Chỉ đến khi Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính được sửa đổi, bổ sung năm 2006, thì thẩm quyền giải quyết các khiếu kiện QĐHC, HVHC về SHTT của TAND mới được quy định cụ thể trong Pháp lệnh. Cho tới nay, chưa có số liệu thống kê
chính thức về tình hình giải quyết các khiếu kiện QĐHC, HVHC liên quan đến SHTT tại Tòa hành chính của các TAND trong thời gian qua. Tuy nhiên, theo báo cáo chuyên đề ngày 15-9-2006 của Tòa hành chính TANDTC, thì kể từ ngày thành lập Tòa hành chính đến nay, số lượng các vụ án hành chính liên quan đến QSHTT mà Tòa án đã thụ lý, giải quyết chiếm tỷ lệ từ 3-5% trong tổng số các vụ án thuộc thẩm quyền của Tòa hành chính. Đối tượng khởi kiện chủ yếu tập trung ở các QĐHC của các cơ quan quản lý nhà nước về SHTT như Cục Bản quyền tác giả, Cục SHTT về hủy bỏ Văn bằng bảo hộ QTG, QSHCN hoặc trong xử lý VPHC do vi phạm pháp luật về QSHTT. Trong thực tiễn giải quyết các vụ án hành chính cho thấy còn có nhiều vướng mắc.
Thứ nhất, tuy Pháp lệnh năm 2006 quy định khiếu kiện QĐHC, HVHC trong
quản lý nhà nước về SHTT và chuyển giao công nghệ là thẩm quyền giải quyết của Tòa án (khoản 12 Điều 11). Tuy nhiên, quy định này chưa được cụ thể hóa và cũng chưa được cơ quan có thẩm quyền hướng dẫn. Theo quy định tại Điều 10 của Luật SHTT thì nội
dung quản lý nhà nước về SHTT gồm có
10 lĩnh vực; do đó, trong thực tiễn thi hành còn có nhiều vướng mắc là QĐHC, HVHC nào về SHTT là đối tượng khởi kiện vụ án hành chính tại TAND. Đây cũng là một trong những lý do mà số lượng khởi kiện vụ án hành chính tại TAND không nhiều so với tình hình thực tế. Mặt khác, đây cũng là một trong những lý do mà TAND do không xác định được thẩm quyền của mình nên hoặc thụ lý vụ án khi việc đó không thuộc thẩm quyền giải quyết của mình hoặc trả lại đơn khởi kiện khi việc đó thuộc thẩm quyền giải quyết của mình.
Thứ hai, việc giải quyết các vụ án hành chính nói chung, đặc biệt là giải quyết các
vụ án hành chính về SHTT nói riêng còn rất mới mẻ ở Việt Nam. Có thể nói rất nhiều khái niệm, nhiều quy định còn mang tính trừu tượng, song việc giải thích chưa được nghiên cứu làm rõ hoặc quy định chi tiết cụ thể ở văn bản dưới luật. Vì vậy, đã gây không ít khó khăn không chỉ cho người dân, mà kể cả người thực thi pháp luật, trong đó có cả Thẩm phán Tòa án.
Thứ ba, cơ quan thực hiện quản lý nhà nước về SHTT cũng không nắm chắc quy
định của pháp luật, cho nên dẫn đến thực hiện công vụ không đúng. Vụ án sau đây là một ví dụ.
Cơ sở sản xuất mỹ phẩm Thanh Hương vi phạm QSHCN về nhãn hiệu hàng hóa và kiểu dáng công nghiệp trong sản xuất nước hoa của Công ty mỹ phẩm Miss Sài Gòn. Sau khi có khiếu nại của Công ty mỹ phẩm Miss Sài Gòn, Chủ tịch ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đã ban hành Quyết định số 3271/QĐ-UB ngày 11-8-2003 xử phạt VPHC đối với cơ sở sản xuất mỹ phẩm Thanh Hương, hình thức xử phạt chính bằng tiền và hình thức phạt bổ sung là tước Giấy đăng ký kinh doanh, tịch thu, tiêu hủy sản phẩm nước hoa có vi phạm QSHCN, loại bỏ yếu tố vi phạm nhãn hiệu hàng hóa (chữ "Miss") trên các sản phẩm. Cơ sở sản xuất mỹ phẩm Thanh Hương đã khởi kiện QĐHC nêu trên, yêu cầu Tòa án giải quyết. Tòa hành chính TAND Thành phố Hồ Chí Minh đã xét xử tuyên hủy phần quyết định xử phạt bằng tiền do vi phạm thời hiệu xử phạt, giữ nguyên phần quyết định xử phạt bổ sung.
