- Vấn đề khó khăn nhất hiện nay của toàn hệ thống nói chung và chi nhánh nói riêng là việc tạo lập nguồn vốn để hoạt động. Nguồn vốn hoạt động của NHCSXH đã được Thủ tướng Chính phủ quy định cụ thể trong Nghị định 78, song thực tế thời gian qua việc tạo lập nguồn vốn hoạt động của NHCSXH là vấn đề không đơn giản, quy mô tín dụng phụ thuộc vào khối lượng vốn cấp bù của Ngân sách hàng năm. Tại địa phương tuy đã được UBND tỉnh, huyện, thị xã quan tâm chuyển vốn để lập quỹ cho vay nhưng do ngân sách còn nghèo do đó tổng nguồn vốn địa phương đến nay đạt trên 17 tỷ đồng, chỉ chiếm gần 5% tổng nguồn vốn hoạt động của chi nhánh, do đó việc chủ động nguồn vốn để đầu tư luôn là bài toán khó đối với đơn vị. Công tác thanh toán cho NHCSXH đã được thiết lập nhưng chưa triển khai được các dịch vụ nhận tiền gửi, chưa tổ chức thanh toán đến hộ gia đình ở nông thôn; chưa tranh thủ được các nguồn vốn tài trợ nhân đạo trong và ngoài nước không có lãi hoặc có lãi suất thấp để mở rộng nguồn vốn cho vay giảm gánh nặng cấp bù chênh lệch lãi suất cho Ngân sách Nhà nước. Với cơ cấu nguồn vốn như hiện nay đi đôi với việc càng mở rộng đối tượng cho vay lớn bao nhiêu thì Ngân sách Nhà nước phải cấp bù lãi suất ngày càng lớn bấy nhiêu, đây chính là nguyên nhân tạo khoảng cách giữa cung và cầu vốn luôn luôn căng thẳng và là yêu cầu bức xúc hiện nay cũng như trong thời gian tới của NHCSXH.
- Việc triển khai chính sách tín dụng ưu đãi của Nhà nước đối với vùng II, vùng III, vùng đặc biệt khó khăn và một số chương trình tín dụng chính sách khác cho phát triển nông nghiệp, nông thôn, vùng sâu, vùng xa,... do còn có nhiều ý kiến khác nhau về chính sách và đối tượng thụ hưởng nên vẫn chưa được chuyển giao việc thực hiện từ các Ngân hàng thương mại cho Ngân hàng Chính sách xã hội, do đó với 1 tỉnh nghèo như Quảng Nam có 8 huyện miền núi thì cần sớm có sự hỗ trợ của nhà nước về tín dụng đối với vùng II, vùng III để tạo điều kiện phát triển kinh tế tỉnh nhà.
- Các chính sách về nguồn vốn, chính sách về đầu tư còn bị động, chắp vá,ví dụ như chương trình cho vay giải quyết việc làm, nguồn vốn phân bổ hàng năm rất thấp nhưng thường xuyên bị tồn đọng do để thẩm định một món vay cần phải có đủ 3 ngành Ngân hàng, Lao động TB & XH, tài chính; cho vay trồng rừng phải có ngành nông nghiệp phối hợp thẩm định, trình UBND ra Quyết định cho vay …
- Các quy định cụ thể về cho vay đối với hộ nghèo còn chưa phù hợp với yêu cầu sản xuất và đời sống như: mức cho vay còn thấp,việc bình xét cho vay còn mang tính bình quân, dàn đều, lãi suất cho vay chưa hợp lý. vốn vay mới đáp ứng yêu cầu sản xuất chăn nuôi nhỏ, chia đều xẻ mỏng, việc đầu tư theo chương trình, dự án còn ít nên hiệu quả chưa cao.
- Thành viên Ban đại diện Hội đồng quản trị NHCSXH ở các cấp là các quan chức trong bộ máy quản lý nhà nước làm việc theo chế độ kiêm nhiệm nên ít thời gian và điều kiện để thực thi nhiệm vụ. Hiện nay Ban đại diện HĐ QT có đại diện Lãnh đạo của các tổ chức chính trị - xã hội nhưng các tổ chức chính trị xã hội lại là đối tác ký hợp đồng giải ngân cho NHCSXH. Như vậy, việc một số thành viên BĐD HĐQT vừa tham gia ban hành chính sách vừa là đối tác của NHCSXH là chưa hợp lý. Một số Ban xói đói giảm nghèo xã phường từ khi thành lập đến nay chỉ sinh hoạt vì việc phân phối vốn cho các hội đoàn thể mà chưa chú trọng đến công tác chỉ đạo, xây dựng kế hoạch, hướng dẫn kiểm tra sử dụng vốn của hộ nghèo. Khi có nợ quá hạn thì khoán trắng cho cán bộ Ngân hàng mà không có biện pháp xử lý cụ thể. đặc biệt phần lớn các xã phường chưa xây dựng được chương trình kế hoạch XĐGN cụ thể trong năm và phân loại nguyên nhân, do đó chưa chủ động được công tác giải ngân.
