Trong, Đàng Ngoài:
Tình trạng phân liệt Nam – Bắc triều chấm dứt chưa được bao lâu thì xảy ra sự phân chia Đàng Trong, Đàng Ngoài, chiến tranh Trịnh – Nguyễn bùng nổ.
Mầm mống của sự phân liệt bắt nguồn từ sự kiện Nguyễn Kim bị sát hại (1545). Nguyễn Kim là một trong những vị đại thần đi đầu trong việc phù Lê diệt Mạc, nhưng khi cuộc khởi nghĩa “phù Lê” đang lên cao thì Nguyễn Kim bị sát hại, quyền lực vào tay con rể là Trịnh Kiểm và con cháu họ Trịnh. Trịnh Kiểm ngày càng chuyên quyền đã cho giết Nguyễn Uông và mưu hại Nguyễn Hoàng để trừ hiểm hoạ về sau. Trước biến cảnh đó, khi được lời khuyên của Nguyễn Bỉnh Khiêm “hoành sơn nhất đái vạn đại dung thân” (một dải núi ngang có thể dung thân muôn đời). Nguyễn Hoàng đã xin vào trấn thủ vùng đất Thuận Hoá. Trịnh Kiểm đồng ý để Nguyễn Hoàng ra đi với mưu đồ đẩy ông vào vùng đất hiểm vắng và sẽ trừ khử sau khi sự nghiệp diệt Mạc hoàn thành. Đến vùng đất mới, Nguyễn Hoàng đẩy mạnh việc xây dựng thế lực cát cứ, lập ra một vương quốc riêng, phá vỡ sự thống nhất quốc gia. Cuộc xung đột vũ trang giữa hai tập đoàn phong kiến Trịnh – Nguyễn bắt đầu diễn ra từ những năm 20 của thế kỉ XVII, không phân thắng bại, đưa đất nước đến chỗ chia cắt Đàng Ngoài, Đàng Trong.
Chính quyền Đàng Ngoài sau khi kết thúc chiến tranh với nhà Mạc (1677), để thu phục nhân tâm, họ Trịnh có phần nhượng bộ nhân dân trong các chính sách kinh tế, xã hội: miễn thuế cho ruộng đất ẩn lậu, cho phép ruộng khai hoang trở thành ruộng tư, cấm quan lại không quấy nhiễu, khám xét,… Tình hình kinh tế, xã hội tương đối ổn định, kinh tế nông nghiệp có phần được phục hồi: “… hàng năm người ta cấy hai vụ, thu hoạch được rất nhiều, việc trồng rau, trồng cây ăn trái cũng rất phổ biến” [83, tr. 354].
Ở Đàng Trong, trong buổi đầu lập nghiệp, các chúa Nguyễn cố gắng tập trung sức dân khai hoang để mở rộng lãnh thổ và phát triển kinh tế, thi hành các chính sách tương đối rộng rãi, chế độ thuế khoá được khoan nhẹ,… những chính sách ưu đãi của các chúa Nguyễn cùng với tiềm năng của một vùng đất chưa khai phá đã thu hút luồng dân từ Đàng Ngoài vào khẩn hoang lập làng, biến vùng Thuận Hoá trở thành một khu vực có nền kinh tế độc lập, làm cơ sở cho công cuộc cát cứ, thoát dần quan hệ lệ thuộc vào họ Trịnh.
Trên cơ sở của nền kinh tế hàng hóa thế kỉ XV, cùng với chính sách khuyến khích phát triển kinh tế của chính quyền ở hai Đàng, kinh tế hàng hóa ở Việt Nam trong thế kỉ XVI – XVII có điều kiện phát triển.
Số lượng các nghề thủ công tăng thêm, các làng chuyên môn xuất hiện ngày càng nhiều. Sử cũ cho biết thời kì này có các nghề sau: nghề làm các đồ kim khí như thợ thiếc làm chóp nón, quai ấm; thợ bạc làm đồ trang sức, nghề thợ khóa, nghề đúc soong chảo, nghề đúc tượng
đồng. Các nghề truyền thống trước đây cũng phát triển ở nhiều địa phương: nghề làm gốm, dệt, làm đồ gỗ, làm chiếu, làm giấy, thuộc da, làm quạt, lọng, nghề sơn, làm hương, làm nón,...
Các làng chuyên môn tăng thêm khá nhiều. Ở Đàng Ngoài có Đào Lâm và Trúc Lâm (Hải Dương) làm nghề thuộc da và đóng giày dép; nghề dệt vải ở Cương Thôn (Sơn Tây); nghề dệt sa lĩnh ở La Khê (Hà Đông), làng gốm Bát Tràng (Gia Lâm); nghề làm đồ sành, đồ vại ở làng Thổ Hà (Bắc Ninh); nghề khắc bản in ở Liễu Tràng, Liễu Lục (Hải Dương),… Ở Đàng Trong tuy thủ công nghiệp không phát triển bằng Đàng Ngoài nhưng cũng có các làng thủ công như làng Phù Trạch làm chiếu và cánh buồm, làng Triều Sơn dệt nón, làng Đốc Sơn làm giấy, làng Dã Lễ làm mui thuyền,… thậm chí có cả một huyện trừ vài làng làm nghề thủ công. Các trung tâm trao đổi hàng hóa vì thế cũng xuất hiện nhiều hơn và hàng hóa lưu thông cũng tăng lên làm cho thương nghiệp cả hai Đàng phát triển.