Thứ tư, thực trạng xâm phạm QSHTT ở nước ta cũn khá phổ biến, thế nhưng
nhận thức của người dân chưa cao; do đó, dẫn đến những khiếu kiện không đúng làm ảnh hưởng đến cơ quan quản lý nhà nước. Vụ án sau đây là một ví dụ.
Ngày 2-3-2006, Tòa hành chính TAND thành phố Hà Nội tiến hành xét xử vụ kiện giữa nguyên đơn là Cụng ty cổ phần Hải Bỡnh (sau đõy viết tắt là CTCP Hải Bỡnh) khởi kiện Cục SHTT về việc Cục SHTT đã hủy Giấy chứng nhận nhón hiệu hàng hoỏ. Túm tắt vụ kiện như sau: Năm 1999, CTCP Hải Bỡnh ký hợp đồng với Công ty Korea EnE của Hàn Quốc về việc CTCP Hải Bỡnh là nhà phõn phối, bảo hành và bảo dưỡng độc quyền trên toàn lónh thổ Việt Nam sản phẩm bơm xăng điện tử mang nhón hiệu Korea EnE do cụng ty của Hàn Quốc sản xuất. Logo sản phẩm là chữ EnE lồng trong hỡnh oval cú màu nền là hỡnh xanh lỏ cõy. Việc nhập khẩu thiết bị bơm xăng dầu điện tử EnE cùng nhón hiệu hàng hoỏ của cụng ty Korea EnE đó được CTCP Hải Bỡnh đăng ký kiểm định tại Tổng cục đo lường chất lượng. Đến tháng 1/2002, CTCP Hải Bỡnh cú đơn gửi Cục SHTT xin đăng ký nhón hiệu " EnE và hỡnh oval", hỡnh chữ H và Habico, đến tháng 6/2003 đó được cấp Giấy chứng nhận đăng ký nhón hiệu hàng hoỏ. Tuy nhiờn, về phớa cụng ty Korea EnE, sau khi biết nhà phõn phối sản phẩm độc quyền của mỡnh tại Việt Nam lại đăng ký nhón hiệu hàng hoỏ logo giống với mẫu của Korea EnE, đó uỷ quyền cho Cụng ty tư vấn Sở hữu công nghiệp và chuyển giao công nghệ (Công ty P&TB) đề nghị huỷ Giấy chứng nhận đăng ký nhón hiệu hàng hoỏ đối với sản phẩm bơm
xăng điện tử mà CTCP Hải Bỡnh đó được đăng ký bởi cơ quan có thẩm quyền. Với các chứng minh hợp lệ phía đại điện công ty Korea EnE, nên Cục SHTT đó cú Quyết định số 24 về việc huỷ Giấy chứng nhận đăng ký nhón hiệu hàng hoỏ của CTCP Hải Bỡnh. Khụng đồng tỡnh với quyết định này, CTCP Hải Bỡnh đó có đơn kiện tại Toà hành chính TANDTP Hà Nội về Quyết định số 24 của Cục SHTT. Ông Vũ Hữu Dũng, Giám đốc CTCP Hải Bỡnh cho biết CTCP Hải Bỡnh thành lập trước Công ty "mẹ" Korea EnE và ngày 19-5-1998, Công ty đó cú hợp đồng thuê thiết kế logo thương hiệu này cho mỡnh để chứng minh logo thương hiệu của mỡnh là độc lập so với công ty Hàn Quốc. Nhưng đại diện Cục SHTT lại đưa ra bằng chứng cho rằng hợp đồng này không đáng tin cậy vỡ vào thời điểm ngày 13-7-1998 CTCP Hải Bỡnh mới nhận được con dấu từ cơ quan Công an, như vậy CTCP Hải Bỡnh khụng thể cú con dấu để ký hợp đồng thiết kế logo công ty của mỡnh vào thời điểm ngày 15-8-1998. Hội đồng xét xử đó đánh giá: logo sản phẩm của CTCP Hải Bỡnh gần như trùng khớp với logo của Korea EnE, người tiêu dùng bỡnh thường khó có thể phân biệt được. Bên cạnh đú, CTCP Hải Bỡnh lại khụng chứng minh được quyền sở hữu chính đáng của mỡnh với nhón hiệu sản phẩm này. Do đó, những lập luận, chứng cứ của Cục SHTT về việc ra Quyết định số 24 huỷ Giấy chứng nhận nhón hiệu hàng hoỏ của CTCP Hải Bỡnh là đúng pháp luật, hợp lý. Vỡ vậy, Toà ỏn đó bỏc đơn kiện của CTCP Hải Bỡnh.