp đồng song vụ, nên nghĩa vụ của bên này tương ứng với quyền của bên kia. Luật Chuyển giao công nghệ đã có những quy định rất rõ ràng về quyền và nghĩa vụ của bên giao công nghệ và bên nhận công nghệ.
* Đối với nội dung công nghệ được chuyển giao và các điều kiện về bảo hành và thời hạn bảo hành
Bên chuyển giao phải tuân thủ các cam kết nghĩa vụ về nội dung công nghệ được chuyển giao cho bên nhận chuyển giao. Bên chuyển giao phải bảo đảm quyền chuyển giao công nghệ là hợp pháp, đúng theo các các điều kiện đã được thỏa thuận và không bị bên thứ ba hạn chế, trừ trường hợp các bên có thỏa thuận khác. Trong trường hợp bên chuyển giao vi phạm nghĩa vụ này thì bên nhận chuyển giao có quyền yêu cầu bên chuyển giao phải thực hiện đúng các cam kết, nghĩa vụ đã được thỏa thuận trong hợp đồng. Đồng thời, bên nhận chuyển giao phải tuân thủ các điều kiện (nếu có thỏa thuận) để nhận chuyển giao thành công công nghệ. Thông thường, điều kiện tiếp nhận được thỏa thuận là các yêu cầu nhất định về trình độ chuyên môn kỹ thuật đối với nhân công, kỹ sư vận hành công nghệ, điều kiện về nhà xưởng... Đây là các điều
khoản rất quan trọng, nhằm ràng buộc trách nhiệm của bên giao và bên nhận để đảm bảo chuyển giao công nghệ được thực hiện thành công.
Bên nhận công nghệ có quyền yêu cầu các cơ quan nhà nước có thẩm quyền bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp liên quan đến công nghệ được chuyển giao. Pháp luật hiện hành cũng có những quy định về nghĩa vụ của bên giao để đảm bảo được chất lượng công nghệ chuyển giao. Bên giao phải thông báo cho bên nhận công nghệ và áp dụng các biện pháp thích hợp khi phát hiện có khó khăn về kỹ thuật làm cho kết quả chuyển giao công nghệ không đạt yêu cầu quy định. Theo điều khoản này, trong trường hợp có bất kỳ sự cố, hỏng hóc hoặc khó khăn nào dẫn tới khả năng làm sai lệch kết quả chuyển giao, bên chuyển giao phải thực hiện nghĩa vụ bảo đảm, bảo hành của mình. Bên nhận có quyền yêu cầu bên giao thực hiện nghĩa vụ này khi tự mình phát hiện thấy sự cố, hỏng hóc hoặc khó khăn nói trên. Trên thực tế, các bên thường thỏa thuận nghĩa vụ bảo đảm, bảo hành này trong một khoảng thời gian từ khi áp dụng công nghệ đến khi kết thúc một khoảng thời gian chạy thử, vận hành công nghệ để sản xuất sản phẩm.
* Đối với phạm vi công nghệ được chuyển giao
Trong hợp đồng chuyển giao công nghệ, các bên thông thường có các thỏa thuận về phạm vi công nghệ được chuyển giao nhằm xác định rõ quyền hạn và nghĩa vụ của từng bên. Việc chuyển giao có thể thỏa thuận là chuyển giao quyền sở hữu công nghệ hoặc chuyển giao quyền sử dụng công nghệ. Chuyển giao quyền sở hữu công nghệ là việc bên chuyển giao - chủ sở hữu công nghệ chuyển giao toàn bộ quyền chiếm hữu, quyền sử dụng, quyền định đoạt công nghệ cho bên nhận chuyển giao là tổ chức, cá nhân. Việc chuyển giao quyền sở hữu công nghệ bao gồm một hoặc nhiều phương thức chuyển giao. Trường hợp công nghệ là đối tượng được bảo hộ quyền sở hữu công nghiệp thì việc chuyển giao quyền sở hữu công nghệ phải được thực hiện cùng với việc chuyển giao quyền sở hữu công nghiệp theo quy định của pháp luật về sở hữu trí tuệ.
