Sau hội nghị thành lập hợp tác xã, người đại diện theo pháp luật của hợp tác xã sẽ thanh lập (đối với hợp tác xã thành lập một bộ máy vừa quản lý, vừa điều hành là Chủ nhiệm hợp tác xã; đối với hợp tác xã thành lập riêng bộ máy quản lý và bộ máy điều hành là Trưởng ban quản trị) hoàn chỉnh các văn bản, lập và nộp hồ sơ đăng ký kinh doanh tại cơ quan đăng ký kinh doanh đã lựa chọn. Tùy điều kiện cụ thể, hợp tác xã có thể chọn cơ quan đăng ký kinh doanh tại cấp huyện hoặc cấp tỉnh nơi hợp tác xã dự định đặt trụ sở chính.
Với chủ trương đơn giản hóa thủ tục cải cách hành chính, lược bỏ những giấy tờ, thủ tục không cần thiết so với Luật hợp tác xã năm 1996. Luật hợp tác xã năm 2003 quy định hồ sơ đăng ký kinh doanh gồm[25]:
- Đơn đăng ký kinh doanh; - Điều lệ hợp tác xã;
- Số lượng xã viên, danh sách Ban quản trị, Ban kiểm soát của hợp tác xã; - Biên bản đã thông qua tại Hội nghị thành lập hợp tác xã.
Như vậy, so với Luật hợp tác xã năm 1996, thì quy định về hồ sơ đăng ký kinh doanh của hợp tác xã trong Luật hợp tác xã năm 2003 đơn giản, gọn nhẹ hơn rất nhiều. Cụ thể là:
Thứ nhất, Theo Luật hợp tác xã năm 2003, hồ sơ đăng ký kinh doanh không cần có danh sách, tên, địa chỉ của xã viên mà chỉ cần số lượng xã viên tham gia hợp tác xã. Điều này tạo điều kiện thuận lợi cho các loại hình hợp tác xã chuyển đổi. Thực tế, hiện nay vẫn còn nhiều mô hình chuyển đổi từ mô hình hợp tác xã theo Luật hợp tác xã năm 1996 sang mô hình Luật hợp tác xã năm 2003, bên cạnh đó, việc gỡ bỏ quy định trên tránh được sự không cần thiết, vì trên thực tế có nhiều hợp tác xã khi chuyển đổi lên tới hàng trăm hoặc hàng ngàn xã viên. Trong khi đó, cơ quan đăng ký kinh doanh cũng không cần thiết phải nắm cụ thể thông tin của các xã viên tham gia hợp tác xã, mà thay vào đó chỉ cần nắm thông tin của những người đứng đầu hệ thống quản lý, điều hành, kiểm soát hợp tác xã. Việc quy định như vậy cũng phù hợp với các quy định về đăng ký kinh doanh của Luật doanh nghiệp. Chính vì lẽ đó, Luật hợp tác xã quy định trong hồ sơ đăng ký kinh doanh của hợp tác xã phải có số lượng xã viên, danh sách Ban quản trị, Ban kiểm soát của hợp tác xã là hoàn toàn phù hợp.
Thứ hai, Luật hợp tác xã năm 2003 đã bỏ quy định phải có phương án sản xuất, kinh doanh như quy định của Luật hợp tác xã năm 1996 đã quy định. Việc gỡ bỏ quy định này cũng hoàn toàn phù hợp. Thực tế, các sáng lập viên rất khó xây dựng phương án sản xuất, kinh doanh phù hợp ngay khi mới bắt đầu đăng ký thành lập trong khi nền kinh tế thị trường luôn luôn vận động. Nếu có đi chăng nữa, thì sau khi thành lập hợp tác xã cũng rất khó hoạt động theo phương án đó. Bởi khi bước vào hoạt động, hợp tác xã còn phù thuộc vào rất nhiều yếu tố như vốn, thị trường và các yếu tố chủ quan khác, hơn nữa, chiến lược sản xuất, kinh doanh không phải bất di, bất dịch mà nó phụ thuộc vào từng thời kỳ, phụ thuộc vào sự vận động và phát triển chung của nền kinh tế. Bên cạnh đó, về phía cơ quan quản lý Nhà nước cũng rất khó kiểm soát được việc đảm bảo thực hiện theo đúng phương án đã
xác định trong hồ sơ đăng ký kinh doanh của hợp tác xã. Mặt khác, nếu yêu cầu hợp tác xã hoạt động theo đúng phương án sản xuất, kinh doanh đã đăng ký thì vô hình chung tạo ra một rào cản làm cho hợp tác xã thiếu năng động, thiếu sức cạnh tranh trong nền kinh tế thị trường.
Thứ ba, Luật hợp tác xã năm 2003 cũng đã gỡ bỏ quy định giấy phép hành nghề đối với một số ngành, nghề mà pháp luật quy định phải có trong hồ sơ đăng ký kinh doanh theo quy định của Luật hợp tác xã năm 1996. Yêu cầu có giấy phép hành nghề trong một số ngành, nghề là yêu cầu đối với mọi loại hình doanh nghiệp, trong đó có hợp tác xã. Tuy nhiên, việc yêu cầu có giấy phép hành nghề trong hồ sơ đăng ký kinh doanh hợp tác xã của Luật hợp tác xã năm 1996 là không phù hợp. Bởi vì, khi hợp tác xã chưa được thành lập thì chưa có địa vị pháp lý và chưa là chủ thể trong hoạt động kinh tế. Do đó, việc xin cấp giấy phép hành nghề đối với hợp tác xã trong giai đoạn này là cực kỳ khó khăn và phức tạp, khó thực thi trên thực tế. Hơn nữa, theo quy định của Luật doanh nghiệp, về nguyên tắc không còn quy định việc cấp giấy phép hành nghề, trừ một số ngành, nghề nhất định do Chính phủ quy định. Do đó, việc có giấy phép hành nghề được xác định là một điều kiện mà doanh nghiệp cần phải đáp ứng trước khi bắt đầu sản xuất, kinh doanh mặc dù đã được phía cơ quan chức năng cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh từ trước. Việc gỡ bỏ quy định trên cũng nhằm tạo sự bình đẳng về mặt pháp lý giữa các thành phần kinh tế, cũng như sự bất hợp lý trong thủ tục đăng ký kinh doanh hợp tác xã.