Để thực hiện Luật Thuế GTGT và Luật Thuế TNDN, cơ quan thuế đó thực hiện cải tiến cơ bản quy trỡnh quản lý thuế và bước đầu hiện đại hoỏ cụng tỏc quản lý thu thuế:
Quản lý thu thuế đối với DN được thực hiện theo quy trỡnh ban hành kốm theo Quyết định số 1368 TCT/QĐ/TCCB ngày 16/12/1998 của Tổng cục Thuế. Qui trỡnh quản lý thuế trong giai đoạn này đó được cải tiến cơ bản là thực hiện xoỏ bỏ dần cơ chế "chuyờn quản" với mối quan hệ một-một giữa cỏc DN với cỏn bộ thuế chịu trỏch nhiệm quản lý đụn đốc thu nộp thuế nhằm hạn chế việc thụng đồng, dẫn đến tiờu cực trong việc kờ khai, tớnh thuế, tăng cường tớnh tự giỏc nộp thuế của ĐTNT và nõng cao hiệu quả quản lý thu thuế, đặc biệt là tăng cường cụng tỏc thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế.
Về cơ bản, qui trỡnh quản lý thu thuế vẫn dựa chủ yếu trờn 3 khõu: quản lý ĐTNT, tớnh thuế và thanh tra thuế, nhưng cú cải tiến là đưa vào ỏp dụng một phần cơ chế doanh nghiệp tự khai - tự nộp thuế. Nội dung cơ bản của qui trỡnh này là ĐTNT sẽ phải căn cứ vào kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh của mỡnh để thực hiện tự kờ
khai số thuế phải nộp với cơ quan thuế theo định kỳ. Cơ quan thuế căn cứ vào tờ khai thuế của DN để phỏt hành thụng bỏo thuế (mà khụng phải ký xỏc nhận vào tờ khai thuế của doanh nghiệp). Doanh nghiệp căn cứ vào số thuế phải nộp trờn thụng bỏo thuế của cơ quan thuế để thực hiện nộp tiền thuế vào Kho bạc nhà nước. Cơ quan thuế tăng cường cụng tỏc kiểm tra, thanh tra việc tự kờ khai và nộp thuế của doanh nghiệp để chống thất thu và tiến hành phạt đối với cỏc trường hợp cố tỡnh kờ khai thuế sai, trốn, lậu thuế. Khỏc với cỏc nước, trước năm 2003, Việt Nam vẫn chưa thực hiện DN tự nộp thuế do Luật thuế vẫn qui định DN nộp thuế theo thụng bỏo của cơ quan thuế. Mặt khỏc, ý thức về nghĩa vụ nộp thuế của DN cũn chưa cao, nờn cơ quan thuế vẫn phải duy trỡ việc in và phỏt hành thụng bỏo số thuế mà từng đối tượng phải nộp theo từng kỳ nộp thuế và thụng bỏo thuế được coi là cơ sở phỏp lý buộc DN phải thực hiện nộp thuế cho Nhà nước.
Điểm khỏc biệt so với qui trỡnh cũ là qui trỡnh mới đó bước đầu tạo được cỏc yếu tố để thực hiện ứng dụng cụng nghệ tin học vào cụng tỏc quản lý thu thuế. Qui trỡnh mới đó mụ tả được khỏ chi tiết cỏc trỡnh tự, mối quan hệ ràng buộc giữa cỏc khõu cụng việc, cỏc dũng thụng tin diễn ra trong từng quy trỡnh quản lý cụ thể, đó chuẩn hoỏ được mẫu biểu thể hiện kết quả xử lý thụng tin, đồng thời, qui định rừ trỏch nhiệm giữa cỏc bộ phận trong từng khõu, từng việc. Đõy là cỏc yờu cầu rất cơ bản để đảm bảo khả năng thực hiện tin học hoỏ quỏ trỡnh quản lý thu thuế thống nhất trờn toàn quốc. Đặc biệt, việc thực hiện ban hành mó số ĐTNT thống nhất trong toàn quốc đó tạo tiền đề cho việc xử lý thụng tin tập trung và thực hiện trao đổi thụng tin giữa cỏc địa bàn khỏc nhau trong cả nước.
Về cơ chế quản lý thuế, qui trỡnh này vẫn dựa trờn cơ chế cơ quan thuế tớnh thuế (và phỏt hành thụng bỏo thuế).
