Mặc dù AASC thực hiện đánh giá HTKSNB tại khách hàng khá hiệu quả nhưng vẫn không thể tránh khỏi những hạn chế nhất định.
Thứ nhất, sử dụng hạn chế các cách thức mô tả HTKSNB. Trong việc đánh giá HTKSNB KTV tại AASC sử dụng hai cách mô tả HTKSNB chủ yếu là bảng câu hỏi và bảng tường thuật, trong đó bảng câu hỏi được sử dụng nhiều hơn. Việc vận dụng hai phương pháp mô tả này thường chỉ thắch hợp cho việc đánh giá HTKSNB của các khách hàng sử dụng các thủ tục đơn giản, đồng thời dễ thực hiện kiểm tra và soát xét. Loại câu hỏi đóng được sử dụng nhiều, với ba phương án trả lời là Có, Không và Không áp dụng. Theo đó, câu trả lời chỉ nêu được hiện tượng mà không nêu ra mức độ thực hiện của các thủ tục kiểm soát. Trên thực tế, kiểm toán không thể đưa đến đánh giá, nhận định đầy đủ về HTKSNB nếu chỉ dựa trên bảng câu hỏi này.
Mặt khác, thực tế cho thấy, phương pháp lưu đồ mang tắnh hiệu quả cao hơn nhờ có nhiều ưu điểm: một là cung cấp cái nhìn khái quát, súc tắch về toàn bộ HTKSNB, mối liên hệ giữa quá trình luân chuyển chứng từ với các hoạt động kiểm soát; hai là KTV dễ dàng nhận ra những thiếu sót của thủ tục qua việc vận hành hệ thống kiểm soát; ba là dễ theo dõi và sử dụng. Tuy nhiên, hiện nay việc sử dụng lưu đồ trong kiểm toán BCTC ở AASC đang còn hạn chế. Nguyên nhân chủ yếu là việc lập lưu đồ thường khá phức tạp cần nhiều thời gian và công sức, để lập chắnh xác đòi hỏi KTV phải rất có kinh nghiệm. Trong nhiều trường hợp, KTV vẫn sử dụng phương pháp đơn giản là sử dụng bảng câu hỏi để miêu tả hoạt động kiểm soát tại khách hàng.
Thứ hai là tắnh chủ quan trong chọn mẫu thử nghiệm kiểm soát. Trong bước thực hiện thử nghiệm kiểm soát bằng phương pháp kiểm tra tài liệu, KTV thường chọn mẫu theo nhận định nghề nghiệp, chủ quan. Điều này chứa đựng rủi ro là KTV chọn mẫu không đại diện cho tổng thể, làm mất tắnh chắnh xác và gây ảnh hưởng tới kết quả của cuộc kiểm toán. Bên cạnh đó, trong đánh giá rủi ro kiểm soát, đối với các khách hàng thường niên, KTV thường đánh giá ở mức thấp do đã có kinh nghiệm các năm trước về rủi ro của khách hàng, còn với các khách hàng năm đầu KTV đặt hoài nghi cao hơn về HTKSNB nên rủi ro kiểm soát được đánh giá ở mức cao hơn. Điều này cho thấy tắnh chủ quan trong đánh giá khách hàng mới có thể làm tăng chi phắ không cần thiết cho cuộc kiểm toán.
Thứ ba, về phương pháp tiếp cận. Khi đánh giá HTKSNB tại doanh nghiệp KTV của AASC phần lớn sử dụng tiếp cận theo khoản mục. Cách này có ưu điểm là dễ thực hiên, tốn ắt thời gian và chi phắ nhưng không thấy được mối liên hệ giữa các khoản mục với nhau. Trong khi tiếp cận theo chu trình thì khó thực hiện hơn nhưng nó cho thấy được sự liên quan, ảnh hưởng qua lại đặc biệt là mối quan hệ nguyên nhân-kết quả trong một chu trình kiểm soát. Thường thì sai phạm ở khâu đầu mối sẽ dễ dàng dẫn tới những sai phạm ở các khâu sau. Sử dụng cách tiếp cận này, KTV dễ dàng khoanh vùng các vùng có thể ẩn chứa rủi ro cao, khả năng dẫn tới sai phạm trọng yếu trong trình bày báo cáo tài chắnh.