Bảo vệ QSHTT tại TAND bằng biện pháp dân sự là việc các đương sự yêu cầu Tòa án giải quyết các tranh chấp về quyền, lợi ích về QSHTT theo quy định của pháp luật tố tụng dân sự. Bản chất của biện pháp dân sự là thông qua việc giải quyết các tranh chấp liên quan đến QSHTT tại TAND, các chủ sở hữu QSHTT không chỉ được quyền yêu cầu Toà án áp dụng các biện pháp ngăn chặn hành vi xâm phạm QSHTT một cách có hiệu quả mà còn buộc bên vi phạm bồi thường thiệt hại do hành vi đó gây ra (bao gồm thiệt hại vật chất và thiệt hại tinh thần).
Giải quyết tranh chấp về QSHTT được hiểu là việc Tòa án giải quyết những tranh chấp về quyền và lợi ích hợp pháp của các chủ thể trong quan hệ pháp luật về SHTT. Giải quyết tranh chấp về QSHTT tại Toà án là cơ chế bảo hộ QSHTT hữu hiệu nhất trên thế giới hiện nay. Tranh chấp phát sinh từ QSHTT với bản chất là các tranh chấp dân sự (theo nghĩa rộng) có những đặc thù cơ bản, đó là: tính phức tạp, tính đa quốc gia, tính bảo mật cao... Bảo vệ QSHTT không chỉ bảo vệ quyền tài sản mà còn gắn liền với ý nghĩa bảo vệ quyền nhân thân của chủ sở hữu QSHTT. Quyền nhân thân là quyền thể hiện mối liên hệ không thể tách rời giữa tác giả với tác phẩm mà họ sáng tạo ra, về bản chất quyền nhân thân luôn gắn liền với tác giả và không thể chuyển giao. Quyền tài sản là quyền được hưởng những lợi ích vật chất từ việc cho phép người khác sử dụng tác phẩm của mình trong mục đích thương mại.
Pháp luật của Việt Nam ngay từ đầu đã xác định được vị trí, vai trò của TAND trong việc bảo hộ thực thi QSHTT, từ đó đặt ra nhiệm vụ xây dựng những quy trình pháp lý, thủ tục tố tụng nhằm bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của các chủ sở hữu QSHTT. Trước khi BLTTDS ra đời, theo quy định của Luật tổ chức TAND và các Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án dân sự, Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án kinh tế, Pháp lệnh thủ tục giải quyết các tranh chấp lao động, thì không chỉ có TAND cấp huyện mới có thẩm quyền xét xử sơ thẩm các vụ án dân sự, kinh tế, lao động mà TAND cấp tỉnh cũng có thẩm quyền xét xử sơ thẩm các vụ án dân sự, kinh tế, lao động. Việc phân định thẩm quyền giữa TAND cấp huyện và TAND cấp tỉnh căn cứ vào nhiều tiêu chí khác nhau, như: tính chất phức tạp của từng loại vụ án; giá trị (giá ngạch) của tranh chấp; năng lực, trình độ của thẩm phán và cơ sở vật chất của Tòa án bảo đảm cho việc giải quyết các vụ án đó.
