Nghề khai thác cá biển ở xã Phù Long có truyền thống lâu đời, trong cơ chế quản lý nghề cá cũ trước đây HTX nghề cá Phù Long đã có một thời kỳ rất phát triển, là một điển hình của miền Bắc. Đạt được thành tích như vậy là bởi vì lúc đó là nghề cá thủ công, chỉ hoạt động đánh bắt ở vùng gần bờ, do ở vị trí tự nhiên thuận lợi, nguồn lợi ven bờ còn rất dồi dào và đội ngũ dân lành nghề, thuyền lưới và công cụ sản xuất được Chính phủ cho vay vốn…Tuy nhiên khi không còn cơ chế kinh tế tập thể, cùng với việc chặt phá rừng bừa bãi làm mất đi môi trường sống của nhiều loài thuỷ sản đã khiến cho việc đánh bắt gặp nhiều khó khăn.
Theo kết quả điều tra năm 2001 ở xã Phù Long trong vòng 20 năm trở lại đây, năng suất đã giảm đi 15 lần, từ 30 kg/người/ngày năm 1980 xuống chỉ còn 2 kg/người/ngày. Mặt khác do thiếu kinh nghiệm đánh cá xa bờ nên ngay cả khi được Nhà nước cho vay vốn để đóng được tàu lớn cũng hoạt động không có kết quả.
Cho đến hiện nay tại xã Phù Long vẫn còn các loại nghề khai thác ảnh hưởng đến nguồn lợi như đáy, te xiệp điện và các loại nghề khai thác huỷ diệt. Không chỉ có vậy, ngay trong và sát cạnh ranh giới khu bảo tồn biển Phù Long còn có nhiều hàng đáy. Đó là 2 hàng đáy ở Đồng Bài và 3 hàng ở Phù Long. Số hàng đáy này không phải của người dân địa phương huyện Cát Hải mà là người từ huyện Thuỷ Nguyên ra khai thác. Hiện nay UBND huyện Cát Hải đã có chủ trương gỡ bỏ nhưng chưa được chấp nhận.
Trong hoàn cảnh biến động về chính sách quản lý, cơ cấu nghề nghiệp, kinh tế xã hội, nghề khai thác ở địa phương đã phải đối đầu với nhiều khó khăn lớn. Để tìm hiểu các khó khăn này, cuộc điều tra tại 82 hộ làm nghề khai thác trong cộng đồng đã cho thấy khó khăn lớn nhất là
nguồn lợi cạn kiệt (45,1% người trả lời), sau đó là chi phí sản xuất lớn (24,4% người trả lời) do năng suất đánh bắt quá thấp và lao động thủ công.
Về cơ bản ngư dân tự bán sản phẩm mà mình đánh bắt được. Như vậy xét trên một góc độ nào đó, hộ ngư dân tự mình thâu tóm toàn bộ các khâu của quá trình sản xuất. Hình thức quản lý này khó đưa lại sự phát triển lớn và đồng bộ các lĩnh vực của nghề cá như phát triển thị trường, chế biến, xuất khẩu, hậu cần, dịch vụ…
Một vòng luẩn quẩn đã xuất hiện. Đó là càng khai thác ở vùng gần bờ thì nguồn lợi càng cạn kiệt, đời sống càng khó khăn, nhiều người nghèo lại càng trở nên nghèo hơn, nhiều người sử dụng các phương tiện khai thác huỷ diệt nguồn lợi (chất nổ, hoá chất, xung điện…) càng làm cho nguồn lợi suy giảm nghiêm trọng hơn. Một số người đã và đang tìm cách chuyển đổi nghề nghiệp để thoát khỏi cảnh cùng quẫn này.