Thực hiện chủ trương của Đảng và Nhà nước nhằm xây dựng nền tảng cho qua trình CNH, HĐH đất nước, đội ngũ trí thức thuộc Liên hiệp Hội luôn coi trọng công tác nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ. Những năm qua, nhiều dự án, đề tài thuộc các lĩnh vực và các cấp quản lý khác nhau đã được trí thức thuộc Liên hiệp Hội triển khai thành công, trong đó có những công trình phát huy hiệu quả lớn trong thực tiễn. Tiêu biểu là một số công trình nghiên cứu: Định hướng chiến lược phát triển năng lượng đến 2020; Tổng hợp chiến lược và chính sách phát triển năng lượng bền vững quốc gia; Hoàn thiện công nghệ thiết kế, chế tạo và thi công kè thảm bê tông tự chèn lưới thép P.D.TAC-M bảo vệ bờ sông khỏi sạt lở; Nghiên cứu đề xuất các giải pháp sử dụng hợp lý tài nguyên khoáng sản năng lượng và bảo vệ môi trường v.v... (xem phụ lục 1). Đặc biệt, Liên hiệp Hội có chương trình khoa học công nghệ cấp Nhà nước về Xây dựng chiến lược, chính sách phát triển, năng lượng bền vững được triển khai trong giai đoạn 1990 - 2000 và đã được tổng kết vào tháng 12/2001, kết quả nghiên cứu của chương trình được đánh giá xuất sắc, đặt cơ sở khoa học đáng tin cậy cho việc hoạch định chính sách năng lượng quốc gia giai đoạn 2010 - 2020. Những kết quả trên đây cho thấy, Liên hiệp Hội đã góp phần to lớn cho chiến lược phát triển công nghệ cao ở Việt Nam, đồng thời tạo tiền đề quan trọng để phát triển những ngành này trong thời gian tới.
Bên cạnh một số ít đề tài thuộc các lĩnh vực công nghệ cao, phần lớn các đề tài của Liên hiệp Hội phục vụ công tác quản lý nhà nước về môi trường. Các đề tài này tập trung chủ yếu vào việc đánh giá tác động môi trường, ứng dụng các công nghệ xử lý môi trường, giáo dục và truyền thông bảo vệ môi trường. Trong đó một số công trình tiêu biểu như: Xây dựng Atlas điện tử môi trường vùng đồng bằng Bắc Bộ; Nghiên cứu
cơ sở phân vùng địa lý phục vụ phổ biến thông tin về phát triển bền vững kinh tế - xã hội và truyền thông, vận động bảo vệ môi trường nông thôn đồng bằng sông Hồng; Kỹ thuật dự báo cháy rừng bằng ảnh viễn thám; Quy hoạch môi trường khu vực Hàm Rồng (Thanh Hóa); Công nghệ xử lý nước thải làng nghề; Công nghệ xử lý và chôn lấp rác thải; Công nghệ phân hủy thuốc bảo vệ thực vật.v.v... (xem phụ lục 2).
Ngoài ra, Liên hiệp Hội còn có một số lượng đáng kể các đề tài phục vụ cho việc phát triển sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản, cải tạo và sử dụng đất, bảo vệ và sử dụng hợp lý tài nguyên thiên nhiên, xử lý nước sinh hoạt, chăm sóc sức khỏe nhân dân, y tế dự phòng... Trong số này, nổi bật là đề tài "Xây dựng mô hình phát triển nông nghiệp, nông thôn theo hướng công nghiệp hóa, hiện đại hóa". Việc ứng dụng kết quả nghiên cứu của đội ngũ trí thức thuộc Liên hiệp Hội đã đem lại nhiều lợi ích thiết thực cho sản xuất nông nghiệp, bảo vệ môi trường sinh thái, góp phần nâng cao đời sống của nhân dân, đồng thời củng cố vững chắc hơn khối liên minh giữa công nhân, nông dân và trí thức.
Theo dự thảo Báo cáo sơ kết 5 năm thực hiện Chỉ thị số 45-CT/TW của Liên hiệp Hội, trong 5 năm (1998-2003) số lượng các đề tài, dự án cấp Nhà nước giao cho các nhà khoa học của Liên hiệp Hội không ngừng tăng. Cụ thể năm 1998: 15 đề tài/ dự án, năm 2000:18 đề tài/ dự án, năm 2001: 30 đề tài/ dự án, năm 2002: 35 đề tài/dự án, năm 2003: 55 đề tài/ dự án. Nhưng thành tựu nổi bật nhất là các công trình được nhận những giải thưởng có uy tín như Giải thưởng Hồ Chí Minh về KH&CN&CN, Giải thưởng KH&CN Việt Nam cho những đề tài về các ngành công nghệ cao: Công nghệ thông tin, công nghệ vật liệu mới, công nghệ cơ khí và tự động hóa.