Từ năm 2004, trước yờu cầu cỏch hành chớnh thuế, cựng với việc bổ sung, sửa đổi về chớnh sỏch thuế, Tổng cục Thuế đó ban hành qui trỡnh quản lý đối với doanh nghiệp kốm theo Quyết định số 1209/TCT/QĐ/TCCB ngày 29/72004 thay thế qui trỡnh ban hành theo Quyết định 1368 TCT/QĐ/TCCB. Qui trỡnh đó được chuyển dần từng bước sang thực hiện cơ chế TK-TN (đó bỏ thụng bỏo thuế), qui
định chi tiết hơn một số trỡnh tự cụng việc như chuyển địa điểm, đúng mó số thuế; qui định rừ thời gian xử lý từng bước cụng việc, kết hợp cấp chứng nhận đăng ký xuất nhập khẩu khi đăng ký thuế; kết hợp kiểm tra, xỏc minh địa điểm kinh doanh cấp sổ bỏn hoỏ đơn khi đăng ký thuế, chuyển một số chức năng của bộ phận quản lý đối tượng sang chức năng của bộ phận xử lý tờ khai, tuyờn truyền hỗ trợ DN, thanh tra, kiểm tra. Cải tiến cỏc tờ khai thuế để tạo thuận lợi cho DN: tờ khai thuế trước đõy qui định rất đơn giản nhưng lại yờu cầu DN phải cung cấp khỏ nhiều bỏo cỏo và biểu mẫu cú liờn quan. Nay qui định trong tờ khai thuế cú đủ cỏc chỉ tiờu theo yờu cầu của cụng tỏc quản lý thuế. Vừa đảm bảo đầy đủ thụng tin theo yờu cầu của cơ quan thuế, vừa qui định phỏp luật hoỏ trỏch nhiệm của DN, trỏnh tuỳ tiện của cỏc bộ thuế.
Mặc dự qui trỡnh quản lý thuế đó được nghiờn cứu bổ sung qua cỏc giai đoạn, song hỡnh thức kờ khai thuế đều là kờ khai thuế trờn tờ khai bằng giấy và nộp cho cơ quan thuế (chưa cú hệ thống kờ khai điện tử).
Quỏ trỡnh thực hiện một số khõu cơ bản trong qui trỡnh quản lý thuế đối với DN:
- Cụng tỏc tuyờn truyền về thuế và hỗ trợ doanh nghiệp:
+ Đẩy mạnh tuyờn truyền thuế dưới nhiều hỡnh thức:
Phối hợp với Ban Tư tưởng văn hoỏ Trung ương trong việc chỉ đạo cỏc bỏo đẩy mạnh tuyờn truyền giỏo dục về thuế, phối hợp với cỏc bỏo lớn như bỏo Nhõn dõn, bỏo Lao động, bỏo Phỏp luật, Thời bỏo kinh tế, bỏo Đầu tư nước ngoài, bỏo Doanh nghiệp, cỏc bỏo trong ngành Tài chớnh, cỏc ban của Đài Truyền hỡnh Trung ương, Đài Tiếng núi Việt Nam để phổ biến, tuyờn truyền giỏo dục phỏp luật thuế; họp bỏo với cỏc cơ quan thụng tấn bỏo chớ ở trung ương và địa phương, tổ chức đối thoại, tọa đàm, trao đổi với cỏc doanh nghiệp và tập huấn, hội thảo...Phối hợp với Đài truyền hỡnh xõy dựng cỏc phúng sự về thuế, với hội nhạc sĩ để sỏng tỏc cỏc bài hỏt về thuế, với cỏc cơ quan thụng tấn bỏo chớ để mở cỏc chuyờn mục trờn bỏo, đài phỏt thanh, đài truyền hỡnh ở trung ương và địa phương nhằm tuyờn truyền hướng dẫn cỏc chớnh sỏch thuế; Tổ chức thi tỡm hiểu phỏp luật về thuế. Tổ chức thi tỡm
hiểu phỏp luật về chớnh sỏch thuế trờn cỏc phương tiện thụng tin đại chỳng. Biểu dương kịp thời cỏc tổ chức, cỏ nhõn đó thực hiện nghiờm chỉnh nghĩa vụ thuế đối với NSNN. Đồng thời, lờn ỏn mạnh mẽ cỏc hành vi gian lận thuế chõy ỳ, khụng thực hiện nghĩa vụ thuế trờn cỏc phương tiện thụng tin đại chỳng.
