Mặc dù BLHS được ban hành năm 1999, BLTTHS được ban hành năm 2003 nhưng cho đến nay, ngoài Thông tư liên tịch số 10/1999/TTLT-BKHCN-BTM-BTC- BCA ngày 27-4-2000 của Bộ Thương mại, Bộ Tài chính, Bộ Công an, Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường hướng dẫn thực hiện Chỉ thị số 31/1999/CT-TTg ngày 27-10- 1999 của Thủ tướng Chính phủ về đấu tranh chống sản xuất và buôn bán hàng giả, thì chưa có văn bản nào hướng dẫn các quy định của BLHS về các tội xâm phạm QSHTT; đối với thủ tục điều tra, truy tố, xét xử tội phạm về SHTT theo quy định của BLTTHS cũng chưa được hướng dẫn cụ thể. Điều này gây khó khăn, vướng mắc cho các TAND trong việc xét xử đối với loại tội phạm này. Theo số liệu thống kê của TANDTC, từ năm 2000 đến năm 2005 thì tổng số vụ vi phạm là 446 vụ với 773 bị cáo; trong đó đã xét xử 419 vụ với 693 bị cáo. Phân tích số bị cáo đã xét xử theo quyết định của Tòa án
cho thấy: 209 bị cáo được hưởng án treo; 350 bị cáo ở mức án từ 7 năm tù trở xuống; 20 bị cáo từ 7 đến 10 năm tù; 12 bị cáo từ 10 đến 15 năm tù; 02 bị cáo mức án 15 đến 20 năm tù; 1 bị cáo mức án tù chung thân; 05 người được tuyên là không có tội và 01 bị cáo được miễn trách nhiệm hình sự (hoặc hình phạt). Phân tích tội danh cho thấy hầu hết số vụ vi phạm tội sản xuất hàng giả, buôn bán hàng giả, chỉ có 01 vụ xâm phạm QSHCN (Điều 171) với 01 bị cáo và 04 vụ xâm phạm QTG (Điều 131) với 04 bị cáo.