Mặc dù có những tiềm năng phát triển, nhưng việc ứng dụng chứng khoán hóa trong hoạt động huy động vốn trên thị trường Việt Nam còn vướng phải một số
khó khăn:
Chưa có hệ thống pháp lý phù hợp cho chứng khoán hóa: Hiện nay, ở Việt Nam chưa có một văn bản pháp luật nào quy định và điều chỉnh hoạt động của nghiệp vụ chứng khoán hóa, ngay cả trong các văn bản về chứng khoán và thị trường chứng khoán cũng chưa đề cập về vấn đề này. Các tổ chức trung gian như SPV, các tổ chức định giá tín nhiệm - vốn là những tổ chức quyết
định sự tồn tại của nghiệp vụ chứng khoán hóa – vẫn chưa thật sự được hoạt động một cách có hệ thống và quy cũ. Tất cả đều quá mới mẻ trong khi thị trường tài chính của chúng ta còn non trẻ và trong quá trình hoàn thiện.
Thị trường chứng khoán còn hạn chế: mặc dù đã hình thành và có những bước phát triển trong thời gian qua, nhưng thị trường chứng khoán Việt Nam vẫn chưa thực sự hoạt động hiệu quả bởi còn một số mặt hạn chế chưa được khắc phục, mà từ thực tếở các nước thì đây là thị trường rất quan trọng đối với các giao dịch chứng khoán hóa để chứng khoán (CDO) được phát hành và mua bán.
Thói quen sử dụng kênh huy động vốn thông qua hệ thống ngân hàng thương mại: Trong nhiều năm qua các doanh nghiệp Việt Nam đã quá quen với tập quán vay tín dụng ngân hàng trong nước vì phương thức này đơn giản, phù
hợp với thực trạng trình độ quản trị tài chính còn thấp của các doanh nghiệp hiện nay. Điều này khiến cho các doanh nghiệp e ngại việc ứng dụng các phương thức huy động nợ thay thế, trong đó có chứng khoán hóa và sản phẩm CDO.
Xếp hạng tín nhiệm: Xếp hạng tín nhiệm là một mắc xích rất quan trọng trong quy trình chứng khoán hóa danh mục các tài sản rủi ro tín dụng. Tuy nhiên, các tổ chức xếp hạng cũng như chất lượng xếp hạng ở Việt Nam vẫn còn hạn chế. Hiện nay, có ít nhất là 3 tổ chức ở Việt Nam được cho là cung cấp dịch vụ xếp hạng tín nhiệm, đó là Trung tâm thông tin tín dụng của Ngân hàng nhà nước VN CIC, Trung tâm khoa học thẩm định tín nhiệm doanh nghiệp CRC và Công ty thông tin tín nhiệm và xếp hạng doanh nghiệp Việt Nam C&R. Tuy nhiên theo như những báo cáo của họ thì dịch vụ mà CIC và C&R cung cấp giống như là của cơ quan thông tin tín dụng hơn là công ty xếp hạng tín dụng. Hai cơ quan này cung cấp thông tin về hồ sơ công ty (tên, địa chỉ, ngành nghề kinh doanh, lịch sử hoạt động v.v), và xếp hạng của riêng họ. Tuy nhiên họ lại không đưa ra các tiêu chuẩn để xếp hạng. Hơn nữa, các công ty xếp hạng tín dụng có uy tín trên thế giới luôn công bố khả
năng thanh toán nợ cho mỗi mức xếp hạng, cho nhà đầu tư thấy được mức độ tin cậy của đánh giá xếp hạng của họ.
Thêm vào đó, cơ quan chủ quản của các công ty xếp hạng tín dụng cũng là một vấn đề. Vì các công ty xếp hạng cung cấp đánh giá xếp hạng cho chính phủ và các công ty phát hành trái phiếu do đó các công ty này không nên có cổ phần trong công ty xếp hạng. Trong trường hợp của Việt Nam, nhiều người thấy khó có thể tin cậy những xếp hạng của CIC nếu CIC đưa ra các xếp hạng tín nhiệm cho các ngân hàng quốc doanh vì bản thân nó cũng là một bộ phận của NHNN có cổ phần ở các ngân hàng quốc doanh.