Đối với cán bộ lãnh đạo và công chức các cơ quan chủ quản, không ít người bị sợ mất quyền sau CPH DNNN. Trong khi đó các chế tài về quyền lợi, trách nhiệm của các bên chưa thật rõ ràng, nhất là lợi ích chung và lợi ích riêng. Một số đơn vị chủ quản thiếu chủ động và tập trung thực hiện do chưa muốn tách chức năng quản lý SXKD ra khỏi chức năng quản lý nhà nước. Thủ tục hành chính rườm rà với cơ chế “xin – cho” trong thủ tục CPH làm cho quá trình CPH DNNN kéo dài. Để đánh giá được giá trị tài sản doanh nghiệp, các đơn vị CPH phải tiếp xúc với nhiều đoàn kiểm tra khác nhau của Ngành quản lý cấp trên, của các Sở, Ban, Ngành của thành phố như: Sở thương mại, Sở tài chính, Sở khoa học - công nghệ, Sở địa chính và môi trường, Sở công nghiệp, Sở kế hoạch - đầu tư… nhưng do các Sở, Ban, Ngành chưa có một chuẩn thống nhất nên có doanh nghiệp phải chờ đợi cả năm trời. Vẫn còn một số cán bộ có nhận thức không thống nhất về chủ trương, bước đi, cách làm, trình tự thủ tục giải quyết các vấn đề trong quá trình CPH, lo CPH DNNN sẽ biến thành tư nhân hóa DNNN, nhất là đối với các doanh nghiệp mà Nhà nước không nắm giữ cổ phần chi phối. Từ đó chưa mạnh dạn đề xuất chính sách thúc đẩy quá trình CPH và sau CPH theo đề án của Chính phủ, Bộ, Ngành, thành phố cũng như việc hoạch định các bước đi tiếp theo sau CPH tạo chính sách thuận lợi cho doanh nghiệp phát triển. Trong khi đó, qui trình CPH không đơn giản, đặc biệt là nội dung, qui chế phân định rạch ròi giữa quyền lợi, quyền hạn, nghĩa vụ, trách nhiệm mà người lao động không dễ dàng gì tiếp thu.