Năm 1996, sau khi chuyển phân cấp vốn đầu tư XDCB cho Bộ Tài chính, NHĐT mới thực sự chuyển sang hoạt động kinh doanh của một NHTM thuần túy. Chính vì vậy, mô hình tổ chức và hoạt động của NHĐT phải thay đổi cho phù hợp với hoạt động của NHTM. Tuy nhiên, hoạt động kiểm tra KTNB mới bắt đầu định hình và hoàn chỉnh từ đầu năm 2000.
Cũng như hai ngân hàng trên, sau khi có Luật các TCTD năm 1997 và Quyết định 03/1998/QĐ-NHNN3 về việc ban hành Quy chế mẫu về tổ chức và hoạt động kiểm tra, KTNB trong các tổ chức tín dụng hoạt động tại Việt Nam, Tổng giám đốc NHĐT đã ban hành Quyết định 1208/QĐ/KTNB ngày 12/6/2000 về quy chế và tổ chức hoạt động của hệ thống kiểm tra KTNB của NHĐT, trong đó có quy định về mô hình tổ chức; nhiệm vụ, quyền hạn của hệ thống kiểm tra KTNB. Về mặt tổ chức hoạt động, quy chế quy định hệ thống kiểm tra KTNB bao gồm: Ban kiểm tra KTNB ở Trụ sở chính (gồm: Phòng kiểm tra kiểm toán1, Phòng kiểm tra kiểm toán 2, Phòng tổng hợp); Các phòng (tổ) kiểm tra KTNB ở các chi nhánh của NHĐT. Tuy nhiên, về mặt cơ chế và thực tiễn hoạt động của hệ thống kiểm tra, KTNB ở NHĐT cho thấy:
- Hệ thống kiểm tra, KTNB ở NHĐT chậm phát triển, đổi mới.
- Quy chế do Tổng giám đốc ban hành mà kiểm tra, kiểm toán nội bộ lại kiểm tra chính hoạt động của Ban điều hành là không khách quan, độc lập trong kiểm tra, kiểm toán. Hơn nữa, tại NHĐT, một phó tổng giám đốc kiêm giám đốc chi nhánh NHĐT Đà Nẵng được giao nhiệm vụ kiêm Trưởng ban kiểm tra KTNB, càng không đảm bảo tính độc lập trong kiểm tra, giám sát hoạt động ngân hàng.
- Nội dung Quy chế này trái với Luật các TCTD năm 1997: Tổng kiểm soát NHTM (phụ trách kiểm tra, kiểm toán nội bộ) phải do Thống đốc NHNN bổ nhiệm, miễn nhiệm. Thay vào đó, NHĐT đã dùng khái niệm “Trưởng ban kiểm tra KTNB” do Tổng giám đốc bổ nhiệm, miễn nhiệm.
- Chức năng, nhiệm vụ của kiểm tra KTNB: không quy định chức năng đánh giá mức độ an toàn trong kinh doanh và không cụ thể phương thức kiểm toán, không cụ thể chức năng giám sát từ xa các báo cáo định kỳ của các chi nhánh chuyển về.
Nhìn chung, ở giai đoạn này bộ máy kiểm tra KTNB của NHĐT chưa phát triển thành hệ thống, hoạt động chắp vá, không đảm bảo tính độc lập tương đối trong kiểm tra, giám sát hoạt động của NHĐT.
Sau khi có Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật các tổ chức tín dụng năm 2004, căn cứ Quyết định số 36/2006/QĐ-NHNN ngày 01/08/2006 của Thống đốc NHNN về “Ban hành quy chế kiểm tra, kiểm soát nội bộ của TCTD” và Quyết định số 37/2006/QĐ-NHNN ngày 01/08/2006 của Thống đốc NHNN về “Quy chế KTNB của TCTD”; NHĐT đã ban hành Quy chế KTNB. Về mô hình tổ chức, từ năm 2005, NHĐT đã thành lập lại Ban Kiểm soát gồm 2 phòng: Phòng giám sát và phòng KTNB tại Trụ sở chính. Đến nay, NHĐT là một trong những NHTM Nhà nước chưa được cổ phần hóa mà vẫn 100% vốn Nhà Nước.
