- Vấn đề thứ nhất liên quan đến phân cấp nguồn thu ở Việt Nam là chính quyền địa phương không có quyền tự chủđáng kể về quyết định các khoản thu. Hình thức tự chủ duy nhất hiện nay là thẩm quyền quy định mức thu một số loại phí như: Học phí, phí dịch vụ vệ sinh,… Tự chủ về thuế là một vấn đề gai góc đối với nhiều chính phủ, nhất là chính phủ trong chế độ chính trị nhất thể. Thường có lực cản chính trị đối với giao quyền đánh thuế cho địa phương và nhiều chính phủ cho rằng để đối xử công bằng với các công dân, cần có một hệ thống thuế thống nhất trên toàn quốc. Tuy nhiên lợi ích của phân cấp ngân sách trong việc tăng hiệu quả chi tiêu có thể thu được khi chính quyền địa phương có trách nhiệm và đáp ứng nhu cầu cũng nhưưu tiên cho người nộp thuế. Có thể cho rằng một cách hiệu quảđể nâng cao trách nhiệm giải trình và khả năng đáp ứng về mặt ngân sách là giao cho chính quyền các địa phương một mức độ tự chủ nào đó về thuế, tương ứng với nguồn lực và khả năng quản lý.
- Ngược lại không phải mọi hình thức tự chủ về thuế đều là cần thiết. Chẳng hạn, việc cho phép các chính quyền địa phương đưa ra các loại thuế riêng hay thay đổi cơ cấu thuế hiện tại có thể phản tác dụng đối với nền kinh tế thị trường. Điều này có thể tạo ra cạnh tranh về thuế và tạo ra rào cản đối với hàng hóa và dịch vụ. Hình thức đơn giản và tự chủ về thuế là cho phép chính quyền địa phương lựa chọn thuế suất, có thể là trong phạm vi một khung thuế suất do Quốc hội quy định.
- Còn một nhóm vấn đề thứ hai liên quan đến cơ chế phân chia nguồn thu hiện hành. Hiện nay, số thu được phân chia giữa ngân sách Trung ương và ngân sách địa phương dựa theo đặc điểm mà thuế thường thu. Điều này làm nảy sinh những rắc rối về tính công bằng, đặc biệt là trong thuế VAT và thuế thu nhập doanh nghiệp. Như vậy nhưng thành phố lớn như thành phố Hồ Chí Minh, Hà Nội, và một số tỉnh có công nghiệp phát triển hơn sẽ được lợi. Sử dụng nguyên tắc nguồn gốc trong chia sẽ VAT cũng có thể dẫn đến bảo hộ thị trường do tạo ra những hàng rào phí tự nhiên đối với thương mại trong nước.
- Một số quốc gia lựa chọn phương thức tập trung hóa VAT, nhiều nước khác thay vào đó lại sử dụng công thức trực tiếp để tính toán phân chia VAT, chẳng hạn phân chia theo đầu dân. Trong trường hợp thuế thu nhập doanh nghiệp, phân chia dựa vào nguồn gốc cũng gặp nhiều vướng mắc. Một số quốc gia phân chia thuế này với chính quyền địa phương nơi doanh nghiệp hoạt động. Việc phân chia thuế thu nhập cá nhân tại địa phương cũng có nhiều vướng mắc tại đô thị, nơi người lao động sinh sống tại một đơn vị hành chính và làm việc tại một đơn vị khác, như trường hợp ở thành phố Hồ Chí Minh và tỉnh Bình Dương. Vấn đề cơ bản ở đây là thuế thu nhập cá nhân cần được đóng nơi cư trú bởi đó là nơi người nộp thuế sử dụng hầu hết các dịch vụ công.
- Luật ngân sách nhà nước không còn quy định rõ nguồn thu đối với cấp huyện và xã mang lại cho cấp tỉnh sự tự chủ linh hoạt về ngân sách khả năng thích ứng với các tình huống có thể xảy ra trên địa bàn toàn tỉnh. Điều này cho phép phân cấp mạnh hơn trường hợp có quy định cụ thể nhiệm vụ thu, nhưng cũng gây khó khăn cho chính quyền cấp dưới như làm mất tự chủ về nguồn thu của họ và giảm sự chắc chắn và dựđoán được số thu.