Việc bảo vệ QSHTT được tiến hành dưới hình thức áp dụng những thủ tục, biện pháp nhất định, trong đó biện pháp dân sự chiếm một vị trí quan trọng. Điều đó được lý giải chủ yếu bởi tính dân chủ, khả năng duy trì và bảo đảm công bằng của các thiết chế của thủ tục dân sự so với các thủ tục khác. áp dụng thủ tục dân sự là con đường duy nhất để giải quyết thoả đáng vấn đề bồi thường thiệt hại đối với các hành vi xâm phạm. Thông thường, khi bị xâm phạm QSHTT của mình, chủ sở hữu quyền bao giờ cũng muốn được bảo vệ bằng cách làm sao để nhanh chóng nhất có thể chấm dứt sự xâm phạm quyền quyền tài sản và
quyền nhân thân của mình do bị đơn đang thực thiện. Hành vi xâm phạm QSHTT còn gây ảnh hưởng đến tên tuổi, thương hiệu, gây hiểu lầm, nhận thức không đúng về chất lượng, giá trị, uy tín về sản phẩm, hàng hóa của chủ sở hữu quyền, đây là những thiệt hại không thể tính được bằng tiền, do vậy; chủ sở hữu quyền còn được pháp luật dân sự bảo vệ qua việc tính bồi thường thiệt hại về tinh thần khi quyền nhân thân bị xâm phạm. Xét về mặt lý thuyết, thủ tục tố tụng dân sự bảo vệ QSHTT như những quyền cá nhân hết sức thích hợp, có hiệu quả, do đó, sự lựa chọn biện pháp dân sự sẽ là sự lựa chọn khôn ngoan để đảm bảo quyền của mình. Biện pháp dân sự là biện pháp phòng ngừa có ý nghĩa lớn, là biện pháp cuối cùng nhưng là biện pháp hiếm được sử dụng ở Việt Nam. So với biện pháp hành chính và biện pháp hình sự nêu trên, thì biện pháp dân sự có những thế mạnh mà hai biện pháp đó không có. Có thể luận chứng cho lợi thế của sự lựa chọn trên như sau:
- Đối với biện pháp hình sự: Nguyên đơn không có cơ hội yêu cầu áp dụng lệnh BPKCTT để ngừng hành vi vi phạm trong thời gian xét xử vụ án, bên cạnh đó yêu cầu về nghĩa vụ chứng minh hành vi vi phạm QSHTT trong vụ án hình sự là rất cao…;
- Đối với biện pháp hành chính: Đặc thù của biện pháp này là việc Tòa hành chính trong hệ thống TAND chỉ thụ lý và giải quyết các khiếu kiện về các QĐHC, HVHC trái pháp luật của các cán bộ, công chức và các cơ quan quản lý nhà nước về SHTT;
- Cuối cùng, bởi một lý do đơn giản và hợp lý, việc thực hiện quyền yêu cầu chấm dứt hành vi vi phạm và bồi thường thiệt hại vốn là các quyền dân sự. Khi yêu cầu Toà án bảo vệ quyền bằng thủ tục tố tụng dân sự, sẽ hàm chứa cả việc bị đơn sẽ phải chấm dứt hành vi vi phạm, bị đơn sẽ phải bồi thường toàn bộ thiệt hại đã xảy ra, bao gồm cả bồi thường thiệt hại về tinh thần.
Trên thế giới, thông thường chủ sở hữu QSHTT yêu cầu áp dụng biện pháp dân sự, nhất là đối với các nước theo hệ thống luật Anh - Mỹ. Họ lý giải một phần là bởi "bầu không khí" của thủ tục này phù hợp với việc bảo vệ các quyền tài sản của cá nhân trong giới kinh doanh, một phần là bởi các biện pháp đền bù-đặc biệt là các loại lệnh áp dụng BPKCTT, đây là biện pháp tiện lợi hơn so với việc trừng phạt khác [25, tr. 27]. Hành vi xâm phạm QSHTT là hành vi trái pháp luật gây thiệt hại ngoài hợp đồng, do vậy phải nhận thức đây là trách
nhiệm dân sự. Không phải "vô tình" mà trong các điều ước quốc tế, trong BTA và Luật SHTT, phần lớn các điều khoản là các quy định về việc áp dụng biện pháp dân sự. Vì vậy, biện pháp dân sự cần được coi trọng, phát huy và phải được đánh giá đúng với tầm quan trọng của nó, theo quan điểm của tác giả, với những ưu điểm vốn có, biện pháp dân sự nên được nhìn nhận như là một biện pháp chủ đạo và cần được áp dụng một cách thông dụng trong việc bảo vệ QSHTT tại TAND.