Vớ dụ như trong năm 2004 và 6 thỏng 2005, đó thực hiện được 8.929 buổi phỏt súng trờn truyền thanh, truyền hỡnh, 2951 bài, ảnh đăng cỏc bỏo, tạp chớ, 2689 biển quảng cỏo, panụ, ỏp phớch..., 8 buổi thi tỡm hiểu phỏp luật về thuế tại Hà Nội và TP Hồ Chớ Minh; Phỏt hành 1.674.400 ấn phẩm về thuế, phớ và lệ phớ để hướng dẫn thực hiện cỏc Luật Thuế GTGT, thuế TTĐB, thuế TNDN, thu nhập cỏ nhõn vừa được sửa đổi, bổ sung năm 2003 và 2004; Cụng khai 235 trường hợp doanh nghiệp vi phạm chớnh sỏch chế độ thuế trờn cỏc phương tiện thụng tin đại chỳng.
+ Tăng cường dịch vụ hỗ trợ ĐTNT:
Cơ quan thuế cỏc cấp đó tổ chức mạng lưới làm nhiệm vụ dịch vụ hỗ trợ doanh nghiệp để cung cấp tài liệu, tập huấn, hướng dẫn, giải đỏp mọi vướng mắc về thuế để cỏc tổ chức, cỏ nhõn hiểu rừ chớnh sỏch thuế, tự giỏc thực hiện đỳng, đủ nghĩa vụ thuế.
Tổng cục Thuế đó ban hành Quy chế cụng tỏc tuyờn truyền, hỗ trợ ĐTNT; Cụng tỏc hỗ trợ ĐTNT được tập trung về một đầu mối (Phũng, tổ Tuyờn truyền hỗ trợ ĐTNT được thành lập từ cuối năm 2003) đó hạn chế được tỡnh trạng giải đỏp trỏi ngược nhau giữa cỏc Phũng (đội) quản lý thu trước đõy đối với cựng một nội dung vướng mắc;
Việc cung cấp cỏc dịch vụ hỗ trợ cho DN đó từng bước được triển khai như, tổ chức tập huấn, toạ đàm, hướng dẫn cỏc chớnh sỏch thuế, thủ tục về thuế cho cỏc DN. Ngoài cỏc hỡnh thức tiếp xỳc tại cơ quan thuế, cỏc cơ quan thuế cũn cử cỏn bộ trực tiếp quản lý đến tận cơ sở để hướng dẫn, giải đỏp khi cú yờu cầu; thực hiện trả lời trờn điện thoại, trả lời bằng văn bản; cài đặt chương trỡnh trờn mỏy tớnh, cung cấp đĩa CD cho DN:
Năm 2004 đó trả lời trực tiếp và trả lời bằng văn bản cho 105.753 lượt DN, tổ chức tập huấn cho 14.685 DN mới thành lập, tổ chức tập huấn cập nhật chớnh
sỏch mới cho 109.145 DN; hướng dẫn cỏc chớnh sỏch thuế, thủ tục hành chớnh thuế cho 9.992 đối tượng nộp thuế; 6 thỏng năm 2005: đó giải đỏp cỏc vướng mắc trong quỏ trỡnh thực hiện chớnh sỏch thuế cho 5.386 DN tại trụ sở của cơ quan thuế và 5.822 lượt trả lời qua điện thoại và hàng vạn văn bản trả lời, giải đỏp vướng mắc cho cỏc DN;
Xuất bản cỏc ấn phẩm: sỏch, tờ rơi (mỗi năm trờn 2 triệu bản), tạp chớ thuế ra hàng thỏng trờn 2 vạn cuốn mỗi số, mở chuyờn mục giải đỏp về thuế trờn một số phương tiện thụng tin đại chỳng. Tổ chức đường dõy núng, với trờn 800 số điện thoại trờn phạm vi cả nước để trả lời trực tiếp cỏc vướng mắc, cung cấp thụng tin cho DN và đối tượng nộp thuế khỏc.
