Cà phê Trung Nguyên là Công ty Việt Nam đầu tiên áp dùng mô hình kinh doanh nhượng quyền thương hiệu. Bằng sự năng động và sáng tạo, Trung Nguyên đã xây dựng được một hệ thống quán nhượng quyền rộng khắp trong nước và tại các nước Nhật Bản, Singapore, Thái Lan và Campuchia, với một phong cách thưởng thức cà phê rất riêng
Trung Nguyên mạnh dạn xây dựng mô hình nhượng quyền với một hình thức rộng khắp cả nước và tiến hành xây dựng các cửa hàng nhượng quyền trên các nước trên thế giới. Công ty TNHH Trung Nguyên có văn phòng chính và nhà máy sản xuất đặt tại Buôn Ma Thuật cùng với rất nhiều chi nhánh trong toàn quốc. Các bộ phận trong tổ chức của doanh nghiệp đảm bảo một nhiệm vụ khác nhau, thực hiện các chức năng chuyên môn hoá.Giám đốc điều hành của công ty là doanh nhân: Đặng Lê Nguyên Vũ, là một doanh nhân trẻ và có những chiến lược kinh doanh cũng như quản lý một hệ thống các cửa hang theo mạng lưới phân phối bán lẻ hiện đại. Những người quản lý duy trì sự kiểm soát và thiết kế, sự phục vụ và chất lượng của các quán cà phê. Công ty tiến hành kinh doanh nhượng quyền bằng việc xây dựng các quán cà phê trên khắp cả nước. Các đại lý nhượng quyền phải mua cà phê của Trung Nguyên với mức chiết khấu 10%. Họ có quyền sử dụng tên Trung Nguyên và dấu hiệu nâu - vàng đặc biệt của nó với hình ảnh một ly cà phê bốc khói. Với chiến lược này doanh nghiệp Trung Nguyên tăng trưởng nhanh, bán chạy và quảng bá sản phẩm rộng khắp.
Bộ phận sản xuất của doanh nghiệp đã không ngừng trau chuốt hang hoá, sản phẩm đa dạng, đáp ứng nhu cầu của người tiêu dùng. Ngoài sản xuất các sản phẩm cà phê đặc trưng, doanh nghiệp tiến hành sản xuất các loại cà phê từ số1 đến số 9 với những hương vị đặc biệt khác nhau. Bộ phận sản xuất còn tiến hành sản xuất cốc, chén, đĩa, bàn ghế… đặc trưng của cà phê Trung Nguyên mà khách hàng có thể dễ dàng nhận thấy những đặc điểm này chỉ có ở doanh nghiệp Trung Nguyên.
Bộ phận bán hàng của doanh nghiệp tiến hành các bước nghiên cứu thị trường, điều tra phân đoạn thị trường và lên kế hoạch bán hàng, tiếp thị, quảng cáo đưa sản phẩm đến tay người tiêu dùng.
Các bộ phận về tư vấn giúp cho các đại lý nhượng quyền hiểu rõ về doanh nghiệp, đưa các kiến thức kinh doanh nhượng quyền và giúp cho việc tuyển dụng các đội ngũ