Cần tạo một cơ chế độc lập tự chủ cho các doanh nghiệp tham gia vào hệ thống cấp nước đô thị. Cần tách bạch cơ quan quản lý nhà nước về cấp nước ( các Sở giao thông công chính cấp tỉnh, các Bộ liên quan) với hoạt động của các doanh nghiệp này, xóa bỏ cơ chế Bộ chủ quản, có như vậy, các doanh nghiệp mới có động lực tự đứng vững trên đôi chân của mình, tất nhiên có sự hỗ trợ phần nào về phía nhà nước trong cơ chế chính sách. Nhưng chỉ khi doanh nghiệp có sự độc lập, doanh nghiệp mới có thể hết mình trong công tác cải tổ hoạt động, hướng đến một cơ cấu tổ chức, hoạt động một cách hiệu quả nhất.
Trước tiên, cần có nghiên cứu, xem xét lại cơ cấu tổ chức quản lý cấp nước ở cấp quản lý cấp nhà nước. Trên cơ sở cơ cấu hiện nay, cần sắp xếp, tổ chức lại những điểm chưa hợp lý, từ các cơ quan chỉ đạo, quản lý ngành ở Trung Ương, nâng cao vai trò quản lý của các cấp chính quyền địa phương trong việc điều hành công tác cấp nước trên địa bàn của mình và đặc biệt là tăng cường năng lực của các công ty cấp nước.
Theo đó, cần xác định lại một cách rõ ràng và cụ thể trách nhiệm và quyền hạn của các cơ quan nhà nước và địa phương trong quản lý cấp thoát nước.
Trong công tác quản lý của Nhà nước thì trách nhiệm của Nhà nước cần được quy định theo đúng định hướng của Chính phủ sẽ thống nhất quản lý Nhà nước về hoạt động cấp nước trong phạm vi nhiệm vụ và quyền hạn của mình sẽ chịu trách nhiệm trong việc thực hiện quản lý Nhà nước vè hoạt động cấp nước trên địa bàn.
Các công ty cấp nước sẽ phải có trách nhiệm phát triển và cung ứng các dịch vụ câp nước trong vùng phục vụ của mình theo nhu cầu phát triển dựa trên quyết định phê duyệt của cấp có thểm quyền về vùng phục vụ và kế hoạch cấp nước. UBND các cấp phải tổ chức giám sát việc thực hiện các dịch vụ cấp nước đã được ký giữa UBND hoặc cơ quan được ủy quyền với đơn vị cấp nước.
Cùng với đó, Nhà nước cần tích cực hơn nữa trong công tác cổ phần hóa các doanh nghiệp Nhà nước, việc không những đem lại một nguồn vốn cho danh nghiệp ( thông qua bán bớt cổ phần ra bên ngoài) hơn nữa lại tạo ra một sức ép để doanh nghiệp hoạt động có hiệu quả, tự lực tự cường.