Chuyển giao quyền sử dụng công nghệ là việc bên chuyển giao là tổ chức, cá nhân có quyền chuyển giao công nghệ (chủ sở hữu công nghệ hoặc tổ chức, cá nhân được chủ sở hữu công nghệ cho phép chuyển giao quyền sử dụng công nghệ; hoặc tổ chức, cá nhân có công nghệ là đối tượng sở hữu công nghiệp nhưng đã hết thời hạn bảo hộ hoặc không được bảo hộ tại Việt Nam có quyền chuyển giao quyền sử dụng công nghệ đó) cho phép bên nhận chuyển giao là tổ chức, cá nhân khác sử dụng công nghệ.
Phạm vi chuyển giao trong chuyển giao quyền sử dụng công nghệ hẹp hơn so với chuyển giao quyền sở hữu công nghệ. Theo quy định của Luật Chuyển giao công nghệ, phạm vi chuyển giao quyền sử dụng công nghệ do các bên thỏa thuận, có thể bao gồm một hoặc các nội dung sau đây:
+ Độc quyền hoặc không độc quyền sử dụng công nghệ.
Các bên có thể thỏa thuận việc bên nhận chuyển giao được độc quyền sử dụng công nghệ hoặc không. Nếu không được độc quyền sử dụng công nghệ, thì bên chuyển giao có thể tiếp tục sử dụng công nghệ hoặc chuyển giao cho chủ thể khác mà không vi phạm hợp đồng.
+ Được chuyển giao lại hoặc không được chuyển giao lại quyền sử dụng công nghệ cho bên thứ ba.
Các bên có thể thỏa thuận việc bên chuyển giao có thể chuyển giao công nghệ cho một chủ thể thứ ba hay không. Nếu không có thỏa thuận này, theo quy định của Điều 8 Luật Chuyển giao công nghệ, bên chuyển giao không được chuyển giao công nghệ cho chủ thể thứ ba.
+ Lĩnh vực sử dụng công nghệ.
Các bên có thể thỏa thuận việc áp dụng công nghệ chỉ giới hạn trong một lĩnh vực nhất định, không được áp dụng sang lĩnh vực khác, nếu không có sự đồng ý của bên chuyển giao. Ví dụ, nếu đã thỏa thuận rằng công nghệ được áp dụng trong lĩnh vực sản xuất thuốc chữa bệnh thì bên nhận chuyển giao không được áp dụng cho việc sản xuất mỹ phẩm.
+ Quyền được cải tiến công nghệ, quyền được nhận thông tin cải tiến công nghệ.
Các bên có quyền thỏa thuận việc bên chuyển giao có quyền cải tiến công nghệ hay không. Nếu không có thỏa thuận này, theo quy định của pháp luật, bên nhận chuyển giao có quyền cải tiến công nghệ. Bên nhận chuyển giao cũng có quyền nhận thông tin về cải tiến công nghệ, mặc dù có thể không đưa nội dung này vào trong hợp đồng.
+ Độc quyền hoặc không độc quyền phân phối, bán sản phẩm do công nghệ được chuyển giao tạo ra.
Các bên có thể thỏa thuận việc bên nhận chuyển giao độc quyền trong việc phân phối, bán các sản phẩm do công nghệ tạo ra trong một phạm vi thị trường nhất định. Điều này rất quan trọng trong trường hợp bên nhận chuyển giao không độc quyền trong việc sử dụng công nghệ.
Nếu không có thỏa thuận này, bên nhận chuyển giao không có quyền độc quyền phân phối hoặc bán sản phẩm.
+ Phạm vi lãnh thổ được bán sản phẩm do công nghệ được chuyển giao tạo ra.
