Bổ sung có mục tiêu từ ngân sách cấp trên cho ngân sách cấp dưới nhằm trợ cấp cho ngân sách cấp dưới thực hiện một số nhiệm vụ như:
bố trí trong dự toán ngân sách.
- Hỗ trợ thực hiện dự án quốc gia, chẳng hạn đầu tư cho các xã nghèo (chương trình 135), trồng rừng (chương trình 661), chương trình quốc gia về giáo dục, y tế nhằm thực hiện các mục tiêu quan trọng của quốc gia ở cấp địa phương. Chi ngân sách cho chương trình mục tiêu quốc gia đã tăng lên nhanh chóng. Mức chi tiêu cho chương trình mục tiêu quốc gia trong tổng chi ngân sách năm 1998 là 2%, năm 1999 đến 2001 là 2,9%, năm 2004 là 3,4%. Chương trình này đã trở thành một công cụ quan trọng thúc đẩy tăng trưởng kinh tế và xóa đói giảm nghèo.
Ngoài ra còn có các khoản bổ sung có mục tiêu riêng cho một số tỉnh nhất định xuất phát từđề xuất của tỉnh được Quốc hội phê chuẩn.
- Hỗ trợ thực hiện các mục tiêu, công trình, dự án có ý nghĩa lớn đối với sự phát triển kinh tế - xã hội của địa phương mà ngân sách cấp dưới chưa bố trí đủ nguồn. Loại hình bổ sung này thường được thực hiện theo phương thức đối ứng.
- Hỗ trợ xử lý các khó khăn đột xuất, khắc phục thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn trên diện rộng, sau khi ngân sách cấp dưới đã sử dụng, dự phòng và một phần của quỹ dự trữ tài chính của địa phương nhưng chưa đáp ứng được yêu cầu.
- Trước đây kinh phí cho các chương trình mục tiêu quốc gia cấp cho địa phương bằng kinh phí ủy quyền, nhưng từ năm 2001, kinh phí này được đưa vào cân đối ngân sách địa phương dưới hình thức bổ sung có mục tiêu.