Công tác phối hợp với các Ban, Ngành còn nhiều bất cập, việc lồng ghép với các chương trình kinh tế - xã hội đối với nông nghiệp, nông thôn, nông dân còn nhiều vấn đề khó khăn, bức xúc. Bởi vì, việc chỉ đạo phải thực hiện các chương trình, mục tiêu theo định hướng riêng của từng ngành, từng cấp nên điều kiện nâng cao hiệu quả các chương trình lồng ghép đến nay còn nhiều tồn tại, gây lãng phí tài sản, vốn và hiệu quả đầu tư thấp.
- Về cơ chế lãi suất vẫn còn nhiều bất cập, chưa hợp lý cùng một đối tượng khách hàng vay NHCSXH nhưng các chương trình tín dụng khác nhau được hưởng các khoản lãi suất khác nhau gây tâm lý so bì, nghi kỵ lẫn nhau.
- Việc tổ chức cho vay hộ nghèo ở miền núi, nhất là các xã vùng cao gặp rất nhiều khó khăn, do điều kiện giao thông trở ngại, nhiều xã chưa có đường ô tô đến trung tâm xã, việc vận chuyển tiền cho vay có nơi phải cõng bộ, tuy chưa có mất máữẫy ra nhưng phải
nói rằng về lâu dài là không đảm bảo an toàn. Cán bộ tín dụng ở vùng này quá tải trong công việc.
- Khả năng tiếp cận và sử dụng vốn có hiệu quả của hộ nghèo còn thấp, điều kiện sản xuất kinh doanh không thuận lợi, thiếu kiến thức và kinh nghiệm làm ăn, nhiều hộ nghèo nhất là ở vùng sâu, vùng xa không biết sử dụng vốn để đầu tư làm việc gì. Hiệu quả xói đói giảm nghèo chưa thật sự bền vững, chỉ cần có thiên tai xảy ra hoặc trong gia đình có người ốm đau.. thì đói nghèo có thể tái xuất hiện đối với gia đình họ.
- Công tác kiểm tra, đối chiếu nợ vay, thăm hỏi khách hàng không thường xuyên, cá biệt nhiều nơi làm chưa tốt, nên có UBND xã, hội đoàn thể, tổ trưởng lợi dụng xâm tiêu tiền vốn thu hồi của Nhà nước không nộp vào Ngân hàng, gây ảnh hưởng không tốt trong xã hội.
- Chế độ tài chính tuy đã được bổ sung, điều chỉnh nhưng vẫn chưa phù hợp với tình hình thực tế của NHCSXH và luôn ở thế bị động, chắp vá, chưa khích thích đội ngũ cán bộ gắn bó với công việc, tính bền vững của NHCSXH bị hạn chế. Đối với Quảng Nam mức khoán chi là 40 triệu trên 1 tỷ đồng dư nợ có thu được lãi trong khi chi phí đầu tư quá cao là chưa phù hợp với thực tế.
- Về cơ sở vật chất trang thiết bị làm việc, tuy đã được sự quan tâm của các cấp, các ngành nhưng mới chỉ là giải pháp tình thế, khắc phục khó khăn trước mắt. Mặt khác, trong điều kiện biên chế có hạn, nhiệm vụ được giao ngày càng nhiều, trong khi cơ sở vật chất kỷ thuật, công cụ làm việc còn thiếu thốn, công nghệ Ngân hàng còn lạc hậu, lao động thủ công vẫn là chính, năng suất thấp, nắm bắt xử lý thông tin chưa kịp thời. Hiện nay toàn bộ trụ sở làm việc từ tỉnh đến các huyện, thị đều phải thuê mượn của UBND, các ngành và nhà dân do đó không đảm bảo yêu cầu hoạt động của một Ngân hàng.
- Công tác thông tin tuyên truyền tiếp thị các chính sách tín dụng chưa thực sự sâu rộng đến các đối tượng thụ hưởng và những người triển khai chính sách, đôi lúc, đôi nơi còn xem chương trình tín dụng ưu đãi là kiểu hỗ trợ không hoàn lại của nhà nước cho hộ nghèo và các đối tượng chính sách.
Một số phòng giao dịch huyện, thị cán bộ tín dụng còn thiếu đôn đốc trong kiểm tra, giám sát việc thu hồi vốn gốc và thu lãi theo định kỳ đã thoả thuận. Việc tham mưu cho
Ban đại diện Hội đồng quản trị các cấp trong chỉ đạo điều hành hoạt động tín dụng hộ nghèo trên địa bàn còn hạn chế.