Bên cạnh những thành công trong thu hút đầu tư trực tiếp nước ngoài cho phát triển ngành công nghiệp thì Bắc Ninh cũng bộc lộ một số hạn chế cần phải giải quyết trong thời gian tới đó là:
Thứ nhất, hệ thống cơ sở hạ tầng còn chưa đáp ứng được nhu cầu phát triển. Mặc trong những năm vừa qua Bắc Ninh đã có nhiều cố gắng trong cải thiện hệ thống cơ sở hạ tầng phục cho các dự án đầu tư, tuy nhiên cơ sở hạ tầng của Bắc Ninh vẫn còn nhiều hạn chế, cơ sở hạ tầng trong các khu công nghiệp chưa được đầu tư một cách hoàn thiện, vẫn đề thiếu điện trong sản xuất kinh doanh vẫn còn diễn ra và chưa có biện pháp khắc phục, hạ tầng cho phát triển các khu đô thị phục vụ cho đời sống nhân công trong các khu công nghiệp còn thiếu và chưa được quan tâm đúng mức
Thứ hai,chất lượng nguồn nhân lực còn thấp chưa đáp ứng được yêu cầu tuyển dụng của các nhà đầu tư nước ngoài. Tuy Bắc Ninh là tỉnh có nguồn lực tương đối dồi dào, nhưng nguồn nhân lực này phần lớn chưa được qua đào tạo chuyên môn kỹ thuật. chính điều này đã gây khó khăn cho các doanh nghiêp trong tuyển dụng nhân công, đa phần công nhân được tuyển dụng đều phải qua đào tạo lại điều này đã làm tăng chi phí đầu tư và làm mất đi sự hấp dẫn đối với môi trường đầu tư của tỉnh. Bên cạnh mối quan hệ giữa các cơ sở đào tạo hiện có trên địa bàn tỉnh và các nhà đầu tư còn hạn chế, dẫn đến việc đào tạo không đúng mục đích, không đáp ứng được yêu cầu của nhà đầu tư
Thứ ba, thủ tục hành chính còn rườm rà, vai trò của của chính quyền tỉnh trong thu hút đầu tư còn mờ nhạt, thiếu sự phối hợp giữa các bộ ngành trong quản lý nhà nhà nước về đầu tư. Tuy đã thực hiện cơ chế một của trong cấp giấy phép đầu tư những trong thực hiện vẫn còn một số hạn chế, thời gian từ khi nhận hồ sơ dự án đến khi cấp giấy chứng nhận đầu tư vẫn còn bị kéo dài. Tình trạng chậm chễ trong giải phóng mặt bằng vẫn diễn ra thường xuyên gây khó khăn cho qua trình triển khai dự án. Chưa xác lập được cơ chế phối hợp giữa các sở ngành trong quá trình thu hút và triển khai dự án dẫn đến tình trạng chậm tiến độ của nhiều dự án đầu tư.
Thứ tư, số dự án quy mô nhỏ còn thấp, nhiều dự án có công nghệ lạc hậu gây ảnh hưởng xấu đến môi trường. có thể thấy rằng cơ cấu đầu tư trực tiếp nước ngoài trong ngành công nghiệp tỉnh Bắc Ninh còn nhiều hạn chế, số dự án đầu tư vào những lĩnh vực gây ô nhiễm môi trường cao vẫn còn nhiều, chưa có sự thẩm định chính xác hiệu quả kinh tế xã hội của dự án. Bên cạnh đó sự giám sát và kiểm tra của các cơ quan quản lý nhà nước về môi trường còn lỏng leo, chưa thực sự quyết liệt.
Thứ năm, hoạt động xúc tiến đầu tư chưa đạt được kết quả cao, các hình thức quảng bá và xúc tiến còn đơn giản thiếu hấp dẫn, chưa giới thiệu được hình ảnh một Bắc Ninh thân thiện, điểm đến của các nhà đầu tư. Chưa khai thác được các kênh quảng bá hữu hiệu thông qua hình ảnh thành công của các nhà đầu tư đi trước.
Chương II. Một số giải pháp tăng cường thu hút đầu tư trực tiếp nước ngoài cho phát triển công nghiệp tỉnh Bắc Ninh