Bên cạnh những mặt đã làm được còn có rất nhiều mặt hạn chế:
Hạn chế trước tiên phải kể đến là công ty chưa có một HTTT hoạt động hiệu quả. Qua quá trình thực tập và tìm hiểu tại công ty được biết mỗi ngày công ty nhận được tất cả khoảng 2000 email với mục địch quảng cáo, hỏi đáp…nhưng các email có thể bị gửi tới phòng ban không đúng với chức năng nên lại phải mất thời gian để đọc và chuyển tiếp lại đến phòng ban hoặc cá nhân đúng với chức năng và nhiệm vụ để giải quyết, xử lý. Điều này khiến công ty mất rất nhiều thời gian và công sức nhất là khi một số email chỉ hỏi về những điều cơ bản của công ty.
Công ty chưa có hình thức nào để quảng cáo cho hình ảnh của công ty cũng như sản phẩm dịch vụ của mình. Hầu hết các khách hàng hiện tại của công ty là khách hàng cũ từ lâu, khách hàng mới nếu có cũng là do công ty tự tìm thông qua search google và qua list danh sách khai hải quan. Các khách hàng tự tìm đến công ty rất ít, có thể chỉ là qua giới thiệu nhờ vào uy tín của công ty đã có từ trước.
Công ty chưa có nguồn nhân lực để phát triển TMĐT cho mình. Ban lãnh đạo công ty luôn muốn phát triển TMĐT nhưng hiện tại hạn chế của doanh nghiệp là thiếu nguồn nhân lực có trình độ và hiểu biết để phát triển.
Công tác hoạch định của công ty về chiến lược nói chung và chiến lược TMĐT nói riêng còn chưa có phương pháp phân tích logic. Tất cả chủ yếu dựa trên kinh nghiệm và khả năng phán đoán chủ quan của nhà quản trị.
Công ty chưa có phương pháp ứng phó hiệu quả với sự cạnh tranh trong tương lai, chưa tạo ra được một lợi thế cạnh tranh cho mình.