1. Tổ chức bộ máy cán bộ thu thuế nhập khẩu.
Hoàn thiện bộ máy tổ chức của ngành hải quan nói chung và của hệ thống quản lý thu thuế nhập khẩu nói riêng theo hướng, đảm bảo sự thống nhất, tập trung trong vấn đề hướng dẫn chỉ đạo, kiểm tra việc thực hiện quy trình thu thuế nhập khẩu từ cơ quan Tổng cục đến các cục hải quan tỉnh, thành phố. Tuỳ theo tình hình thực tế của hoạt động nhập khẩu mà hình thành nên cơ cấu tổ chức cho phù hợp, đối với các Cục hải quan có mật độ hàng hoá nhập khẩu lớn như TP.HCM, Hải Phòng, Hà Nội nên thành lập các phòng ban: phòng tổ chức hành chính thanh tra, phòng nghiệp vụ, chi cục kiểm tra sau thông quan, phòng tham mưu xử lý chống buôn lậu,…. Đối với các đơn vị hải quan có mật độ hàng hoá nhập khẩu ít như: Hà Giang, Lai Châu,... thì chỉ cần thành lập phòng nghiệp vụ tổng hợp bao gồm tất cả các khâu công việc của quy trình thủ tục hải quan.
Về công tác quản lý cán bộ: Cần phải quy định rõ trách nhiệm của từng loại cán bộ trên từng vị trí công tác, đánh giá cán bộ chủ yếu căn cứ vào kết quả công tác, vào số lượng và chất lượng công việc được giao, coi trọng phẩm chất chính trị, đạo đức, kịp thời phát hiện và xử lý nghiêm minh các trường hợp vi phạm.
Về công tác đào đạo: Cần đào tạo theo hướng chuyên môn hoá sâu theo từng chức năng công việc phù hợp với cơ chế quản lý đối tượng thuế tự khai, tự tính và tự nộp thuế.
2. Hiện đại hoá ngành hải quan trước yêu cầu hội nhập.
Trong bối cảnh Việt Nam đã chính thức gia nhập WTO, công tác cải cách, phát triển và hiện đại hoá phải càng được ngành hải quan quan tâm. Trước mắt, cần đẩy mạnh công tác tuyên truyền trong nội bộ ngành cũng như với các cơ quan bên ngoài và đặc biệt là đối với doanh nghiệp về hiện đại hoá hải quan như: Nâng cấp hoàn thiện trang Web của ngành, phát hành các tài liệu, mở chuyên mục về hiện đại hoá hải quan trên báo chí, tổ chức các Hội thảo,…triển khai một chương trình quản lý thay đổi phù hợp để đảm bảo sự đồng tình, ủng hộ của trong và ngoài ngành về tiến trình hiện đại hoá cũng như giảm thiểu các tác động tiêu cực. Đồng thời, thường xuyên rà soát lại kế hoạch hiện đại hoá để điều chỉnh, bổ sung kịp thời đảm bảo tính khả thi và tính mục tiêu ngắn hạn, trung và dài hạn; cần sớm hoàn thiện quy trình, mô hình thông quan điện tử cũng như xử lý các tồn tại bộc lộ trong giâi đoạn thí điểm để mở rộng cả về số lượng lẫn loại hình để thông quan điện tử thực sự là bước tập dượt ban đầu cho cả hải quan và doanh nghiệp trong giai đoạn sau. Điều này là một bước đi cần thiết, thể hiện thính chủ động, tích cực của Việt Nam nhằm góp phần nâng cao hiệu quả và khả năng cạnh tranh của nền kinh tế, đap ứng yêu cầu đòi hỏi ngày càng cao của quá trình hội nhập.
3. Tăng cường kiểm tra, kiểm soát.
Ngành hải quan cần phải tăng cường kiểm tra, thanh tra làm trong sạch nội bộ để tăng cường hiệu lực của cơ quan thực thi pháp luật trong đấu tranh chống buôn lậu và gian lận thương mại.
Ngành hải quan phải xác định phương hương nhiệm vụ chung là tập trung trí tuệ, phát huy mọi nguồn lực trong ngành, tranh thủ sự hỗ trợ bên
ngoài, kết hợp giữa công tác cải cách, hiện đại hoá với nhiệm vụ thường xuyên của ngành. Tiếp tục hoàn thiện các văn bản hướng dẫn quy trình nghiệp vụ cũng như hệ thống công nghệ thông tin để hỗ trợ triển khai Luật thuế xuất