Trên địa bàn Quận 6 và Quận Bình Tân cũng như một số khu vực khác trên địa bàn Thành phố Hồ Chí Minh có 4 tầng chứa nước chính là:
Tầng chứa nước Holocen (qh);
Tầng chứa nước Pleistocen (qp);
Tầng chứa nước Pliocen trên (m24);
Tầng chứa nước Pliocen dưới (m14). a) Tầng chứa nước Holocen (qh):
Tầng chứa nước Holocen bao gồm các trầm tích đa nguồn gốc (sông, sông biển và sông biển đầm lầy). Chúng thường phân bố trên vùng có độ cao địa hình thấp từ nhỏ hơn 2 m đến 5 m, đôi nơi có độ cao địa hình từ 7 – 8 m. Tầng nước này có chiều dày nhỏ từ 0 – 8 m. Tại khu vực phía Bắc Thành phố và khu Thủ Đức cũ nước thuộc loại hình hóa học Clorua – sunfat.Tại các khu vực khác nước thuộc loại hình hoá học Clorua – Natri. Nguồn cung cấp chủ yếu là nước mưa, nước mặt trong các kênh ngấm trực tiếp vào tầng chứa nước. Thành phần thạch học của tầng chứa nước này ở khu vực Quận 6 và các khu vực nội thành, Quận Bình Tân, Quận Bình Chánh, Nhà Bè, Cần Giờ bao gồm bùn sét, sét lẫn cát mịn. Còn những khu vực như Cần Giờ, Thủ Đức, Hóc Môn, Quận 9 thì thành phần thạch học bao gồm bột sét, dưới là cát mịn đến thô Tuy nhiên, qua phân tích cho thấy, tầng này chứa nước rất nghèo, chất lượng nước kém, bị nhiễm mặn và nhiễm bẩn. Vì vậy, chúng không phải là đối tượng phục vụ khai thác nước dưới đất.
b) Tầng chứa nước Pleistocen (qp) :
Tầng chứa nước Pleistocen (qp): theo định nghĩa trong Luật tài nguyên nước thì tầng chứa nước Pleistocen (tầng I) là “tầng chứa nước thường phân bố ở độ sâu nhỏ hơn 50 m so với mặt đất khu vực thành phố Hồ Chí Minh”. Tầng này phân bố rộng trên toàn thành phố, nhưng chỉ lộ ra ở trung tâm Thành phố, Quận Tân Bình,
Quận 12, Bình Trị Đông, Vĩnh Lộc A, Hóc Môn, Củ Chi và Thủ Đức. Phần còn lại bị tầng Holocen phủ trực tiếp lên. Tầng chứa nước được cấu tạo bởi 2 lớp: lớp trên là lớp cách nước yếu, lớp dưới là lớp chứa nước.
Lớp cách nước yếu: phân bố từ 0 – 26m. Bề dày thay đổi mạnh từ 0m ở Bình Hưng ( Bình Chánh),; 10 -15 m ở Tân Thới Trung ( Củ Chi), Thới Tam Thôn (Hóc Môn). Nhưng phổ biến là bề dày từ 5 – 10 m. Thành phần thạch học của lớp là sét bột, sét màu xám vàng, nâu đỏ, nhiều nơi bị phong hóa có kết von laterit.
Lớp chứa nước: chiều dày thay đổi từ 3,2 m ở Linh Xuân (Thủ Đức) đến 63m ở Tân Tạo (Bình Tân). Ở khu vực Củ Chi, Hóc Môn, chiều dày tầng này thường nhỏ hơn 20 m, khu vực nội thành thường có chiều dày từ 20 – 30m. Thành phần thạch học của lớp gồm hạt cát mịn đến trung và thô, có nơi lẫn sạn sỏi màu xám nâu, xám vàng. Trong lớp chứa nước thường xen kẹp lớp sét, bột sét mỏng. Diện phân bố nước nhạt và mặn của tầng chứa nước qp có sự tách biệt nhau rõ rệt. Nước nhạt có diện rộng phân bố ở phía Tây Bắc, kéo dài từ Củ Chi đến Quận 5, Quận 6 và bắc Quận Thủ Đức. Nước mặn phân bố ở phía Tây huyện Bình Chánh và một phần Quận 2, Quận 9. Nước có loại hình hóa học chủ yếu là Clorua – Natri, loại hình nước thứ yếu là bicarbonat - natri; ngoài ra còn có thành phần hỗn hợp đặc trưng cho nước nhạt. Tầng chứa nước này có quan hệ với nước mưa, nước mặt và với tầng chứa nước Pliocen nằm ở dưới. Do nằm nông nên tầng này có thể nhận nước trực tiếp từ nước mưa và nước mặt. Tầng này là đối tượng phục vụ khai thác tập trung và riêng rẻ. Số giếng khai thác ở tầng này tập trung ở các Quận 3, Quận 10, Quận 11, Quận Gò Vấp, Quận Tân Bình, Quận Phú Nhuận, Quận Bình Thạnh.
