• Khó khăn về vốn
Hiện tại, vốn đầu tư phần lớn là vay ngân hàng nước ngoài, trong khi đó Tổng công ty giấy Việt Nam phải có đủ số vốn đối ứng để được chấp nhận cho vay. Số vốn vay lên đến 4.172.146.646.000 chiếm gần 70% tổng mức đầu tư dự kiến. Hơn thế nữa, cuộc khủng hoảng tài chính khiến các ngân hàng trên thế giới đặc biệt là các nước châu Âu rơi vào hàng loạt khó khăn, chuyện giải ngân vốn vay này còn chưa được thực hiện. Hàng loạt các ngân hàng châu Âu rơi vào phá sản khiến việc vay vốn trở nên nhiều e ngại. Liệu các ngân hàng có giữ đúng cam kết cho vay vốn. Dự án đồng thời mở rộng vùng trồng nguyên liệu để phục vụ cho công tác sản xuất cũng bị ảnh hưởng vì người trồng rừng không có vốn để trồng rừng, vốn cho qui hoạch và phát triển vùng nguyên liệu là 2.500 tỷ (160.000 ha). Toàn bộ số vốn trên đây đã được các ngân hàng nước ngoài cam kết cho vay. Trong đó, riêng tỉnh Phú Thọ sẽ đầu tư phát triển trên 60.000 ha, còn lại là các tỉnh: Tuyên Quang, Hà Giang, Yên Bái, Sơn La, Vĩnh Phúc. Hiện tại, ngân hàng cung cấp tín dụng này chỉ đáp ứng được 31% vốn cho người trồng rừng điều đó khiến vùng rừng nguyên liệu 160.000 ha gỗ cũng khó đạt được như mục tiêu.
Thời điểm chính thức của dự án đầu tư mở rộng giai đoạn 2 là vào năm 2008 nhưng đến nay, nguồn vốn vẫn là khó khăn lớn nhất. Dự án có khả năng chậm tiến độ lâu dài. Bốn ngân hàng thương mại cam kết cho tổng công ty vay vốn hiện nay đang chần chừ vì dự án nhóm A vốn lớn, lại có công nghệ phức tạp. Hơn nữa, ngành giấy cuối năm 2008 ảm đảm và nhiều nhà máy phải dừng sản xuất khiến các ngân hàng nghi ngại.Tình hình trên thế giới các nhà máy giấy phải đóng cửa nên tương lai không khả quan với các ngân hàng. Thời gian khai thác để thu hồi vốn lại kéo dài, nên không dễ vay. Chính vì vậy dự án đang bị gián đoạn so với dự kiến. Nguồn vốn đối ứng phải đạt 1.100 tỷ trong khi đó nếu dựa vào vốn khấu hao của tổng công ty thì chỉ đạt 400 tỷ.
• Khó khăn trong việc lựa chọn nhà thầu
Gói thầu của dự án thuộc dạng EPC, việc lựa chọn nhà thầu EPC trong lĩnh vực công nghiệp giấy và chuyển giao công nghệ rất phức tạp. Gói thầu bao gồm thiêt kế, xây dựng, cung cấp máy móc thiết bị cho công trình. Phương pháp chấm thầu và xét tuyển nhà thầu là phương pháp dựa trên đề xuất về mặt kỹ thuật được đánh giá là đáp ứng yêu cầu theo tiêu chí “đạt” hay “ không đạt”. Khó khăn trong việc chấm thầu vì có liên quan đến yếu tố nước ngoài, chính vì vậy rất khó trong việc xét duyệt nhà thầu và quản lý dự án. Thậm chí trong điều khỏan tham chiếu và dữ liệu tài sản của nhà thầu tại ngân hàng ngoại cũng là điều chưa thể chắc chắn trong thời điểm hiện tại. Hiện tại quá trình chấm thầu đang diễn ra và có nhiều bối rối trong việc xử lý.
• Khó khăn trong cạnh tranh
Một dự án khả thi trong đó có xét đến yếu tố làm tăng khả năng cạnh tranh của doanh nghiệp trên thị trường. Tuy nhiên với dự án này, sau khi dự
án hoàn thành dự án sức cạnh tranh vẫn chưa cao do một số yếu tố bất khả kháng của cuộc khủng hoảng gây ra.
Các chuyên gia phân tích thị trường của Ấn Độ còn cho biết thêm “hiện tại tồn kho của Indonesia và Trung Quốc đang ở mức hơn hai tháng công suất sản xuất và họ sẽ buộc phải tìm mọi cách để gia tăng xuất khẩu đến các quốc gia khác có thể. Trong thời gian sắp tới, họ sẽ xuất sang Việt Nam một lượng khá lớn vì hiện tại, tồn kho của 2 nước này đang ở mức cao, giá nhập sẽ giảm đến mức có thể để có thể tống hàng tồn sang Việt Nam. Giám đốc công ty giấy APP, một tập đòan giấy lớn của INDONESIA cũng bày tỏ ham muốn muốn chiếm lĩnh thị trường Việt Nam. Liệu sau khi Bãi Bằng ngưng lò để cải tiến máy móc đã quá lạc hậu và đầu tư cho giai đoạn 2, liệu thị phần của giấy Bãi Bằng trên thị trường có giảm sút và mờ nhạt. Khỏang cách giữa giá giấy nhập khẩu và giá giấy sản xuất trong nước ngày càng cách xa nhau