Tính đặc thù của tranh tụng về thủ tục bảo vệ QSHTT tại Tòa án là cơ sở để các quốc gia hình thành hệ thống Tòa án chuyên biệt về SHTT. Trong vụ án về SHTT phải có sự tham gia của các chuyên gia kỹ thuật về SHTT nên đòi hỏi Thẩm phán vừa có kiến thức chuyên môn kỹ thuật về SHTT, vừa giàu kinh nghiệm pháp lý. Tuy nhiên, do có sự khác biệt về lịch sử, văn hóa pháp lý cũng như nguồn nhân lực, mà mô hình Tòa án và thủ tục bảo vệ QSHTT ở mỗi hệ thống pháp luật có những đặc thù khác nhau. Mặc dù, ở hầu hết các nước các loại việc về QSHTT bao gồm loại việc dân sự, hình sự và hành chính, nhưng một số nước như Cộng hòa Liên bang Đức, Thái Lan… thành lập Toà án chuyên biệt xét xử các vụ xâm phạm về SHTT; một số nước lại có các Toà chuyên xét xử các vụ xâm phạm về SHTT nằm trong hệ thống Toà án. ở Hàn Quốc, Nhật Bản, Mỹ, Anh và Xứ Uên chỉ có Tòa SHTT giải quyết các vụ án dân sự về SHTT mà không có Tòa chuyên trách để giải quyết các vụ án hình sự về SHTT, các vụ án hình sự về SHTT được giải quyết theo thủ tục thông thường. Các nước này đều có Tòa án về Văn bằng sáng chế, Tòa này có thẩm quyền đối với các vụ việc dân sự, phúc thẩm các quyết định của Văn phòng về Văn bằng sáng chế; đối với hệ thống giải quyết các vụ việc hành chính của các nước này có sự tương đồng, một vụ việc hành chính là: xem xét lại các quyết định của cơ quan cấp bản quyền (Văn phòng về Văn bằng sáng chế và nhãn hiệu hàng hóa); làm mất hiệu lực hoặc hủy bỏ QSHTT... Thông thường vụ việc khiếu nại từ Văn phòng về Văn bằng sáng chế và nhãn hiệu hàng hóa được gửi lên Tòa án về Văn bằng sáng chế, sau đó nếu tiếp tục kháng cáo thì do Tòa cấp trên xét xử phúc thẩm… (xem phụ lục số 2).
Trong xu hướng toàn cầu hóa và hội nhập kinh tế quốc tế, với sự tham gia các điều ước quốc tế, pháp luật của mỗi hệ thống, mỗi quốc gia đã và đang có sự giao thoa và xích lại gần nhau, những điểm khác biệt của các hệ thống pháp luật ngày càng thu hẹp lại và thay vào đó là những điểm tương đồng. Việc thành lập Tòa chuyên biệt về SHTT như Thái Lan, Đức… đã tỏ ra rất hiệu quả đối với sự phát triển thương mại và đầu tư quốc tế. ở Thái Lan, trong những năm nửa cuối của thập niên 90, trong điều kiện sụp đổ gần như phá sản của nhiều khu vực kinh doanh và tài chính quan trọng, Thái Lan đã quyết tâm thành lập Tòa án Trung ương về Sở hữu trí tuệ và Thương mại quốc tế (viết tắt là Tòa IP&IT), trong bài viết của mình, ông Vichai Ariyanuntaka (Thẩm phán Tòa IP&IP Trung
ương, Bangkok, Thái Lan) đã viết:
Đây là thời điểm để suy nghĩ lại, lập lại kế hoạch và cấu trúc lại cơ sở hạ tầng pháp lý của chúng ta để tạo nên một môi trường luật pháp thân thiện hơn cho thương mại và đầu tư quốc tế. Một môi trường pháp lý mà tại đó các quyền pháp lý, công dân và người nước ngoài phải được bảo vệ và thi hành theo luật pháp và bởi hệ thống tư pháp của chúng ta. Môi trường pháp lý sẽ đem lại cho chúng ta danh tiếng trong thương mại và đầu tư quốc tế và phục hồi toàn bộ nền kinh tế của chúng ta. Tại Thái Lan, trong lĩnh vực thi hành công lý, việc thành lập Tòa IP&IT là một yếu tố duy nhất quan trọng nhằm đạt được mục tiêu này [74].
ở Việt Nam, trong điều kiện thực hiện cải cách tư pháp, việc kiện toàn cơ cấu tổ chức của các TAND là tất yếu và không phải là ngoại lệ. Tại Nghị quyết số 49-NQ/TW ngày 02-6-2005 của Bộ Chính trị về "Chiến lược cải cách tư pháp đến năm 2020" có nhận định:
Xác định rõ chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền và hoàn thiện tổ chức, bộ máy các cơ quan tư pháp. Trọng tâm là xây dựng, hoàn thiện tổ chức và hoạt động của Tòa án nhân dân. Tổ chức hệ thống tòa án theo thẩm quyền xét xử, không phụ thuộc vào đơn vị hành chính, gồm: tòa án sơ thẩm khu vực được tổ chức ở một hoặc một số đơn vị hành chính cấp huyện; tòa phúc thẩm có nhiệm vụ chủ yếu là xét xử phúc thẩm và xét xử sơ thẩm một số vụ án; tòa thượng thẩm được tổ chức theo khu vực có nhiệm vụ xét xử phúc thẩm; Tòa án nhân dân tối cao có nhiệm vụ tổng kết kinh nghiệm xét xử, hướng dẫn áp dụng thống nhất pháp luật, phát triển án lệ và xét xử giám đốc thẩm, tái thẩm. Việc thành lập tòa chuyên trách phải căn cứ vào thực tế xét xử của từng cấp tòa án, từng khu vực. Đổi mới tổ chức Tòa án nhân dân tối cao theo hướng tinh gọn với đội ngũ Thẩm phán là những chuyên gia đầu ngành về pháp luật, có kinh nghiệm trong ngành (điểm 2.2, mục 2, Phần II) [31].
Nghiên cứu mô hình Tòa SHTT theo kinh nghiệm của Thái Lan (xem phụ lục số 1) để khi có đủ điều kiện đề nghị Nhà nước cho phép thành lập Toà SHTT. Trước mắt,
cần đào tạo nguồn nhân lực và chuẩn bị cơ sở lý luận cho việc thành lập các Toà chuyên trách về SHTT trong hệ thống TAND.