Nhằm đảm bảo hạn chế sự cạnh tranh không cần thiết và bảo đảm quyền lợi cho các bên sử dụng công nghệ, các bên trong hợp đồng có thể thỏa thuận về phạm vi lãnh thổ được bán các sản phẩm do công nghệ được chuyển giao tạo ra. Ví dụ: các sản phẩm thuốc từ công nghệ được chuyển giao chỉ được bán trong khu vực Đông Nam Á (bao gồm các quốc gia Việt Nam, Lào, Campuchia và Thái Lan). Nếu không có thỏa thuận này, sản phẩm từ công nghệ không bị hạn chế phạm vi tiêu thụ.
+ Các quyền khác liên quan đến công nghệ được chuyển giao.
Trường hợp công nghệ là đối tượng được bảo hộ quyền sở hữu công nghiệp thì việc chuyển giao quyền sử dụng công nghệ phải được thực hiện cùng với việc chuyển giao quyền sở hữu công nghiệp theo quy định của pháp luật về sở hữu trí tuệ.
* Đối với các cam kết, thỏa thuận về bảo mật thông tin
Pháp luật hiện hành quy định cả bên giao công nghệ và bên nhận công nghệ phải tuân thủ nghĩa vụ giữ bí mật thông tin trong quá trình đàm phán, ký kết hợp đồng chuyển giao công nghệ. Nghĩa vụ bảo mật thông tin công nghệ cũng có thể là một yêu cầu của bên giao đối với bên nhận. Theo đó, bên nhận công nghệ có nghĩa vụ giữ bí mật về tất cả các thông tin là nội dung công nghệ hoặc các vấn đề liên quan đến công nghệ được chuyển giao trong một khoảng thời hạn nhất định. Thời hạn này có thể chỉ là trong khoảng thời hạn hiệu lực của hợp đồng, hoặc cũng có thể dài hơn thời hạn của hợp đồng. Bên cạnh đó, các bên cũng có thể thỏa thuận những trường hợp ngoại lệ cho phép bên nhận công nghệ được tiết lộ công nghệ như thông tin được phổ biến rộng rãi trong công chúng, không phải do lỗi của Bên nhận; thông tin được Bên nhận phát triển độc lập và hợp pháp; hoặc thông tin trở thành một phần của công luận.... Xét về các đặc trưng của hợp đồng chuyển giao công nghệ với đối tượng là công nghệ, nghĩa vụ bảo mật thông tin có thể được coi là một trong những nghĩa vụ đặc thù.
* Đối với vấn đề nghĩa vụ tài chính
Bên nhận công nghệ có nghĩa vụ và bên giao công nghệ được quyền nhận thanh toán đầy đủ theo quy định của hợp đồng và hưởng quyền, lợi ích khác theo thỏa thuận trong hợp
đồng; hưởng ưu đãi theo quy định của pháp luật. Nghĩa vụ thanh toán là một trong những nghĩa vụ quan trọng nhất của bên nhận công nghệ để đổi lại quyền được nhận công nghệ từ bên giao. Bên cạnh đó, trong hợp đồng chuyển giao công nghệ thường có thỏa thuận rõ ràng về thuế đánh trên các khoản thu từ chuyển giao công nghệ. Trong trường hợp không có thỏa thuận thì khoản thuế này sẽ do bên giao chịu trách nhiệm chi trả do đây là khoản thuế trực thu tính trên thu nhập của bên giao công nghệ. Đối với các hợp đồng chuyển giao công nghệ được ký kết giữa bên chuyển giao là bên nước ngoài và bên nhận là tổ chức, cá nhân ở Việt Nam, theo quy định của Thông tư 05/2005/TT-BTC ngày 11/01/2005, mức thuế suất 10% tính trên phí chuyển giao công nghệ sẽ được áp dụng. Đối với các hợp đồng chuyển giao công nghệ được ký kết giữa các tổ chức cá nhân trong nước, thuế thu nhập doanh nghiệp sẽ được áp dụng trên khoản tiền phí chuyển giao công nghệ mà bên giao được nhận.