- Thứ nhất, đối với việc xác định nhu cầu vốn đầu tư gặp rất nhiều khó khăn. Bởi lẽ, khí đánh giá lại nhu cầu vốn đầu tư, cán bộ ngân hàng phải dựa vào kinh nghiệm thẩm định và dự toán của chủ đầu tư, trong khi các dự án mới, với việc sử dụng máy móc thiết bị ít, các cán bộ thẩm định thường rất khó khăn trong việc đánh giá chính xác nhu cầu thực sự về vốn đầu tư của dự án. Do vậy, khả năng xảy ra rủi ro về vốn đầu tư không hợp lý là rất có thể xảy ra.
- Thứ hai, việc tính toán hai chỉ tiêu doanh thu và chi phí dự kiến của dự án gặp rất nhiều khó khăn. Những yếu tố cấu thành doanh thu gồm có giá cả bán sản phẩm, công suất dự kiến của dự án cũng như khả năng tiêu thụ của sản phẩm đó trên thị trường. Mà các thông số này được dựa vào sự chấp nhận theo dự toán của chủ đầu tư. Như yếu tố giá bán sản phẩm được xác định theo sự tham khảo giá của các sản phẩm cùng loại trên thị trường kết hợp với kế hoạch dự kiến của doanh nghiệp. Mặt khác, việc dự báo giá cả và khả năng tiêu thụ sản phẩm của dự án theo cung cầu thị trường trong tương lai còn gặp nhiều hạn chế, thiếu chính xác và độ tin cậy còn chưa cao. Còn đối với yếu tố chi phí của dự án, cũng dựa trên ý kiến chủ quan của con người là chủ yếu, như một số loại chi phí về quản lý doanh nghiệp, chi phí vận hành thường là chấp nhận theo dự toán của chủ đầu tư. Do vậy, các thông số mà chủ đầu tư đưa ra là hoàn toàn mong manh khi mà thực tế thì con người không thể lường trước được sẽ thay đổi như thế nào? Hơn nữa, việc điều chỉnh chi phí này, sẽ liên quan đến kết quả của việc phân tích các chỉ tiêu tài chính mà chủ đầu tư hình thành. Chình vì vậy, đó là sự tiềm tàng những rủi ro trong phân tích hiệu quả tìa chính của dự án đối với cán bộ thẩm định.
- Thứ ba, việc phân tích tài chính tưởng như khá đầy đủ và chi tiết nhưng lại dựa trên một hệ thống các chỉ tiêu (NPV, IRR, T…) khi bỏ qua các yếu tố lạm phát và trượt giá. Do vậy, dự án sẽ có rủi ro khi gặp lạm phát, trượt giá là hoàn toàn có thể.