Xuất phát từ thực tiễn của các điều kiện KT-XH, cơ chế quản lý cũng nh ý thức chấp hành pháp luật nên luật thuế GTGT xác định cơ chế thực hiện nghĩa vụ nộp thuế GTGT theo thông báo nộp thuế của cơ quan thuế. Thực tế thời gian qua cho thấy một số hạn chế của qui trình nộp thuế nh sau.
+ Việc cơ quan thuế in và phát hành thông báo thuế khiến cho công tác thu thuế không đợc kịp thời, làm tăng khối lợng công việc rất lớn cho cơ quan thuế nhất là đến kỳ ra thông báo thuế và cha nâng cao đ- ợc ý thức tự giác về nghĩa vụ nộp thuế của các doanh nghiệp do việc phân định trách nhiệm giữa cơ quan thuế và doanh nghiệp cha rõ ràng. Hầu hết các văn bản pháp luật về thuế hiện hành đều qui định các doanh nghiệp phải nộp thuế theo số thuế và thời hạn ghi trên thông báo thuế của cơ quan thuế mà không đa ra yêu cầu các doanh nghiệp sau khi kê khai thì tự nộp đầy đủ số thuế đã kê khai vào KBNN trong thời hạn qui định của luật thuế. Điều đó tạo cho doanh nghiệp có t tởng ỷ lại trông chờ vào thông báo thuế, hoặc doanh nghiệp sẽ đổ lỗi cho cơ quan thuế gửi thông báo thuế chậm khi họ cố tình nộp thuế chậm. Thực tế, thời điểm gửi
thông báo thuế nhiều khi còn chậm so với thời hạn qui định của luật thuế nên có trờng hợp doanh nghiệp phải đôn đốc cơ quan thuế gửi thông báo thuế, làm giảm đi tính chủ động tích cực của doanh nghiệp trong việc nộp thuế. Bên cạnh đó, việc in ấn, cập nhật và chỉnh sửa số liệu nhiều lần dẫn đến việc phát hành thông báo thuế tốn nhiều công sức, thời gian và chi phí, kém hiệu quả.
+ Thủ tục kê khai nộp thuế còn phức tạp, thiếu tính thống nhất giữa các sắc thuế, vừa gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc kê khai, nộp thuế vừa làm cho việc quản lý của cơ quan thuế phức tạp hơn. Hầu hết các sắc thuế đều cho phép doanh nghiệp đợc điều chỉnh, bổ sung số thuế kê khai sót vào lần kê khai sau đã tạo sơ hở để các doanh nghiệp lợi dụng kê khai thiếu mà không bị xử lý hành vi trốn lậu thuế.
+ Công tác thanh tra, kiểm tra còn bất cập cả về số lợng và chất l- ợng, hơn nữa vẫn cha có qui trình phân loại kiểm tra một cách có hệ thống khoa học để phát hiện đối tợng trốn lậu thuế nên hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra cha đáp ứng đợc cơ chế nộp thuế mới. Các mức qui định về việc xử phạt không cao, áp dụng cha nghiêm minh nên hiệu quả của việc thực thi luật thuế cũng nh xử phạt cha cao.
+ Cơ quan thuế quản lý toàn bộ thông tin về số thuế mà doanh nghiệp phải nộp, trong khi Kho bạc Nhà nớc quản lý thông tin về số thuế doanh nghiệp đã nộp, vì vậy để hệ thống quản lý thuế kịp thời cung cấp các thông tin về tình hình thu nộp và phát hiện những trờng hợp khai sai thuế thì hai hệ thống thông tin này phải đợc kết nối và thờng xuyên trao đổi thông tin với nhau. Thời gian qua, đã có sự phối hợp giữa hai cơ quan này, nhng việc kết nối thông tin cha đợc thực hiện, làm giảm hiệu quả của công tác quản lý thuế.