- Về tổ chức bộ máy kế toán: Hiện nay, do những nguyên nhân khách quan, xí nghiệp vẫn chưa có đủ nhân viên kế toán để có 1 người chuyên về tập hợp chi phí sản xuất và tính giá thành sản phẩm, do đó việc giải trình với cơ quan thuế, cơ quan kiểm toán thường có những hạn chế. Đây còn là nguyên nhân làm giảm độ chính xác trong công tác tập hợp chi phí sản xuất và tính giá thành sản phẩm của từng công trình.
- Về phương thức giao khoán: Bên cạnh những ưu điểm như đã nêu, phương thức khoán gon còn có một điểm hạn chế rât lớn đó là vấn đề tiêu cực trong quá trình
thi công công trình. Các chủ công trình, sau khi nhận khoán có thể tìm cách để rút ruột công trình bằng nhiều cách, từ đó làm giảm chất lượng công trình, gây mất uy tín cho xí nghiệp, mặt khác làm tăng chi phí phát sinh, từ đó tăng giá thành công trình so với dự toán ban đầu, giảm hiệu quả kinh doanh của xí nghiệp. Hoặc các đội có sang tạo, tìm ra các giải pháp giảm chi phí nhưng không trình bày trên các báo cáo mà vẫn giưc nguyên gía thành như trong giá nhận thầu, từ đó hưởng chênh lệch.
- Vấn đề quản lý việc ứng vốn cho các đội: Bên cạnh ưu điểm là tạo tính chủ động trong quá trình thi công cho các đội thì vấn đề quản lý vốn cũng là một việc hết sức phức tạp. Thực tế cho thấy, do điều kiện không cho phép, công tác theo dõi quản lý quá trình sử dụng vốn ở các đội chưa được tiến hành một cách triệt để, dẫn đến tình trạng thu hồi vốn chậm ( CT Bản Vẽ là một ví dụ), vốn bị thất thoát, sử dụng không hợp lý, dẫn đến chi phí lãi vay tăng, làm tăng giá thành công trình.
- Về quá trình luân chuyển chứng từ: Như đã trình bày ở phần 1 của chuyên đề, cuối tháng các đội thi công có trách nhiệm hoàn chứng từ cho ban tài chính kế toán để tiến hành tập hợp chi phí và tính toán giá thành theo quy định. Trên thực tế, điều này khiến khối lượng công việc của kế toán vào cuối tháng nhiều lên, việc hạch toán các nghiệp vụ phát sinh cũng gặp nhiều khó khăn.