Tổ chức cỏc cuộc đối thoại với DN để kịp thời nắm tỡnh hỡnh, giải quyết cỏc vướng mắc, đồng thời lấy ý kiến của DN đúng gúp vào chớnh sỏch, qui trỡnh thủ tục quản lý. Năm 2004, cú 437 cuộc đối thoại với DN; 6 thỏng năm 2005, đó cú 58 Cục Thuế, 396 Chi Cục Thuế tổ chức đối thoại với DN với tổng số ĐTNT đến tham dự là 14.393/16.751 ĐTNT được mời tham dự, tổng số cõu hỏi của ĐTNT đưa ra đó được trả lời tại hội nghị là 3.063 cõu hỏi.
+ Tổng cục Thuế chớnh thức khai trương trang Thụng tin điện tử ngành Thuế trờn mạng Internet (cũn gọi là Website ngành Thuế) với địa chỉ http://www.gdt.gov.vn. Đến thỏng 6 năm 2005, trang Thụng tin điện tử ngành Thuế đó cập nhật: 2.026 tin, bài về kinh tế, tài chớnh trờn cỏc chuyờn mục Tin tức, Nghiờn cứu - Trao đổi, 636 văn bản phỏp quy, văn bản hướng dẫn về thuế, 410 cõu hỏi về thuế thường gặp và khoảng 60 loại thủ tục về thuế; xõy dựng cỏc chuyờn mục mới phự hợp, khai thỏc thụng tin cú liờn quan để cập nhật lờn Website ngành Thuế, phục vụ mục tiờu tuyờn truyền của ngành; Trong quỏ trỡnh hoạt động, Ban Biờn tập, Tổ thường trực cũng đó xử lý cỏc vướng mắc và ý kiến trao đổi của bạn đọc nhận được qua phần "í kiến bạn đọc" của Website.
Bờn cạnh đú, đang xõy dựng và triển khai Website tiếng Anh; triển khai Website nội bộ cho cỏc Cục Thuế (đang được triển khai thớ điểm tại 6 địa phương: Hà Nội, Quảng Ninh, Bà Rịa Vũng Tàu, Đồng Nai, An Giang, Thừa Thiờn Huế).
Website ngành Thuế ra đời và hoạt động theo đỳng định hướng, chủ trương cải cỏch và hiện đại hoỏ của ngành Thuế, thực hiện việc cụng khai, minh bạch thụng tin về chớnh sỏch phỏp luật thuế, về cỏc thủ tục hành chớnh thuế, tuyờn truyền hướng dẫn, tạo điều kiện cho ĐTNT núi chung và doanh nghiệp núi riờng nõng cao ý thức tuõn thủ, chấp hành tốt nghĩa vụ nộp thuế của mỡnh.
Website ngành Thuế đang trở thành địa chỉ quen thuộc với mọi doanh nghiệp, người dõn. Biểu hiện cụ thể và rừ rệt nhất qua số lượng người truy cập đạt khỏ cao: Sau 1 năm hoạt động, đó cú khoảng trờn 1 triệu lượt người truy cập.
Website ngành Thuế được xõy dựng nhằm tạo thờm một kờnh cung cấp thụng tin nhanh chúng, chớnh xỏc, đầy đủ về cỏc chớnh sỏch, chế độ thuế, cỏc qui định về thủ tục, trỡnh tự đăng ký, kờ khai nộp thuế..., cỏc thụng tin mới về cỏc lĩnh vực thuế, kinh tế - tài chớnh và cỏc thụng tin hữu ớch khỏc cho cỏc tổ chức, cỏ nhõn nộp thuế và mọi đối tượng cú liờn quan.
- Cụng tỏc xử lý tờ khai và kế toỏn thuế:
Từ năm 1999, theo qui trỡnh quản lý DN ban hành tại Quyết định số 1368 TCT/QĐ/TCCB ngày 16/12/1998 của Tổng cục Thuế, toàn bộ khõu xử lý tờ khai và kế toỏn thuế trong qui trỡnh này đều được tin học hoỏ. Ngành Thuế đó thực hiện việc cấp mó số duy nhất cho cỏc ĐTNT sử dụng thống nhất trờn địa bàn cả nước. Thụng qua việc cấp mó số thuế, ngành Thuế đó cú điều kiện để quản lý chặt chẽ hơn số lượng ĐTNT. Cỏc thụng tin cơ bản về đăng ký thuế với ĐTNT núi chung và DN núi riờng được lưu giữ tập trung tại Tổng cục Thuế đó tạo thuận lợi cho cụng tỏc quản lý thu thuế, đặc biệt là hỗ trợ cho việc kiểm tra khấu trừ, hoàn thuế và trao đổi thụng tin với cỏc ngành liờn quan như Hải quan, Kho bạc. Cỏc thụng tin từ tờ khai, chứng từ nộp thuế, bỏo cỏo quyết toỏn thuế, quyết định hoàn thuế, miễn giảm thuế được nhập vào mỏy tớnh. Hệ thống chương trỡnh tự động tớnh thuế, tớnh nợ, tớnh phạt và in thụng bỏo thuế. Cơ quan thuế phỏt hành thụng bỏo thuế đến DN. Nghĩa vụ thuế của từng DN được theo dừi đầy đủ trờn hệ thống mỏy tớnh.
