Đất nước trong thời kỳ đổi mới, chính sách hội nhập kinh tế thế giới và khu vực đã tạo ra những thuận lợi to lớn cho phát triển kinh tế - xã hội. Nhưng bên cạnh đó cũng nảy sinh ra những khó khăn mới trong quá trình điều tra xử lý tội phạm, nhất là các tội phạm mang tính xuyên quốc gia hoặc tội phạm có yếu tố nước ngoài, như các tội phạm về kinh tế, tội phạm về ma túy... Mặt khác tình hình tội phạm ở trong nước còn diễn biến phức tạp; quy mô tính chất mức độ phạm tội ngày càng nghiêm trọng; thủ đoạn hoạt động phạm tội ngày càng tinh vi, xảo quyệt; số lượng các vụ án hình sự xảy ra nhiều và có chiều hướng gia tăng, năm sau cao hơn năm trước, nhưng nhiều VKS chưa kịp thời bổ sung biên chế, dẫn đến tình trạng một Kiểm sát viên kiểm sát điều tra một số lượng vụ án quá lớn, đặc biệt là ở các thành phố trực thuộc trung ương như Hà Nội, Đà Nẵng và Thành phố Hồ Chí Minh hay một số thành phố trực thuộc tỉnh. Trong khi yêu cầu chứng minh tội phạm và thực hiện các quy định của pháp luật tố tụng hình sự ngày càng đòi hỏi chặt chẽ hơn, tránh để xảy ra oan, sai trong quá trình giải quyết vụ án hình sự.
Ngoài ra, do thái độ, tinh thần trách nhiệm của nhiều kiểm sát viên được phân công kiểm sát khởi tố - điều tra chưa cao, không nghiên cứu kỷ hồ sơ vụ án
để đánh giá các chứng cứ chứng minh tội phạm và người phạm tội, các qui trình nghiệp vụ không được coi trọng và thực hiện đúng quy định. Hơn nữa không trau dồi kiến thức chuyên môn và kinh nghiệm nghiệp vụ nên nhiều quy định của pháp luật không được nhận thức đầy đủ. Bên cạnh đó, còn có một số kiểm sát viên và Điều tra viên không có bản lĩnh vững vàng, kiên quyết đấu tranh chống tội phạm đã bị kẻ xấu lợi dụng mua chuộc để che giấu tội phạm bằng việc không khởi tố để xử lý trước pháp luật, việc làm đó đã ảnh hưởng tới hiệu quả công tác đấu tranh phòng ngừa tội phạm và uy tín của các cơ quan bảo vệ pháp luật.
Công tác hướng dẫn chỉ đạo của VKS cấp trên đối với VKS cấp dưới có lúc có nơi chưa thực hiện nghiêm túc. Việc tổ chức rút kinh nghiệm và kiểm điểm đối với cán bộ làm công tác kiểm sát điều tra để xảy ra thiếu sót trong việc thực hiện chức năng kiểm sát điều tra chưa được các đơn vị quan tâm và thực hiện có hiệu quả.