Là một trong các công tác kiểm sát thực hiện chức năng của VKSND, có nội dung là kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong hoạt động điều tra vụ án hình sự của CQĐT và các cơ quan khác được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra. Trong nhiều năm qua công tác này đã có nhiều tiến bộ và đạt được những kết quả nhất định. Những năm qua trung bình hàng năm VKS các cấp kiểm sát điều tra được một khối lượng rất lớn các vụ án hình sự, năm trước tăng hơn năm sau 1,8% về số vụ. Do kiểm sát chặt chẽ từ giai đoạn khởi tố nên số bị can đã khởi tố phải đình chỉ vì không có tội giảm nhiều, năm 2001 so với năm 2000 giảm được 150 người, số người đã khởi tố, qua điều tra không có đủ yếu tố cấu thành tội phạm, VKS đình chỉ cũng giảm đáng kể, năm 2001 giảm 81 người so với năm 2000. Theo số liệu thống kê của VKSND Tối cao, 6 tháng đầu năm 1999 VKS các cấp phải kiểm sát điều tra 44391 vụ; năm 2001 số an VKS phải kiểm sát điều tra 58.933 vụ/ 81.240 bị can; năm 2002 số án VKS các cấp phải kiểm sát điều tra là 68.548 vụ.
Qua số liệu nêu trên cho thấy, trong những năm qua tình hình tội phạm ngày càng diễn biến phức tạp theo chiều hướng ngày càng ra tăng về số lượng qua mỗi năm, hơn nữa ngày càng có nhiều vụ án có tính chất, mức độ nghiêm trọng, phức tạp trong nhiều lĩnh vực an ninh, kinh tế...Đứng trước những khó khăn đó nhưng ngành kiểm sát đã có sự cố gắng, phối hợp khá chặt chẽ với các cơ quan bảo vệ pháp luật đẩy nhanh tốc độ giải quyết án, bảo đảm đấu tranh chống và phòng ngừa các loại tội phạm có kết quả, cụ thể:
Trong lĩnh vực an ninh quốc gia, ngành kiểm sát đã thực hiện tốt chức năng kiểm sát điều tra đối với những vụ án nghiêm trọng để đưa ra truy tố những tên tội phạm nguy hiểm xâm phạm nền an ninh quốc gia, như các vụ: Lê Quốc Túy, Mai Văn Hạnh phạm tội âm mưu lật đổ chính quyền; vụ Lý Tống chiếm đoạt máy bay; Vụ bạo loạn do tên Peter Trần cầm đầu; Vụ Phạm
Hồng Sơn; vụ Nguyễn Quang Vinh; vụ Đinh Đức Kiển; vụ Phạm Văn Tưởng phạm tội gián điệp và tuyên truyền chống nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam. Đối với các loại tội phạm khác xâm phạm an ninh quốc gia như tội làm và lưu hành tiền giả, mua bán sản xuất tàng trữ vận chuyển vũ khí, chất nổ trái phép... cũng đã được xử lý nhanh chóng, đúng pháp luật.
Trong lĩnh vực kinh tế: Công tác kiểm sát điều tra đã cố gắng thúc đẩy điều tra đưa ra truy tố, xét xử các vụ án tham nhũng, buôn lậu lớn. Một số vụ án chọn làm án điểm đưa ra xét xử kịp thời góp phần thực hiện Chỉ thị số 53; Nghị quyết số 08; Chỉ thị số 15 của Bộ chính trị như các vụ án: Vụ tham ô và cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng như vụ án xảy ra tại Công ty Dược và xuất nhập khẩu Cà mau; Vụ án xảy ra tại Công ty dịch vụ thương mại tỉnh Cà mau; Công ty thương mại xuất nhập khẩu dầu khí Đồng tháp; vụ tham ô cố ý làm trái, đưa và nhận hối lộ ở huyện Mường tè- Lai Châu; vụ tham ô, cố ý làm trái, lừa đảo chiếm đoạt tài sản, lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản ở Ngân hàng Việt Hoa (thành phố Hồ Chí Minh); Vụ án thủy cung Thăng Long (Hà nội) vi phạm về quản lý và sử dụng đất đai và lừa đảo chiếm đoạt tài sản; vụ án tham ô xảy ra tại Công ty lương thực tỉnh An giang; vụ án tham ô, cố ý làm trái xảy ra tại Công ty tiếp thị đầu tư thuộc Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn.