Hệ thống thụng tin bỏo cỏo trong ngành Thuế đó được xõy dựng và ứng dụng tin học, đặc biệt hệ thống thụng tin quản lý DN từ cấp Cục Thuế đó được tin học
hoỏ và một số bỏo cỏo về thuế của DN đó được truyền tự động thụng qua hệ thống mạng của ngành.
Cựng với sửa đổi tổ chức bộ mỏy ngành Thuế theo Quyết định số 218/QĐ- TTg ngày 28/10/2003, Tổng cục Thuế đó nghiờn cứu sửa đổi qui trỡnh quản lý thu thuế đối với doanh nghiệp, ban hành Quyết định số 1209/TCT/QĐ/TCCB ngày 29/7/2004 thay thế Quyết định số 1368/TCT/QĐ/TCCB. Theo Qui trỡnh 1209 TCT/QĐ/TCCB, cỏc bước xử lý tờ khai đó được cải tiến, đảm bảo nhanh hơn, hợp lý hơn, qui định lại một số nhiệm vụ của bộ phận xử lý tờ khai để đảm bảo giải quyết được cỏc yờu cầu về nghiệp vụ.
- Cụng tỏc kiểm tra, thanh tra thuế:
Việc doanh nghiệp tự tớnh, tự khai thuế và chịu trỏch nhiệm trước phỏp luật về việc kờ khai và nghĩa vụ nộp thuế của mỡnh đó tạo điều kiện cho cơ quan thuế tập trung nguồn lực để tăng cường cụng tỏc thanh tra, kiểm tra việc thu nộp thuế; giải quyết cỏc khiếu nại về thuế, gúp phần giảm tiờu cực trong ngành Thuế và tăng lũng tin và tớnh tuõn thủ đối với DN.
Đẩy mạnh cụng tỏc thanh tra, xử lý kịp thời cỏc hành vi gian lận về thuế, chống thất thu ngõn sỏch, đảm bảo cụng bằng về nghĩa vụ thuế và tạo mụi trường cạnh tranh lành mạnh giữa cỏc DN.
+ Hàng năm Cục Thuế lập kế hoạch thanh tra DN bỏo cỏo Tổng cục Thuế phờ duyệt. Những DN thanh tra tập trung vào những doanh nghiệp cú dấu hiệu vi phạm luật thuế, DN được ưu đói, miễn giảm thuế, DN sắp hết thời hiệu thanh tra, DN lớn kinh doanh tổng hợp đa dạng, phạm vi kinh doanh rộng lớn.
+ Bộ mỏy thanh tra, kiểm tra thuế đối với DN ngày càng được tăng cường cả về số lượng và chất lượng cỏn bộ; đặc biệt từ năm 2004, khi tổ chức bộ mỏy quan thuế cỏc cấp được tổ chức lại theo Quyết định số 218/2003/QĐ-TTg ngày 28/10/2003, nhiều Cục Thuế được tổ chức từ 2 đến 3 phũng thanh tra (trước đõy mỗi Cục Thuế chỉ cú 1 phũng thanh tra và xử lý tố tụng về thuế). Tổng cộng đó thành lập thờm 27 phũng thanh tra tại một số Cục Thuế tỉnh, thành phố. Số cỏn bộ làm cụng tỏc thanh tra tăng từ 11,4% năm 2003 lờn 17,6% vào thỏng 6/2004. Việc
lựa chọn cỏn bộ làm cụng tỏc thanh tra đó chỳ trọng trỡnh độ chuyờn mụn, phẩm chất đạo đức và thỏi độ làm việc khỏch quan, trung thực.