Sau khi đánh giá mức trọng yếu và rủi ro kiểm toán ở các khoản mục, trưởng nhóm kiểm toán sẽ thông báo kế hoạch kiểm toán chính thức, chi tiết các công việc cần
thực hiện, thời gian hoàn thành và phân công lao động cụ thể cho các kiểm toán viên trong nhóm kiểm toán, cũng như đề xuất với khách hàng các thông tin, tư liệu liên quan cần sử dụng để khách hàng có thể cung cấp phục vụ cho quá trình kiểm toán của APS.
Đối với cả hai khách hàng A và B của công ty APS, trên cơ sở kế hoạch kiểm toán tổng thể, trưởng nhóm kiểm toán sẽ tiến hành xây dựng chương trình kiểm toán cụ thể chi tiết cho từng phần hành kiểm toán (kế hoạch chi tiết). Chương trình kiểm toán được thiết kế phù hợp sẽ đem lại rất nhiều lợi ích cũng như thuận tiện trong quá trình tiến hành công tác kiểm toán. Ngoài việc sắp xếp một cách có kế hoạch các công việc và nhân lực, đảm bảo sự phối hợp giữa các kiểm toán viên cũng như hướng dẫn cho các kiểm toán viên chưa có nhiều kinh nghiệm vì theo chương trình kiểm toán, các kiểm toán viên này sẽ biết các thủ tục kiểm toán cụ thể nào được thực hiện, thì đây còn là phương tiện để trưởng nhóm kiểm toán quản lý, giám sát cuộc kiểm toán thông qua việc xác định các bước công việc nào còn phải thực hiện. Thêm vào đó, đây cũng là bằng chứng để chứng minh các thủ tục kiểm toán đã thực hiện. Thông thường sau khi hoàn thành một cuộc kiểm toán, kiểm toán viên ký tên hoặc ký tắt lên chương trình kiểm toán liền ngay với thủ tục kiểm toán vừa hoàn thành.
Do mỗi phần hành kiểm toán có vị trí, đặc điểm khác nhau nên phạm vi, loại hình kiểm toán cũng khác nhau dẫn đến số lượng và thứ tự các bước kiểm toán cũng khác nhau. Xây dựng chương trình kiểm toán chính là việc xác định và thứ tự các bước kể từ điểm bắt đầu đến điểm kết thúc công việc kiểm toán. Tại công ty TNHH Kiểm toán và Tư vấn Kế toán An Phát, chương trình kiểm toán đã được xây dựng sẵn cho từng khoản mục khác nhau. Dựa trên chương trình kiểm toán mẫu đó, trưởng nhóm kiểm toán sẽ tiến hành điều chỉnh cho phù hợp với từng khách hàng cụ thể. Khi hoàn thành mỗi thủ tục trong chương trình kiểm toán, KTV sẽ ghi tham chiếu, tên và ngày thực hiện lên giấy tờ làm việc của chương trình kiểm toán tương ứng với thủ tục mà mình thực hiện.
(Chương trình kiểm toán đối với các khoản mục doanh thu, các khoản phải thu của công ty TNHH Kiểm toán và Tư vấn Kế toán An Phát được trích dẫn trong phần phụ lục)