Nghị quyết Đại hội IX của Đảng xác định: “Kinh tế tập thể phát triển với nhiều hình thức hợp tác đa dạng, trong đó hợp tác xã là nòng cốt”. Đảng và Nhà nước ta đã có nhiều chính sách khuyến khích thành lập hợp tác xã để phù hợp với tính chất, tầm quan trọng của loại hình tổ chức kinh tế này, cũng như phù hợp với đối tượng tham gia hợp tác xã. Trước đó, khi tiến hành đăng ký kinh doanh hợp tác xã, Luật hợp tác xã năm 1996 quy định[28]: “Chủ nhiệm hợp tác xã phải gửi hồ sơ đăng ký kinh doanh đến Uỷ ban nhân dân huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (gọi chung là Uỷ ban nhân dân cấp huyện) nơi dự định đặt trụ sở chính của hợp tác xã”. Tuy nhiên, theo quy định hiện hành của pháp luật về nơi đăng ký kinh doanh cho tất cả các loại hình doanh nghiệp được quy định như sau[29]: “Người thành lập doanh nghiệp hoặc người đại diện theo ủy quyền nộp hồ sơ đăng ký kinh doanh theo quy định tại Phòng đăng ký kinh doanh cấp tỉnh nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính”. Nhất quán chính sách khuyến kích thành lập hợp tác xã và đồng thời đảm bảo sự bình đẳng giữa hợp tác xã với các loại hình doanh nghiệp khác, Luật hợp tác xã năm 2003 quy định cho phép hợp tác xã được quyền lựa chọn nơi đăng ký kinh doanh tại cấp huyện hoặc cấp tỉnh để tạo sự chủ động cho hợp tác xã, cụ thể là: “Hợp tác xã đăng ký kinh doanh tại cơ quan đăng ký kinh doanh cấp tỉnh hoặc cấp huyện nơi hợp tác xã dự định đặt trụ sở chính, tuỳ theo điều kiện cụ thể của hợp tác xã”[30].
Cơ quan đăng ký kinh doanh[31] được pháp luật về hợp tác xã diện dẫn đến Nghị định 109/2004/NĐ-CP ngày 02 tháng 4 năm 2004 của Chính phủ về đăng ký kinh doanh. Tuy nhiên, đến ngày 29 tháng 8 năm 2006, Chính phủ ban hành Nghị định 88/2006/ NĐ-CP thay thế Nghị định 109/2004/NĐ-CP quy định về cơ quan đăng ký kinh doanh như sau[32]: Cơ quan đăng ký kinh doanh được tổ chức ở tỉnh,
thành phố trực thuộc trung ương (sau đây gọi chung là cấp tỉnh) và ở huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (sau đây gọi chung là cấp huyện), bao gồm:
Ở cấp tỉnh: Phòng đăng ký kinh doanh thuộc Sở Kế hoạch và Đầu tư (sau đây gọi chung là Phòng đăng ký kinh doanh cấp tỉnh).
Ở cấp huyện: Trong trường hợp không thành lập Phòng đăng ký kinh doanh cấp huyện thì Phòng Tài chính – Kế hoạch thực hiện nhiệm vụ đăng ký kinh doanh.
Bên cạnh đó, để đảm bảo yêu cầu cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh được xem xét, giải quyết nhanh gọn, đáp ứng tốt nhu cầu sản xuất kinh doanh, Luật hợp tác xã quy định[33]: “Trong thời hạn mười lăm ngày, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan đăng ký kinh doanh phải xem xét hồ sơ và cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho hợp tác xã”.
Đồng thời, nhằm đảm bảo quyền lợi chính đáng của hợp tác xã và xã viên, Luật hợp tác xã năm 2003 quy định rằng: “trường hợp từ chối thì phải trả lời bằng văn bản”.
Mặt khác, khi đăng ký thành lập thì việc xác định tư cách pháp nhân và thời điểm bắt đầu hoạt động là một vấn đề quan trọng mà đối với mọi loại hình doanh nghiệp luôn quan tâm, không chỉ riêng gì hợp tác xã. Luật hợp tác xã năm 1996 mới dừng lại[34]: “Hợp tác xã có tư cách pháp nhân kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh” mà chưa quy định thời điểm hợp tác xã bắt đầu hoạt động. Do đó, khi hợp tác xã được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cũng không biết khi nào mình bắt đầu được phép hoạt động, đặc biệt là đối với hợp tác xã hoạt động trong các ngành, nghề kinh doanh có điều kiện. Khắc phục hạn chế trên, Luật hợp tác xã năm 2003 quy định rõ[35]: “Hợp tác xã có tư cách pháp nhân và có quyền hoạt động kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh; đối với những ngành, nghề kinh doanh có điều kiện mà hợp tác xã đăng ký hoạt động thì hợp tác xã được kinh doanh những ngành, nghề đó kể từ ngày được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy phép kinh doanh hoặc có đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của pháp luật”. Việc cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh các ngành, nghề có điều kiện theo quy định của pháp luật được tiến hành độc lập với việc cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh cho hợp tác xã.