Công tác thanh tra, kiểm tra xử lý các hành vi vi phạm về thuế của cơ quan thuế chưa được đặt đúng tầm và chưa phù hợp với thực trạng của nước ta là trình độ dân trí thấp, nhận thức trách nhiệm pháp luật chưa cao. Tình trạng gian lận về thuế còn khá phổ biến ở nhiều khoản thu, sắc thuế nhưng chưa được phát hiện, truy thu kịp thời cho NSNN. Vì vậy vừa làm thất thu cho NSNN, vừa chưa thật sự bảo đảm công bằng xã hội và tính nghiêm minh về pháp luật thuế; các vụ án lớn về thuế, đặc biệt là các hành vi tội phạm chiếm đoạt tiền hoàn thuế GTGT không được làm rõ, kịp thời thu hồi đầy đủ cho NSNN; chưa dựa trên thu thập thông tin và đánh giá, phân tích, phân loại mức độ rủi ro về thuế của ĐTNT để thanh tra đúng đối tượng, chưa ứng dụng tốt các chương trình tin học vào việc thanh tra, kiểm tra xử lý các vi phạm về thuế.
Tình hình trên, ngoài các nguyên nhân từ ĐTNT, về công tác thanh tra còn những bất cập:
Cơ quan thuế chưa được giao chức năng khởi tố điều tra các vụ án vi phạm pháp luật về thuế mà đều phải chuyển qua cơ quan Công an; Phương pháp thanh tra còn nhắm vào tất cả ĐTNT, không dựa trên cơ sở đánh giá mức độ vi phạm, mức độ gian lận của ĐTNT để lập kế hoạch và tổ chức thanh tra đúng đối tượng ngay từ đầu Việc thanh tra thuế, kiểm tra thuế chưa dựa trên cơ sở phân loại đối tượng nộp thuế theo mức độ tuân thủ pháp luật chưa có tiêu chí đánh gái rủi ro về thuế. Công tác thanh tra, kiểm tra thuế còn mang tính thủ công, tình trạng lựa chọn đối tượng thanh tra, kiểm tra còn tràn lan, vừa gây phiền hà cho cơ sở kinh doanh, vừa tốn kém cho cơ quan thuế. Hiệu quả thanh tra, kiểm tra thuế không cao; Tổ chức bộ máy chưa tương xứng với khối lượng công việc và vai trò của công tác thanh tra. Lực lượng chuyên trách năm 2002 chiếm khoảng 8,5%, năm 2003 khoảng 13,3%, năm 2004 khoảng 16%, năm 2005 khoảng 18, 6 % tổng số cán bộ công chức toàn ngành. Ở các nước khu vực và thế giới chiếm khoảng 25% đến 30%; Trình độ cán bộ thanh tra chỉ có 48% cao đẳng, đại học, còn lại là trung học. Ở các cấp cán bộ thuế còn yếu về kỹ năng nghiệp vụ thanh tra và khả năng sử dụng các thiết bị tin học, ngoại ngữ yếu, thậm chí một số cán bộ thanh tra cơ sở còn chưa nắm vững chính sách thuế, chưa thành thạo kế toán DN,…; Cơ sở vật chất phục vụ thanh tra, kiểm tra thuế chưa đủ mạnh; chưa xây dựng được chương trình phần mềm ứng dụng hỗ trợ cho công tác thanh tra.