Từ đầu thế kỉ XVII, cả ở Đàng Trong, Đàng Ngoài chính quyền phong kiến đều thi hành chính sách “mở cửa” về ngoại thương với ý đồ lợi dụng để phát triển về quân sự và kinh tế. Do vậy mà quan hệ buôn bán được mở rộng với tất cả các nước muốn đặt quan hệ buôn bán với Việt Nam. Chính sách mở rộng đối với ngoại thương tạo điều kiện cho thương nhân các nước đến Đàng Trong, Đàng Ngoài buôn bán đông đúc, đặc biệt là ở Đàng Trong (do có nguồn hàng hoá phong phú). Chúa Nguyễn còn cho phép thương nhân nước ngoài định cư buôn bán lâu dài, cho xây dựng khu phố có qui chế riêng như xã Minh Hương của người Hoa, Ba Phố của người Nhật ở Hội An… Ở Đàng Ngoài, mối quan hệ buôn bán với người Hoa chủ yếu được duy trì thông qua vùng biên giới và một số hải cảng ở phía Bắc.
Như vậy, để củng cố quyền cai trị vùng đất riêng của mình, chính quyền Đàng Ngoài, Đàng Trong đều quan tâm đến kinh tế, quan tâm đến việc buôn bán với các nước bên ngoài, qua đó đã tạo điều kiện thuận lợi cho cư dân người Hoa và thương nhân người Hoa đến sinh sống làm ăn. Chính sách “mở cửa” đối với ngoại thương của chính quyền Đàng Ngoài, Đàng Trong đã có một phần tác dụng tích cực đến nền kinh tế Việt Nam, đặc biệt là thương nghiệp.
Tuy nhiên, tình trạng chiếm đoạt ruộng đất, quan lại tham ô là một hiện tượng diễn ra xuyên suốt trong sự phát triển của chế độ phong kiến Đàng Trong và Đàng Ngoài.
Ở Đàng Ngoài, nạn quan lại tham nhũng, thuế khoá liên tiếp tăng lên, kinh tế nông nghiệp không được chăm sóc đẩy nhân dân đến cuộc sống bần cùng nghèo khổ, lưu tán khắp nơi. Lợi dụng tình trạng đó, giai cấp địa chủ tăng cường việc chiếm đoạt ruộng đất: “… những
nông dân phiêu tán ruộng phải bỏ hoang phần nhiều bị bọn thế gia và các làng lân cận chiếm cày, lập văn khế giả, làm bằng cứ giả, có khi ruộng đã cày cấy hết mà khai là ruộng hoang phế. Dân lưu vong dù có muốn trở về cũng không có ruộng cày cấy mà kiện cáo thì khổ nỗi không đủ sức…” [48, tr.188]. Xã hội Đàng Ngoài chứa đựng nhiều mâu thuẫn, trong đó mâu thuẫn giữa nông dân với địa chủ ngày càng gay gắt. Đó là nguyên nhân đưa đến sự bùng nổ một làn sóng khởi nghĩa nông dân làm cho xã hội càng thêm xáo trộn.
Ở Đàng Trong, bọn quan lại tranh nhau đoạt những thành quả lao động của người dân trong quá trình khẩn hoang hoặc dùng uy thế chiếm ruộng tư của nông dân và ruộng công của làng xã làm ruộng riêng. Người dân phải chịu nhiều thứ thuế: “… Thuế thổ sản có đến hàng ngàn thứ, lấy thuế đến cả những sản vật vụn vặt. Lúc nhà nước cần sản vật gì đặt thêm thuế sản vật ấy. Năm 1769, nhà nước cần mỡ lợn để lau súng đại bác, lệnh đánh thuế mỡ lợn ở chợ vùng Thuận Quảng …” [74, II, tr. 40 – 41]. Mỗi lần xây cung điện thì nhân dân nộp gỗ, mây, song, lá gồi,… Còn những người buôn bán phải đóng thuế tuần, thuế thuyền, thuế đầu nguồn, thuế chợ,… mức thuế ngày càng tăng, cuộc sống người dân ngày càng điêu đứng.
Như vậy, đến những năm 70 của thế kỉ XVIII, chính quyền phong kiến họ Nguyễn ở Đàng Trong cũng như họ Trịnh ở Đàng Ngoài đã lâm vào tình trạng khủng hoảng. Các tập đoàn phong kiến vơ vét, bóc lột dân chúng, đẩy nhân dân vào bước đường cùng, phong trào khởi nghĩa theo đó bùng lên. Một xã hội như vậy không phải là môi trường tốt cho các nước thiết lập quan hệ kinh tế, do đó, trong mối quan hệ kinh tế với Trung Hoa thời kì này cũng có phần giảm sút.
Từ năm 1771, cuộc chiến tranh nông dân lớn nhất trong lịch sử chế độ phong kiến Việt Nam đã nổ ra. Ranh giới Đàng Ngoài, Đàng Trong bị xoá bỏ, một triều đại mới được thiết lập bước đầu khôi phục và phát triển nền kinh tế đất nước – đó là phong trào nông dân Tây Sơn.