Ngoài ra, đội ngũ trí thức thuộc Liên hiệp Hội đã tổ chức và tham gia một số hội nghị, hội thảo khoa học trong nước và quốc tế như Hội nghị CAPEO của Liên đoàn các tổ chức kỹ sư ASEAN, Hội thảo Sinh học quốc tế (2001), Hội thảo quốc tế về bảo vệ môi trường và sử dụng hợp lý tài nguyên thiên nhiên (2002)... Bên cạnh đó những Hội thảo chuyên ngành và chuyên đề về khoa học - công nghệ mỏ, năng lượng, tài nguyên nước, kinh tế tri thức và phát triển kinh tế tri thức ở Việt Nam, công nghệ khí sinh học, môi
trường và giáo dục môi trường... cũng đã được Liên hiệp Hội tổ chức (phụ lục 3).
Thông qua các cuộc hội thảo này, trí thức thuộc Liên hiệp Hội có điều kiện tiếp thu những thành tựu về KH&CN mới nhất, được trao đổi kinh nghiệm với các nhà khoa học đến từ nhiều quốc gia để nâng cao trình độ, góp phần thúc đẩy KH&CN trong nước phát triển, tạo tiền đề đưa nhanh những tiến bộ khoa học vào sản xuất và đời sống, đồng thời thu hẹp khoảng cách chênh lệch về trình độ giữa các vùng, miền trong nước cũng như giữa Việt Nam và các nước trên thế giới.
Bên cạnh những kết quả rất đáng khích lệ trên, hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ của trí thức thuộc Liên hiệp Hội còn tồn tại một số hạn chế nhất định: Về phạm vi, quy mô hoạt động còn tản mạn chưa tương xứng với tiềm năng của Liên hiệp Hội. Nhìn chung các đề tài mà Liên hiệp Hội và các Hội ngành triển khai chưa tập trung nhiều vào khoa học cơ bản, chưa thu hút và phát huy tối đa số lượng hội viên tham gia và còn ít đề tài nghiên cứu mang tầm chiến lược, quy mô lớn, chủ yếu mới chỉ tập trung ở một số vấn đề trước mắt, trong phạm vi hẹp. Trước những yêu cầu của công cuộc đẩy mạnh CNH, HĐH đất nước hiện nay, việc nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ của trí thức thuộc Liên hiệp Hội cần phải có chiến lược lâu dài, đặt trọng tâm vào một số lĩnh vực cơ bản và quan trọng như các ngành công nghệ cao. Bên cạnh việc nghiên cứu ứng dụng, Liên hiệp Hội cần phải chú trọng đến nghiên cứu lý thuyết mang tính chuyên sâu.
Trong số các Hội ngành Trung ương, còn có đơn vị hoạt động kém hiệu quả, tổ chức lỏng lẻo nên chất lượng của hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ chưa cao. Có Hội chỉ tổ chức được từ một đến bốn cuộc Hội thảo khoa học/1 năm. Bên cạnh đó còn tồn tại tâm lý thụ động, trông chờ cơ quan Liên hiệp Hội Trung ương giao đề tài, ít chủ động tìm kiếm trong khi thực tiễn còn rất nhiều vấn đề đang cần được các nhà khoa học nghiên cứu giải đáp.
Khó khăn về kinh phí là một yếu tố tác động chính đến công tác nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ cũng như các hoạt động khác của đội ngũ này. Mặc dù Đảng ta đã khẳng định vai trò của KH&CN cùng với GD&ĐT là quốc sách hàng đầu, nhiều
văn bản, chỉ thị của Đảng và Nhà nước khẳng định Liên hiệp các Hội khoa học và Kỹ thuật Việt Nam cùng với các đoàn thể chính trị khác tạo thành lực lượng nòng cốt trong công cuộc CNH, HĐH đất nước, nhưng trong thực tế việc thực hiện và đầu tư cho đội ngũ này chưa tương xứng với vai trò mà Đảng và Nhà nước giao cho. Ngoài Tổng hội Y - Dược học Việt Nam, Hội Đông y Việt Nam và Hội Luật gia Việt Nam được Nhà nước hỗ trợ kinh phí, còn lại các Hội đều phải tự lo kinh phí hoạt động. Đó cũng là một trong những nguyên nhân dẫn đến hạn chế hiệu quả hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ của nhiều Hội ngành Trung ương.
Những thành quả lao động của đội ngũ trí thức thuộc Liên hiệp Hội đã ngày càng khẳng định vai trò, tiềm năng của đội ngũ này. Để phát huy tối đa tiềm lực "chất xám" quý báu này, Liên hiệp Hội và các Hội ngành Trung ương cần khắc phục những hạn chế, yếu kém, chủ động và xây dựng chiến lược lâu dài về nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, trước hết cần tập trung nguồn nhân lực phục vụ, đáp ứng những yêu cầu đang đặt ra về KH&CN trong quá trình đẩy mạnh CNH, HĐH đất nước.