Về trật tự trị an: Ngành kiểm sát đã thực hiện tốt, có hiệu quả góp phần điều tra xử lý nghiêm các vụ án đặc biệt nghiêm trọng như vụ án Trương Văn Cam (Năm cam) và đồng bộ hoạt động phạm tội theo kiểm xã hội đem xảy ra ở Thành phố Hồ Chí Minh.
Năm 2003, VKS các cấp đã kiểm sát hoạt động điều tra 260 vụ án và 513 bị can phạm các tội về tham nhũng, trong đó đã truy tố 187 vụ/ 402 bị can. Đến nay đã đưa ra xét xử như vụ Vi Văn Niệm cán bộ Cục hải quan Lạng sơn cùng đồng bọn phạm tội đưa và nhận hối lộ, thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng; vụ Ngô Thị Kim Chung nguyên giám đốc chi nhánh Công
ty xuất nhập khẩu du lịch và đầu tư xây dựng Hà Nam lừa đảo chiếm đoạt tài sản... Ngoài ra, VKSND Tối cao đang tiếp tục chỉ đạo kiểm sát hoạt động điều tra làm rõ các vụ án về an ninh như vụ Phạm Hồng Sơn, Nguyễn Quang Vinh, Nguyễn Khắc Toàn phạm tội gián điệp (Thành phố Hà nội); Vụ Lê Chí Quang phạm tội tuyên truyền chống nhà nước (Thành phố Hà nội); các vụ án ma túy lớn như vụ Chu Văn Hiếu (22 bị can); vụ Nguyễn Minh Tòng (28 bị can) xảy ra tại thành phố Hồ Chí Minh và Long An.
Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ đã có nhiều biện pháp đổi mới nghiệp vụ công tác kiểm sát điều tra nhằm thực hiện tốt hơn chức năng kiểm sát và thực hành quyền công tố, cụ thể đối với các vụ án trọng điểm và trọng án, các cấp kiểm sát tiến hành tốt kiểm sát điều tra ngay từ đầu nên việc điều tra các vụ án loại này vừa bảo đảm chất lượng, vừa bảo đảm thời hạn và thủ tục theo quy định của BLTTHS. Do có những cố gắng trong kiểm sát điều tra nên hoạt động điều tra, truy tố được nâng lên về số lượng và chất lượng, số vụ án bị đình chỉ điều tra ngày một giảm.
Ngoài ra, các VKS địa phương đã tổ chức rút kinh nghiệm về công tác kiểm sát điều tra, nhất là kiểm sát việc khám nghiệm hiện trường, khám nghiệm tử thi trong các vụ án phức tạp, các vụ án giết người không quả tang. Qua kết quả công tác kiểm sát điều tra, các VKS địa phương đã tập hợp các vi phạm pháp luật của CQĐT cùng cấp và sau đó kiến nghị khắc phục, hầu hết các kiến nghị của VKS địa phương đều được CQĐT cùng cấp tiếp thu sửa chữa. Bên cạnh việc chú trọng vào giải quyết các vụ án cụ thể, VKS các cấp đã chú ý đến công tác phòng ngừa tội phạm bằng việc tìm ra những nguyên nhân và điều kiện phạm tội để kiến nghị các cơ quan hữu quan áp dụng biện pháp khắc phục trong quản lý của mình như kiến nghị với Thủ tướng Chính phủ; Bộ trưởng Bộ y tế; Bộ trưởng Bộ ngoại giao trong việc quản lý vật liệu nổ, thuốc tân dược gây nghiện, trong quản lý hộ chiếu; kiến nghị với Kho bạc Nhà nước về quản lý cán bộ, nhân viên lợi dụng công vụ chiếm đoạt tiền Nhà nước. Một số VKS địa phương đã tổng hợp những mặt thiếu sót trong quản lý
để tham mưu cho Cấp ủy và chính quyền địa phương có biện pháp chấn chỉnh; tổ chức các hội nghị pháp chế phòng ngừa tội phạm.