Đến nay, NHĐT đã ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Ban kiểm soát theo Quyết định số 628/QĐ-HĐQT ngày 30/06/2010. Theo đó, Bộ máy kiểm tra, kiểm toán nội bộ của toàn hệ thống NHĐT là Ban kiểm soát trực thuộc Hội đồng quản trị, có chức năng kiểm tra, kiểm soát, kiểm toán việc chấp hành các chính sách, quy định của pháp luật và điều lệ, các quy chế, quy trình, quy định nội bộ của NHĐT... nhằm đánh giá chính xác hoạt động kinh doanh và thực trạng tài chính của NHĐT. Ban kiểm soát có cơ cấu tối thiểu 05 thành viên, do Hội đồng quản trị quyết định.
Cơ cấu tổ chức của Ban kiểm soát NHĐT gồm:
- Trưởng ban và các phó ban (Trưởng ban là thành viên Hội đồng quản trị NHĐT).
- Trưởng KTNB, có thể kiêm Trưởng phòng KTNB. - Phòng KTNB.
- Các phòng kiểm tra nội bộ:
+ Phòng kiểm tra số 1, 2, 3, 4: Thực hiện kiểm tra, kiểm soát toàn diện các hoạt động nghiệp vụ tại Trụ sở chính, các đơn vị thành viên, các đơn vị liên doanh, góp vốn của NHĐT phân theo địa bàn khu vực.
+ Phòng kiểm tra nội bộ số 5 thực hiện kiểm tra, kiểm soát hoạt động công nghệ thông tin toàn hệ thống NHĐT.
Nhìn chung, Ban kiểm soát của NHĐT được tổ chức tương đối phù hợp với các quy định hiện hành của pháp luật, đã khắc phục được các tồn tại của các quy chế cũ. Các quy định của quy chế này tương đối sát với Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của luật các TCTD năm 2004; Quyết định số 36/NHNN và Quyết định số 37/NHNN ngày 01/08/2006 của Thống đốc NHNN, đảm bảo tính độc lập tương đối, khách quan trong hoạt động kiểm tra, kiểm toán của Ban kiểm soát; tránh chồng chéo, trùng lắp giữa các bộ phận làm công tác kiểm tra, kiểm toán.
Tuy nhiên, vẫn có những tồn tại cố hữu đối với một NHTM Nhà Nước là dù có đặt bộ phận kiểm tra KTNB dưới sự điều hành trực tiếp của Hội đồng quản trị (đại diện phụ trách là Trưởng Ban kiểm soát), thì vẫn không đảm bảo đầy đủ tính độc lập, khách quan trong việc kiểm tra, giám sát hoạt động của NHĐT (hay bất cứ một ngân hàng nào 100% vốn của Nhà Nước), do đối tượng bị kiểm tra kiểm toán chính vẫn là Tổng giám đốc - Thành viên Hội đồng quản trị, cho nên tính khách quan, độc lập vẫn bị hạn chế. Bên cạnh đó, quy chế chưa đề cập đến việc áp dụng chuẩn mực kiểm toán, chứng chỉ KTNB, chiến lược đào tạo và phát triển nguồn nhân lực kiểm tra, kiểm toán.
Do đó, yêu cầu tất yếu hiện nay trong lộ trình hội nhập kinh tế quốc tế, trong việc không ngừng nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động của các NHTM, để tăng khả năng cạnh tranh và khẳng định vị trí, vai trò của mình trên trường quốc tế, tăng cường khả năng kiểm tra, giám sát đối với hoạt động ngân hàng, đảm bảo tính minh bạch, công khai... là việc cổ phần hóa triệt để các NHTM Nhà nước (NHĐT, Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn; Ngân hàng Phát triển nhà đồng bằng Sông cửu long) và giảm tỷ trọng cổ phần Nhà nước đang nắm giữ tại các NHTM Nhà nước đã được cổ phần hóa (NHCT, NHNT) nhằm tăng khả năng kiểm tra, giám sát hoạt động đối với các ngân hàng này của các cổ đông trong và ngoài nước.
Với các quy định của NHĐT, công tác kiểm tra, kiểm toán nội bộ đã cải thiện một bước rõ nét phù hợp với đặc điểm hoạt động của ngân hàng hiện đại trong điều kiện hội nhập hiện nay.