Tầng chứa nước Pliocen (tầng II) là tầng chứa nước thường phân bố ở độ sâu 50m đến 150m so với mặt đất khu vực Thành phố Hồ Chí Minh. Tầng này cũng phân bố trên toàn thành phố, không lộ ra phía trên mặt mà bị tầng chứa nước Pleistocen phủ trực tiếp lên trên và nằm trên tầng Pliocen dưới. Tầng gồm 2 lớp:
Lớp cách nước: lớp này được cấu tạo bởi bột sét, sét có màu vàng, nâu đỏ. Chiều dày lớp nước thay đổi từ 2m (Quận 2) đến 48m ( Củ Chi). Lớp này phân bố đều khắp Thành phố.
Lớp chứa nước: thành phần thạch học của lớp gồm hạt cát mịn, trung đến thô, lẫn sạn sỏi thạch anh màu xám sáng, phân bố trong toàn vùng nghiên cứu. Chiều dày tầng nước thay đổi từ 36m ( Củ Chi) đến 82m (Hóc Môn), trong đó có xen kẹp lớp bột sét cách nước.
Nước nhạt phân bố trải dài từ Củ Chi theo phương Tây Bắc – Đông Nam đến Quận 4, bắc Thủ Đức, một phần Quận 9 và theo hướng Tây Nam về phía Bình Chánh. Nước mặn ở rìa phía Tây Thành phố (giáp Long An), Quận 2, nam Quận 9 và từ Quận 4, Quận 7 đến hết địa phần Thành phố.Nước có loại hình hóa học chủ yếu là Clorua – Natri và Bicarbonat – Natri. Chiều dày tầng từ 5 – 10 m ở các Quận nội thành, riêng Quận Bình Chánh, Bình Tân, Nhà Bè chiều dày tầng dao động từ 10 – 32,5 m. Tầng này có quan hệ thủy lực với tầng chứa nước Pleistocen nằm ở trên và tầng Pliocen dưới nằm dưới vì giữa chúng được ngăn cách bằng các lớp thấm nước yếu có thành phần sét bột, bột cát, cát bột xen kẹp cát mịn và nhiều nơi xuất hiện các cửa sổ thủy lực. Mực nước trong tầng này dao động theo mùa và theo thủy triều. Tầng này có khả năng đáp ứng yêu cầu khai thác với quy mô vừa và lớn. Số giếng khai thác ở tầng này tập trung chủ yếu ở các quận như : Quận 6, Quận 11, Quận Tân Bình, Quận Thủ Đức, Quận Bình Tân và huyện Bình Chánh.
Tầng chứa nước Pliocen dưới là tầng chứa nước thường phân bố ở độ sâu 150m đến 300 m so với mặt đất khu vực Thành phố Hồ Chí Minh. Tầng chứa nước này cũng phân bố gần như hết cả Thành phố Hồ Chí Minh nhưng biến mất ở Quận 2 và Quận Thủ Đức. Tầng chứa nước này bị tầng Pliocen trên phủ trực tiếp lên. Tầng chứa nước có cấu tạo phía trên là lớp cách nước yếu , phía dưới là lớp chứa nước.
Lớp cách nước: phân bố ở hầu khắp thành phố, được cấu tạo bởi bột sét, sét có màu vàng, nâu đỏ. Chiều dày lớp thường thay đổi từ 5 – 10m.
Lớp chứa nước: thành phần thạch học của lớp gồm cát hạt mịn, trung đến thô, lẫn sạn sỏi thạch anh màu xám sáng, tạo thành tầng chứa nước liên tục trong toàn vùng nghiên cứu. Chiều dày tầng chứa nước thường lớn hơn 50m. Nước mặn đến lợ gặp phân bố ở phía Nam Thành phố từ Quận 9, Quận 7 , Nhà Bè đến tận Cần Giờ. Phía Tây giáp Long An nước mặn phân bố trên diện hẹp ở khu vực xã Vĩnh Lộc huyện Bình Chánh. Nước nhạt của tầng chứa nước Pliocen trên phân bố trên diện rộng, trải dài theo phương Tây Bắc – Đông Nam từ Củ Chi đến một phần Quận 7, Nhà Bè đến hết địa phận thành phố Hồ Chí Minh giáp Long An. Những khu vực có nước nhạt có thể phục vụ cho sinh hoạt và ăn uống. Hiện nay, nước của tầng này được khai thác chủ yếu ở Phú Mỹ Hưng, Quận 8, Tân Quý Đông, Phong Phú, Đa Phước, Hóc Môn.
Ngoài 4 tầng chứa nước trên, Thành phố Hồ Chí Minh còn có đới chứa nước các trầm tích Mezozoi. Tuy nhiên, đới chứa nước này bị tầng chứa nước Pliocen phủ trực tiếp lên và chỉ lộ ra ở xã Long Bình – quận Thủ Đức; khả năng chứa nước rất hạn chế nên không phải là đối tượng để khai thác.