Hội nghị thành lập hợp tác xã là Hội nghị đầu tiên quyết định việc thành lập hợp tác xã. Hội nghị thành lập hợp tác xã do sáng lập viên tổ chức. Thành phần tham gia hội nghị bao gồm sáng lập viên và cá nhân, hộ gia đình, pháp nhân khác có nguyện vọng trở thành xã viên. Hội nghị thảo luận và thống nhất về phương hướng sản xuất, kinh doanh; kế hoạch hoạt động của hợp tác xã; dự thảo Điều lệ hợp tác xã; tên, biểu tượng (nếu có) của hợp tác xã và lập danh sách xã viên. Những vấn đề cần được thảo luận và biểu quyết theo đa số tại hội nghị thành lập hợp tác xã được ấn định tại khoản 3 Điều 11 Luật hợp tác xã năm 2003 trên cơ sở kế thừa khoản 3 Điều 13 Luật hợp tác xã năm 1996. Tuy nhiên, để phù hợp với tình hình phát triển chung của các loại hình doanh nghiệp, tạo sự chủ động, tự quyết định của hợp tác xã, Luật hợp tác xã năm 2003 đã bổ sung một số quy định mới cho phù hợp:
- Về số lượng xã viên: Theo quy định tại Điều 4 Luật hợp tác xã năm 1996 thì Điều lệ mẫu của các hợp tác xã do Chính phủ ban hành phải quy định rõ số lượng xã viên tối thiểu. Như vây, tuy cùng loại hình hợp tác xã nhưng hoạt động trên các lĩnh vực, ngành, nghề khác nhau thì hợp tác xã có số lượng xã viên tối thiểu không giống nhau. Điều này, đã tạo sự phức tạp cho hợp tác xã khi thành lập. Để khắc phục hạn chế đó, Luật hợp tác xã năm 2003 đã quy định rõ số lượng xã viên
tối thiểu chung cho tất cả các hợp tác xã hoạt động trong mọi lĩnh vực, ngành, nghề khác nhau là 7 xã viên.
- Ngoài việc thông qua Điều lệ, Luật hợp tác xã năm 2003 còn bổ sung thông qua Nội quy hợp tác xã. Bởi vì, đây là một văn bản quan trọng quy định về những vấn đề trong nội bộ hợp tác xã, làm cơ sở cho hoạt động quản lý và điều hành hoạt động sản xuất, kinh doanh của hợp tác xã và có giá trị lâu dài đối với hợp tác xã.
- Về việc thành lập bộ máy quản lý và điều hành hợp tác xã: Luật hợp tác xã năm 1996 chỉ quy định hợp tác xã chỉ tổ chức duy nhất một bộ máy vừa thực hiện chức năng quản lý, vừa thực hiện chức năng điều hành hợp tác xã là Ban quản trị và Ban kiểm soát. Chủ nhiệm là là người đứng đầu Ban quản trị do Hội nghị thành lập hợp tác xã bầu cùng với các thành viên khác của Ban quản trị, Ban kiểm soát. Những quy định trên không còn phù hợp với sự phát triển của hợp tác xã trong điều kiện tình hình mới. Hiện nay, có những hợp tác xã với số lượng xã viên đông, quy mô phát triển lớn, vốn đầu tư nhiều và thị trường rộng đòi hỏi phải có sự tách biệt giữa chức năng quản lý và chức năng điều hành trong tổ chức hoạt động. Do vậy, nếu tiếp tục duy trì mô hình tổ chức quản lý, điều hành như quy định tại Luật hợp tác xã năm 1996 thì không còn phù hợp, tạo ra lực cản kiềm hãm sự phát triển của các hợp tác xã có tiềm năng. Vì vậy, để đáp ứng đòi hỏi khách quan, đồng thời để tạo sự chủ động trong tổ chức và hoạt động của hợp tác xã trên nguyên tắc gọn nhẹ và có hiệu quả, Luật hợp tác xã năm 2003 đã đưa ra hai loại hình tổ chức bộ máy quản lý và điều hành đối với hợp tác xã:
Một là, hợp tác xã thành lập một bộ máy vừa quản lý vừa điều hành: Số lượng thành viên Ban quản trị, Ban kiểm soát do Hội nghị thành lập hợp tác xã quyết định căn cứ vào số lượng xã viên tại thời điểm thành lập. Trong thời gian hoạt động Đại hội xã viên quyết định tăng hay giảm số lượng thành viên Ban quản trị, Ban kiểm soát cho phù hợp và báo cáo bằng văn bản tới cơ quan đăng ký kinh doanh. Đại hội xã viên bầu Ban quản trị và Chủ nhiệm; Ban kiểm soát và Trưởng Ban kiểm soát. Chủ nhiệm hợp tác xã đồng thời là Trưởng Ban quản trị; quyết định số lượng Phó chủ nhiệm hợp tác xã.
Hai là, hợp tác xã thành lập riêng bộ máy quản lý và bộ máy điều hành: Số lượng thành viên gồm Ban quản trị, Ban kiểm soát. Đại hội xã viên trực tiếp bầu Ban quản trị và Trưởng Ban quản trị trong số thành viên Ban quản trị; quyết định bầu hoặc thuê Chủ nhiệm hợp tác xã; quyết định số lượng Phó chủ nhiệm hợp tác xã.