Thanh toán là một trong những vấn đề phức tạp nhất của hoạt động thƣơng mại điện tử (TMĐT). Hoạt động TMĐT chỉ phát huy đƣợc tính ƣu việt của nó khi áp dụng đƣợc hình thức thanh toán từ xa (thanh toán điện tử).
Thanh toán điện tử (electronic payment) là việc thanh toán tiền thông qua các thông điệp điện tử (electronic message) thay cho việc thanh toán bằng séc hay tiền mặt. Bản chất của mô hình TTTX cũng là mô phỏng lại những mô hình mua bán truyền thống, nhƣng từ các thủ tục giao dịch, thao tác xử lý dữ liệu rồi thực hiện chuyển khoản, tất cả đều thực hiện thông qua hệ thống máy tính đƣợc nối mạng bằng các giao thức riêng chuyên dụng.
Về mặt mô hình, một phƣơng thức thanh toán nói chung là một mô tả hoạt động của một hệ thống xử lý phân tán có nhiều bên tham gia, trong đó có hai bên cơ bản là bên mua (ngƣời trả tiền) và bên bán (ngƣời đƣợc trả tiền). Các bên đƣợc đại diện bởi các máy tính của mình nối với nhau qua mạng máy tính, sử dụng chúng để thực hiện các giao thức thanh toán.
Hệ thống có thể có các tổ chức tài chính (ví dụ các ngân hàng) đại diên cho mỗi bên. Trong một số hệ thống thanh toán lại sử dụng một thực thể khác đóng vai trò là ngƣời môi giới, đảm nhiệm việc phát hành những hình thức của tiền hoặc một vật thể nào đó mang giá trị trao đổi thanh toán thƣờng đƣợc gọi là đồng tiền số (digital coin) hoặc séc điện tử (electronic cheque) và đổi lại thành tiền mặt.
Đặc trƣng của mô hình TTTX là các bên tham gia sẽ trao đổi với nhau các chứng từ đƣợc số hóa (thành những chuỗi bit máy tính có thể sử dụng đƣợc ). Bản chất là bên đƣợc thanh toán có thể thông qua ngân hàng của mình để chuyển tiền vào tài khoản của mình. Các quá trình này sẽ đƣợc phản ánh trong các giao thức thanh toán của mỗi hệ thống.