Hạn chế còn tồn tại do cả nguyên nhân chủ quan và nguyên nhân khách quan. Do vậy, công việc khắc phục những tồn tại không chỉ bó hẹp trong phạm vi Huyện mà nó yêu cầu cần phải có sự cải tiến đồng bộ từ sự chỉ đạo, điều tiết của cấp trên đến sự thực hiện nhất quán ở cơ sở.
Do trong khâu lập dự toán còn chưa đi sâu, đi sát tại các đơn vị dự toán chưa quan tâm tới các yếu tố tăng trưởng, trượt giá… việc giao kế hoạch còn chưa căn cứ vào kế hoạch của các đơn vị.
Trong công tác thu và khai thác thu còn bỏ sót, chưa khai thác triệt để, chưa có biện pháp xử lý mạnh đối với các đối tượng trốn lậu thuế và các khoản đóng góp khác. Ngoài ra, việc để nợ đọng thuế từ năm này qua năm khác vẫn còn tồn tại.
Trong công tác quản lý chi Ngân sách còn lỏng lẻo, khả năng kiểm soát chi qua Kho bạc còn chưa cao dẫn đến một số khoản chi không đúng đối tượng, nhiệm vụ được giao. Các nguồn chi sự nghiệp kinh tế tuy bước đầu đã được cải thiện đáng kể nhưng còn nhỏ, công tác thực hiện dự án, phê duyệt
quyết toán các các dự án còn chưa kịp thời cho nên một số một số công trình đã hoàn thành nhưng chưa có hồ sơ hoàn công…
Do thực hiện theo luật NSNN mới việc phân cấp nguồn thu nhiệm vụ chi do HĐND quy định kết hợp với một số quy định bắt buộc phân cấp theo luật nên việc chủ động phân cấp của HĐND còn hạn chế. Nhất là cấp xã, một số xã nếu thực hiện phân cấp nguồn thu đúng theo quy định của luật nguồn thu đã lớn hơn nhiệm vụ chi thường xuyên nên việc tạo nguồn đề bổ sung cân đối cho các xã có nguồn thu thấp rất khó khăn.
Do chức năng nhiệm vụ của mỗi cấp chính quyền chưa được chi tiết trên từng lĩnh vực: xây dựng cơ sở hạ tầng, nhà đất, quản lý doanh nghiệp, tài nguyên khoáng sản, quốc phòng an ninh, phí và lệ phí.
Do chưa tiến hành việc phân loại các đơn vị hành chính theo những tiêu thức như quy mô diện tích dân số các chỉ số phát triển để làm cơ sở cho cơ chế phân cấp quản lý ngân sách công bằng hợp lý cũng như số bổ sung từ ngân sách cấp trên cho ngân sách cấp dưới.
Do nguồn thu và tỷ lệ điều tiết nguồn thu cho các cấp ngân sách địa phương còn chưa thích hợp nên chưa khuyến khích, tạo động lực cho địa phương tăng thêm nguồn thu cho ngân sách cấp mình và quan tâm đến nguồn thu chung.
Do nhận thức chưa thật đầy đủ về Luật ngân sách nhà nước nên nhều nơi vẫn làm theo truyền thống và cách nghĩ của riêng mình (nhất là đối với cấp xã).
Một số nội dung của cơ chế phân cấp quản lý ngân sách của các cấp chính quyền địa phương chưa cụ thể, chưa được luật hoá. Việc lập, phân bổ chấp hành và quyết toán ngân sách các cấp còn có sự đan xen, lồng ghép vào nhau, cản trở tính chủ động của mỗi cấp ngân sách.
Hệ thống chế độ, chính sách, tiêu chuẩn định mức đã được HĐND ban hành nhưng chưa đầy đủ, kịp thời, chưa cụ thể, khó thanh tra kiểm tra, Nhà nước thường xuyên sửa đổi bổ sung chính sách cho phù hợp với tình hình mới nên ảnh hưởng đến công tác quản lý ngân sách.
Đội ngũ cán bộ làm việc trong lĩnh vực tài chính, ngân sách còn thiếu và yếu chưa đáp ứng kịp yêu cầu đổi mới, đặc biệt là ngân sách cấp xã.
