+ Khu kinh tế mở là mô hình kinh tế mới, lần đầu tiên được thực hiện thí điểm ở Viêt nam, trên địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, trình độ chuyên môn nghiệp vụ và quản lý điều hành khu kinh tế chưa đáp ứng, điều kiện hạ tầng còn yếu kém, các yếu tố của kinh tế thị trường còn trong tình trạng sơ khai. Nên các khó khăn phức tạp, những yếu kém tồn tại là điều khó có thể tránh khỏi.
+ Các bộ ngành TW chưa thật sự vào cuộc, chưa coi việc xây dựng khu kinh tế mở là của mình, mà đó là việc của địa phương, Không những thế lại có mặt chủ quan là cho ra đời hàng loạt các khu kinh tế ven biển và cửa khẩu có cùng nội dung hoạt động tương tự trong khi chưa có tổng kết đánh giá về hoạt động của khu kinh tế, nhất là KKTM Chu Lai - khu kinh tế được hình thành đầu tiên ở Việt Nam vào năm 2003.
+ Nhiều chính sách, luật mới ban hành sau khi KKTM Chu Lai ra đời có nhiều tiến bộ hơn so với các quy định của Chính phủ về cơ chế ưu đãi cho khu kinh tế mở Chu Lai, làm cho cơ chế ưu đãi của Chu Lai không còn tính chất vượt trội nữa, như các luật về thuế xuất nhập khẩu, luật thương mại, luật hải quan, luật đất đai, đầu tư, luật doanh nghiệp... Trong khi đó các quy định về ưu đãi đầu tư tại Chu Lai lại được quy định bởi một quyết định cá biệt của Chính phủ nên gặp khó khăn trong việc áp dụng các quy định này, tồn tại này đến tháng 11-2006 mới được giải quyết bằng việc ban hành Quyết định số 253/QĐ-TTg ngày 6/11/2006 sửa đổi các quy định nói trên. Bên cạnh đó, các khu kinh tế ra đời sau khu kinh tế mở Chu Lai lại có lợi thế hơn do được quy định theo các luật này.
+ Định hướng phát triển khu kinh tế chưa rõ, chưa xác định được tiêu chí để xây dựng khu kinh tế:
Hiện nay nước ta chưa xây dựng được tiêu chí thành lập khu kinh tế. Vì vậy, khi thành lập khu KTM Chu Lai, từ khi có chủ trương đến khi có quyết định thành lập phải mất đến gần 5 năm, làm mất đi nhiều cơ hội đầu tư.
Đến nay vẫn chưa có quy hoạch phát triển và phân bố các KKT trên phạm vi cả nước, nên gây khó khăn trong việc định hướng đầu tư và phát triển, đặc biệt là xác định nhiệm vụ chính cho từng khu kinh tế gắn với các điều kiện kinh tế- xã hội và lợi thế riêng có của mình. Khu kinh tế Dung Quất mặt dù ra đời sau nhưng được kế thừa và xây dựng trên nền tảng của khu công nghiệp lọc dầu Dung Quất nên thuận lợi trong phát triển. Trong khi đó KTTM Chu Lai khi thành lập,mục tiêu hàng đầu là áp dụng các cơ chế chính sách vượt trội và các mô hình động lực mới để thu hút đầu tư, rút kinh nghiệm cho hội nhập. Nhưng trên thực tế các ưu đãi đầu tư ấy chưa được triển khai bao nhiêu thì sự ra đời hàng loạt các khu kinh tế khác đã phủ định cơ chế ưu đãi đầu tư vượt trội của KKTM Chu Lai.